細菌、真菌等不但廣泛存在於自然環境中，且普遍寄居在健康人的消化道中。人類從出生後就生活在有菌環境中，因此，人體和外界相通的口腔、小腸下部、大腸等均有大量的各種細菌寄居。在正常情況下，這些菌群一般對宿主無害，有的甚至有益，稱為正常菌群。正常菌群與宿主間經常維持相對平衡，而且菌群之間的關係也不是靜止的，其組成及數量均處於不斷變化的動態平衡之中。
口腔環境暖溼，雖然唾液有清除微生物的作用，但存在有豐富的食物殘渣和脫落的粘膜上皮細胞，可作為細菌、真菌等生長繁殖的基質，況且唾液中的氨基酸、肽類、粘蛋白和葡萄糖也給微生物提供營養。口腔中各種表面結構均有利於細菌群集，因此，口腔內菌群的數量和種類很多。甲型鏈球菌中的輕型鏈球菌、變形鏈球菌和唾液鏈球菌普遍存在於口腔內。
食道與胃在進食時被細菌汙染。除少數耐受酸性細菌外，大部分菌迅速被胃酸殺死。暫時在胃記憶體活的有乳桿菌、鏈球菌、葡萄球菌、雙叉桿菌、費化菌、類桿菌、酵母菌和念珠菌等。
腸道內菌群生態不一，以回盲部為分界線，其近端與遠端在菌種和菌數上顯著不同。小腸上部（胃至迴腸中部）的內容物存在少量革蘭氏陽性菌，如甲型鏈球菌、葡萄球菌、乳酸桿菌和真菌。而大腸桿菌、類桿菌、費化菌、梭狀桿菌和梭形芽胞桿菌則極少。正常人空腸內容物檢查約50%無菌。
大腸存在有大量各種微生物。其中有常居於腸道的正常菌群，也有暫棲的過路菌。在一定時間內，結腸可存在數種不同種、型的菌群。以往認為糞便內以大腸桿菌為主，近來發現在正常糞便中99%以上是厭氧性細菌，需氧菌不到1%，活菌數中大腸桿菌不到0。1%，厭氧菌與需氧菌比例約1000：1。
正常菌群在人體腸道內生存和增殖，在正常情況下，給人體帶來利益，防止外來細菌的侵襲。其意義和作用主要有如下幾個方面：
1、維持組織器官的正常結構和功能：
雖然腸道菌群對宿主腸道形態結構上的影響各說不一，但多數學者認為它對宿主的營養、抗感染、抗休克、抗肝昏迷、抗腸絞窄阻塞及對放射的反應上都有一定作用。因此，可以認為腸道正常菌群是宿主內環境的重要組成部分。
2、自然菌膜：
各種正常菌群在宿主消化道面板和粘膜表面的特定部位粘附繁殖，形成自然菌膜，是一種非特異性的區域性保護膜，能使機體免受病原菌的侵襲和聚集。
3、非特異性免疫作用：
實驗證明無菌動物抗感染能力較低。無菌動物淋巴系統衰退、淋巴組織縮小、免疫活性細胞減少、淋巴結內生髮中心萎縮以及血清中丙種球蛋白量降低。正常菌群能引起機體產生所謂“自然抗體”，以抑制致病菌的生長。故正常菌群在宿主抵抗感染上有定的作用，是非特異性免疫功能的一個部分。
4、合成維生素：
人腸道細菌能合成足夠量的核黃素、生物素、葉酸、維生素K等。在自然食物中，並不含有人類需要的維生素K，只能依靠腸道內細菌合成。長期用抗生素者常見維生素K缺乏，並伴有維生素及複合體缺乏。人體正常菌群也有可能合成泛酸與吡哆醇。維生素k有幫助凝血，防止出血的作用。
5、拮抗外襲菌群的作用：
正常菌群對外襲菌有強烈的拮抗作用，痢疾、傷寒和霍亂等腸道傳染病都是由於這些病原菌突破了腸道正常菌群的拮抗所致，否則難以致病。嬰幼兒腹瀉、消化不良、腸炎和痢疾均與其腸道菌群紊亂有關。大腸桿菌、產氣桿菌、變形桿菌、乳酸桿菌和腸球菌均能拮抗志賀氏桿菌。動物實驗表明：當腸道完全無菌時，從外界輸入的病原菌能迅速增殖，但當腸道菌群正常時，病原菌的增殖速度明顯減慢，在腸道記憶體活的病原菌數量僅為無菌動物0。01~1%。
6、正常菌群對宿主的新陳代謝的影響：
正常菌群影響宿主對糖、蛋白、脂肪和維生素的吸收。腸道內金黃色葡萄球菌、糞鏈球菌和念珠菌及其無菌濾液均能干擾腸內糖的吸收。食物中膽固醇可被微生物轉變為膽甾烷和糞烷從糞中排出。腸道細菌能降解含氮物質產生氨，提高血液中氨的水平。攝入多聚不飽和脂肪可使菌群發生改變，同時血清膽固醇減少，從膽酸形成糞烷及去氧膽酸鹽也減少，故腸道菌群在人體營養及代謝上有一定作用。
