慈禧離世後，其遺體在長達76年的時間裡，先後三次殮入同一口棺內，具體經過如下：
第一次入棺
光緒三十四年（1908年）十月二十二日未正三刻，慈禧走完了她74年的人生路程，撒手人寰。當天下午4時30分，掌儀司首領太監用鵝黃吉祥轎將慈禧的遺體從西苑儀鑾殿抬出，5時15分到皇極殿，放在回床上。 第二天上午8時5分，在隆裕皇太后和瑾妃的敬視下，慈禧的遺體被殮入了棺內。宣統元年（1909年）十月初四日巳時，慈禧的梓宮葬入菩陀峪定東陵地宮。
第二次入棺
慈禧死後20年，即1928年7月4日至10日。軍閥孫殿英盜掘了乾隆帝的裕陵和慈禧陵，毀棺拋屍，掠走了全部隨葬珍寶。慈禧遺體被丟擲棺外，嘴裡的寶珠被摳走，身上衣物也被損毀。 盜案發生後，溥儀派載澤、耆齡、寶熙等人到東陵對慈禧的遺體進行了重新安葬。載澤等人鑽進地宮，見慈禧遺體趴在棺蓋上，頭朝北，腳朝南，左手反搭在後背上。在地宮裡已暴屍40多天，遺體上出現了許多斑點，長滿了白毛。 載澤等人見內棺尚完好，可以繼續使用，於是命旗婦用一塊黃綢子將慈禧遺體蓋上，將一件黃緞褥鋪在遺體一側，然後慢慢翻轉屍身，正好將遺體仰臥在黃緞褥上。只見慈禧面色灰白，兩眼深陷無珠，顴骨高隆，嘴唇有傷痕。眾人幫扶著，用如意板將慈禧遺體抬入棺內，如意板未撤出。遺體上蓋上一件黃緞被，把從地宮裡拾到的慈禧生前剪下的指甲和掉的牙用黃綢子包好，放在被上。載澤又將當年得到的慈禧遺物，一件黃緞袍、一件坎肩蓋在被上，蓋上棺蓋，用漆封上棺口，重殮完畢。
第三次入棺
1979年2月17日，清東陵文物保管所對慈禧地宮進行了清理。因為要趕在五一節開放慈禧地宮和慈安陵地面建築，保管所領導決定將慈禧內棺留到旅遊淡季再清理。
1983年12月初，旅遊已進入淡季。保管所領導決定清理慈禧內棺。12月6日，清理小組開啟棺蓋後，看到一件黃緞大被把棺內蓋得嚴嚴實實，被上蓋著兩件衣服。很顯然，這是1928年載澤等人重殮時的原狀，55年來一直沒人動過。為穩妥起見，保管所領導決定先蓋上棺蓋，封閉地宮，將此事向上級彙報。
1984年1月4日，國家文物局派來了幾名專家，與清東陵文物保管所組成了一個清理慈禧內棺10人小組。 第二天，清理小組依次揭取了被上的兩件衣服，發現了包著慈禧指甲和牙齒的小黃包。當將黃緞捲走後，慈禧的遺骸呈現在眼前，她的臉部及上身用黃綢包裹著，下身穿著褲子，褲子上繡滿了“壽”字，一隻腳上穿著襪子。遺體仰身直臥著，頭微微左偏，右手放在腹部，左臂自然地垂於身體左側，兩眼深陷成洞，腰間扎著一條絲帶。遺體仍是完整一體的，全長153釐米。 清理小組用她身底下的如意板將遺體從棺中抬出，放在地宮的地面上。在棺內噴灑了防腐消毒藥液後，又將慈禧的遺體抬入棺內。這是她死後第三次被抬入這口棺中。然後將被、小黃包及兩件衣服完全按原樣、原位置放回。一切都恢復了原狀後，又往棺內噴灑了一遍藥液，蓋上棺蓋，封好棺蓋口，木工們將殘破的外槨修好後，套在了棺外。
如今，慈禧的遺體仍完整地躺在棺木內，保留著1928年第二次入殮時的原樣。
