跟傳說演義裡那些正義凜然、剛正不阿的清官，比如包龍圖、海青天，非常不同，周星馳飾演的包龍星，彷彿是個卑劣小人出身，卻在汙濁的官場裡審出驚天動地的大案，維護了正義。《九品芝麻官》的名稱，彷彿致敬了牛得草的《七品芝麻官》，後者是個在權勢與正義之間兩難的綠豆小官，最後憑智慧讓正義得到實現。牛得草雖然是個鼻子帶白的小丑，卻沒有那麼多汙點，更沒有下窯子當龜公學習口才。包龍圖要學習些“民間智慧”，變得比奸人還要“奸”，才能在權力的夾縫中伸張正義。當然，這一過程中，他要冒極大的風險，一路被通緝追殺，特別是他幹過龜公的事險些被戳穿，那可是欺君之罪，要殺頭的。
於是問題就來了，包龍星這個原本是道德有缺陷的候補小官，哪裡來的勇氣去讓自己以身犯險，實現那渺茫的正義？這就要從開篇說起。他“護花傾情”的情節，給了他足夠合理的心理動機，讓他良心發現，因而顯得尤為重要。
影片一開始的林富翁強佔租屋案，就顯出包龍星左右搖擺的品質，他有點良心，要判林富翁有罪，誰知在方唐鏡誘惑誤導威逼之下，昧了良心，判了錯案。他判案後，影
片著力刻畫民眾對他的不滿，路上碰到就扔東西打他，設陷阱下他，還有一純真無辜之少年，吐出一口巨大的口水。
這些無不顯示“民心即正義”的道理。用大偵探福爾摩斯的話說就是，民眾的聲音，就是上帝的聲音。在用計困住了囂張的豹子頭後，他贏得了民眾的擁戴。連那個小朋友也來送花表示肯定，並親吻了他的臉，於是他就是被天使吻過的人了。
特別要注意接受這個天使之吻後，包龍星的內心戲。
拿到花的包龍星，感覺到為民做事的光榮感，他的良知開始復活。
但包龍星並沒有馬上醒悟，他當了官，就自覺高於民，更是罔顧民意。直到他遇到了戚秦氏。戚秦氏的美麗，喚起了他的本能保護欲。
當包龍星目送戚秦氏和丈夫去洞房時，有一段幻覺，最能體現他愛“花”所引發的情感，他幻想戚秦氏（小蓮）不要她的病丈夫，而是投入自己的懷抱。
但當戚秦氏受人誣陷入獄後，他又在正義和權勢利益之間徘徊了。他先是正義感爆棚，根據人證，斷定惡少常威是姦淫殺人；
但方唐鏡過來說明常威乃大有背景，他又猶豫了。這時候，正牌知縣來了，他作為候補只能眼睜睜看著戚秦氏屈打成招。戚秦氏誤會他，咬他的手指到出血，讓他記著這番痛楚。
這時候，六月廣東飛雪，他感到天地都為戚秦氏鳴不平。
而他並不知道，送給他的賄賂銀子，乃是方唐鏡的陷阱，於是他和戚秦氏一起關到了監獄裡。兩人在獄中，終於揭破一切誤會，彼此心意相通，手指相觸碰。包龍星也下定決心替戚秦氏翻案。我們特別留意包龍星對戚秦氏的稱呼，幻想時稱呼“小蓮”，監獄裡稱呼“戚大嫂”。
後來到了京城，亂花漸欲迷人眼，感覺包龍星對戚秦氏的感情淡了下來，反而變成了大蘿蔔，連孤獨寂寞冷的老鴇都收編了（是為了報答她關鍵時刻保護他嗎）。在搭上皇帝這條線後，他僥倖贏下了一盤險棋。據電影裡說，他祖傳的正義感發揮了重要作用。後來包龍星功成身退，在黑暗的官場，他那點正義勇氣，看來已經耗光了。戚秦氏最後抱著孩子出來謝恩，兩人似乎已經沒有了感情上的羈絆了。
這部電影靈感好像來自晚清四大奇案之一的楊乃武與小白菜。這個大冤案能夠翻過來，晚清的報刊輿論起了非常大的作用。報紙那時候是能見民心的。包龍星也在戚秦氏臨產時發動群眾投票，看來已經看到了民眾的力量。
