且說大清康熙年間，揚州鉅富韋小寶受幼年好友康熙所邀，攜帶七夫人，沿大運河進京，路遇天地會眾攔截，指責其有負恩師陳近南囑咐，不以天下為己任，甚至討好清廷。韋小寶被逼無奈，遂答應暗中反清復明。於是天地會任命韋小寶為青木堂堂主。
韋小寶進得京中，先暗中搭救了反清義士茅十八，又痛打了投降清廷的馮錫範、鄭克爽，並勒索了大筆銀子，與鄭克爽結下仇怨。
此後，大清和俄羅斯在尼布楚劃界談判。康熙皇帝以韋小寶精明，派其為大臣，前往尼布楚談判。談判中，韋小寶拿出揚州商人和無賴的手段，凌辱逼迫俄羅斯代表費要多羅，簽下對俄羅斯極為屈辱的條約。
女沙皇蘇菲亞大怒，撕毀條約，起兵來犯。韋小寶聞俄羅斯軍兇殘，主動請纓，率領清軍大敗俄軍於雅克薩，凍僵總督托爾布津。中途繳獲大筆錢財，遂埋藏於雅克薩城外山腳，更將地圖繪製在羊皮紙上。
康熙聞知得勝，龍顏大悅，召見韋小寶，封為鹿鼎公，又認韋小寶之妻健寧為妹。韋小寶見康熙英明神武，不禁傾倒，發誓忠於康熙，忘卻了在運河上的發誓。
俄羅斯畏懼大清天威，遂勾結平西王吳三桂和神龍教洪教主造反，企圖內外夾擊。韋小寶深入神龍島內應，半途恰好碰見鄭克爽因為不滿韋小寶先前蹂躪，在臺灣起兵造反。雙方冤家路窄，相逢島上。馮錫範和鄭克爽正企圖殺害韋小寶的恩師陳近南。韋小寶大怒出手，又把二人蹂躪一頓。誰知韋小寶之妻李阿珂見鄭克爽起兵反清復明，大為傾倒，又怒韋小寶甘做清廷走狗，遂出手幫助馮錫範和鄭克爽逃走。韋小寶夫人只剩六個。
韋小寶繼續深入神龍島，一番花言巧語，挑撥五龍使與洪教主爭鬥。誰知洪教主老奸巨猾，看穿了韋小寶的奸計，出手擒住韋小寶，反而趁機凝聚了教內人心。洪教主欲殺韋小寶祭神龍，韋小寶的夫人蘇荃見丈夫危在旦夕，只得忍辱負重，委身洪教主。洪教主見色起意，釋放餘人。
韋小寶帶著剩下五個老婆回北京，進京之後，恰逢神拳無敵歸辛樹來刺殺康熙被俘。韋小寶處於江湖道義，悄然釋放歸家三人，誰知三人反而躍起刺殺康熙，韋小寶又替康熙擋了一劍。歸辛樹憤而找韋小寶算賬，又逢韋小寶賭博出千。歸辛樹怒欲殺韋小寶，幸得何鐵手麻翻歸辛樹，救了韋小寶。
此後，韋小寶正逢揚州知府吳之榮北上，得知其欲出賣天地會，遂半路將其逮捕，押回老家揚州。在揚州大院，韋小寶與幾個夫人同床正在風流，又遭神龍教突襲。韋小寶及其結義兄弟桑傑、葛爾丹等均被擒獲，幸虧蘇荃念及舊情，放走韋小寶。韋小寶的另兩個老婆沐劍屏和方怡卻被逼入神龍教。韋小寶只剩下三個老婆了。
隨後，康熙派韋小寶出使俄羅斯，再度議和。韋小寶到俄羅斯，施展美男計，讓攝政女王蘇菲亞神魂顛倒，疏於防備，終被皇太后發動政變，囚禁在獵宮中。韋小寶見蘇菲亞以淚洗面，有所不忍，幫助蘇菲亞逃出獵宮，往東方避難。到東方後，卻又遇上了洪教主。原來韋小寶去俄羅斯後，康熙派施琅帶兵圍剿神龍島，卻因眾心不一，被洪教主打敗，神龍教神威大震。韋小寶只得施展本領，設計從洪教主手中逃出。
韋小寶回到北京後，得知自己在俄羅斯期間，康熙為了平息吳三桂之亂，已經把他的老婆建寧公主許嫁給吳三桂之子吳應熊。韋小寶為了大清江山，再度忍辱負重，親自送親。誰知途中，吳三桂手下的迎親兵馬在半路企圖襲擊王屋山。韋小寶另一個老婆曾柔本是王屋派的，又見韋小寶如此無情，悲憤之下，潛逃回王屋山，勸同門多加防備。至此，韋小寶身邊只剩下雙兒一人。
韋小寶回京途中，被李阿珂的師傅九難擒獲，送入少林寺懲戒。韋小寶在少林寺中，巧遇出家的順治皇帝。順治皇帝告訴韋小寶一計。不久，順治遭遇喇嘛圍攻，韋小寶將訊息送給康熙，帶兵來救了順治。
康熙走後，韋小寶帶著雙兒回京，卻在近郊又被陸高軒和胖頭陀擒上神龍島。幸虧蘇荃此時已經掌握神龍教大權，訓練自己的孩兒兵，打壓神龍教的中高層。於是韋小寶因禍得福，不但未曾被殺，反而受封白龍使。但韋小寶人在曹營心在漢，很快在方怡的幫助下逃回大陸。神龍教高手緊追。雙方在莊家遭遇，韋小寶一行陷入危急。幸虧莊家和沐王府來救，韋小寶才得以脫身。但雙兒卻也迴歸莊家。
韋小寶入京之後，恰逢沐王府大舉入宮行刺，在莊家被沐王府救走的方怡和沐劍屏也在其中，並且受傷。韋小寶見兩位老婆失而復得，大喜，將其藏在被子裡，又救了被擒的劉一舟等人。誰知半夜劉一舟等再入皇宮，又把方怡、沐劍屏盜走。
韋小寶見七個老婆盡失，徹底絕望。他按照順治皇帝建議，把重寶地圖切成數千碎片，分散藏於八本四十二章經中，分贈給滿清大臣。自己成天吃喝嫖賭。陳近南聞訊，開香堂，將韋小寶革出師門，驅出天地會。
此時京中風雲湧動，權臣鰲拜步步緊逼，康熙苦不堪言。韋小寶見家國如此，萬念俱灰之下，竟然頂撞康熙皇帝，與他當面一場鬥毆，發洩了多日鬱悶。正打得痛快，卻被順治忠臣海大富逮捕。千鈞一髮之際，茅十八冒死入宮救了韋小寶出去，但家財全數被鰲拜、索額圖吞併。茅十八帶韋小寶回了揚州，路遇黑龍鞭史松，茅十八受困，韋小寶用石灰大法殺死史松，反被茅十八毆打，一怒之下，好友絕交，韋小寶自回故鄉。
過得數年，因清廷外有三藩，內有鰲拜，搖搖欲墜。陳近南趁機聯絡沐王府、臺灣鄭家等起兵。順治皇帝聞訊，緊急回宮，召集滿清貴族，退回東北，按照八部四十二章經的地圖拼起來，挖出鹿鼎山的財寶作為國庫。
反清復明宣告成功。因韋小寶身為天地會堂主，卻甘做清廷走狗，本當受三刀六眼之刑。念在其為人尚講義氣，只罰其母親韋春花入勾欄，韋小寶做一小小龜奴，以為懲戒。
