一、神經系統病變：
1
、腦血管疾病，包括腦出血及腦梗塞，能清晰顯示腔隙性梗塞。
FLAIR
技術及彌散加權成像（
DWI
）可對超急性期腦梗做出診斷，並可準確分期。對小灶性脫髓鞘及腦腔隙等微小病變，腦實質出血較敏感並能對出血進行分期。
2
、腫瘤性病變，對各種原發、轉移性腫瘤能夠作出較為準確的定位和定性診斷。尤其對腫瘤內的壞死、囊變和出血有良好的顯示。增強掃描更能提高診斷的準確率。灌注掃描及波譜（
MRS
）技術可透過對代謝產物的分析確定腫瘤的診斷。
3
、感染性病變以及一些寄生蟲病變，如腦炎、腦膿腫、腦囊蟲及血吸蟲等寄生蟲疾病有特徵性表現。
4、其他疾病，如腦外傷、脫髓鞘性疾病、顱腦先天性疾病、腦白質病。
5
、腦動脈成像（
MRA
）及腦靜脈成像（
MRV
）變性疾病，可以不用造影劑，診斷先天畸形、外傷等，對病變的定位、定性診斷較為準確、及時，可發現早期病變。
二、心血管系統：
可用於心臟病、心肌病、心包腫瘤、心包積液以及附壁血栓、內膜片的剝離等的診斷。
三、胸部病變：
縱隔內的腫物、淋巴結以及胸膜病變等，可以顯示肺內團塊與較大氣管和血管的關係等。
四、腹部方面：可清晰顯示腹腔實質性器官和大血管
1、肝臟，肝癌、肝血管瘤及肝囊腫的診斷與鑑別診斷，腹內腫塊的診斷與鑑別診斷，尤其是腹膜後的病變。
2、膽囊及膽管，用
MRCP
檢查可顯示膽囊、肝內膽管、左右肝管及膽總管，對膽繫結石、炎症、囊腫及腫瘤有較高的診斷價值。
3、脾臟，脾臟的血管瘤及轉移瘤。
4
、腎臟， 腎臟及腎上腺的囊腫及腫瘤。尿路成像（
MRU
）顯示泌尿繫結石、炎症、腫瘤等。
5、胰腺，可顯示胰腺的炎症、囊腫和腫瘤。
6、應用化學位移成像（
CSI
）準確診斷脂肪肝及腎上腺脂肪瘤。
五、盆腔臟器；可清楚顯示男女生殖器官及膀胱病變
1、男性，前列腺的增生和腫瘤、附睪和精囊腺的炎症及腫瘤、睪丸鞘膜積液。
2、女性，可檢查卵巢囊腫和炎症。對子宮肌瘤、子宮腺肌症、子宮內膜癌、宮頸癌有較高的診斷價值。子宮肌瘤、子宮其它腫瘤、卵巢腫瘤，盆腔內包塊的定性定位，直腸、膀胱的腫物等。
六、骨骼與關節
1
、脊柱方面，對於脊椎椎間盤突
（
脫、膨
）
出、外傷脊柱骨折能夠很好顯示。可很好地顯示椎體的炎症、結核以及原發或繼發性腫瘤病變，可進行全脊柱成像。對於脊髓病變，包括炎症、脫髓鞘、變性、腫瘤及脊髓空洞能夠做出較為明確診斷；
2
、骨關節方面，可對髖、膝、
踝、肩、肘及腕等大關節以及四肢長骨的病變進行多方位掃描，尤其對一些細微的改變如骨挫傷等有較大價值，關節內軟骨、韌帶、半月板、滑膜、滑液囊等病變及骨髓病變有較高診斷價值。
4、肌肉及軟組織，因
MRI
軟組織解析度高，可很好地顯示其炎症為腫瘤類疾病。
七、全身軟組織病變：無論來源於神經、血管、淋巴管、肌肉、結締組織的腫瘤、感染、變性病變等，皆可做出較為準確的定位、定性的診斷。類PET技術在全身腫瘤及淋巴轉移是最方便快捷的方法。
