關於商鞅之死，其直接原因乃是與秦惠王的私人恩怨。
話說當年秦惠王還是秦國公子的時候，因觸犯秦國法令而獲罪。原本按照周朝禮法，禮不下庶人、刑不上大夫。秦惠王自然不算犯法，但變法之後的秦國，天子犯法與庶民同罪，即使你是國君之子也不可以。當然，畢竟是未來天子，上刑恐會傷其身體，實在不妥。於是商鞅便將其老師公子虔鼻子割掉，以代公子之過。
這雖然明面上是割的公子虔的鼻子，但事實上懲罰的是秦惠王，所以二人的樑子就此結下。秦惠王登基之後，對其報復倒也說得過去。
但，關於商鞅之死，這並不是主要原因。秦惠王之所以殺他，更多的是想給變法畫上一個圓滿的句號。
前人栽樹，後人乘涼，商鞅之死其實是變法的延續。換句話說，商鞅變法，直到他死之前，都不能算是成功。因為商鞅變法之所以能夠順利進行，很大程度上是由於秦孝公的絕對支援，其將秦國內部的一系列反抗聲音給壓制得死死的。而秦孝公死後，商鞅沒有了靠山，而那些守舊派又坐不住了。
他們對於商鞅可謂是恨之入骨。
當初商鞅變法中的許多內容就是針對秦國的舊貴族勢力，比如明令軍法獎勵軍功、廢除世卿世祿制度 、建立二十等爵制等等。
這其中最重要的就是獎勵軍功，普通士兵可以憑藉軍功得到爵位封賞，這極大地鼓勵了秦人參軍的意願，也培養了秦人的尚武精神。而世卿世祿制度被廢除，意味著舊貴族不能世代繼承祖輩的官職、爵位和封地。
很明顯，商鞅變法刺激了新的軍功貴族階層誕生，卻極大地損害了舊貴族階層的利益。司馬遷也說：“商君相秦十年，宗室貴族多怨望者。”
他們站出來反對商鞅，反對變法，秦惠王能怎麼辦？
他不是秦孝公啊，無論資歷、還是實力，他都無法做到像父親那樣對守舊派做到絕對的壓制。即位之初的秦惠王尚沒有能力駕馭貴族集團與保守派的聯手反攻，為保證秦國不亂，秦法不變，秦惠王只能犧牲商鞅。他如果繼續支援商鞅，必然會引發秦國舊勢力的對抗，甚至於開啟秦國的又一次內亂。
所以商鞅必須死。
只要商鞅死了，守舊派們便沒有了攻擊的物件，更找不到理由來奪回曾經屬於自己的權力，變法所取得的成果就不會被顛覆。
總結來講就是，商鞅變法觸動了貴族階層的利益，而此時支援商鞅變法的秦孝公已死，為了平息舊貴族階層的怒火，新繼位的秦惠王下令處死商鞅。更重要的是變法已經完成，秦國完成了由弱轉強的過程，所以飛鳥盡，良弓藏，功高震主的商鞅之死也就不足為奇。
事實上，就變法的實際意義來講，商鞅在秦孝公和秦惠王面前所扮演的角色是不同的。
首先對於秦孝公來說，當時秦國積弱，國家急需變革，他需要商鞅這樣的人來幫助改變這個國家。正所謂“治亂世宜用重典”，商鞅制定法令來約束百姓貴族，並用“重輕罪”（既便犯很輕微的法，也要處以很重的刑罰）這樣的作法來保證秩序。
在當時的秦國混亂的環境下，商鞅的重拳出擊無疑是最好的辦法，結果證明也確實如此。在商鞅的幫助下，秦國上下“以私下鬥毆為恥，以為國家立下戰功為榮”，屢敗宿敵魏國的軍隊，秦孝公也得周顯王冊封，“孝公十九年，天子致伯。”秦孝公也兌現自己的承諾，在收復部分河西之地後，將於、商十五邑封給商鞅，這也是“商鞅”名字的由來。
但到了秦惠王時代，則完全不一樣了。此時的秦國已經強大，各種法令秩序隨著時間的流逝也已經深入人心。商鞅的強權高壓政策其實並不是太適合這個時代。換句話說，此時秦國的國民“素質”已經提高到了不需要過多的制度來維持的地步。
商鞅對於秦惠王來說，不再具備變法的價值，他只是一個功臣。狡兔死，走狗烹，這個定律一般人都逃不掉。
“狡兔死，走狗烹”，不僅僅是因為走狗沒了用處，也有可能是走狗被競爭下崗了，不再需要狗的協助，主人自己就能抓兔子。
於秦國而言，商鞅變法使秦國擺脫衰亡危機，迅速走上了發展的快車道，以至於最終能夠一統天下，這其中作用最大的商鞅的法，而不是商鞅。
當法治建設到一定程度的時候，商鞅本人就只是作為一個變法功臣存在，以當時商鞅的年齡，也很難再為變法添磚加瓦了，這時候，商鞅之於秦國並非必需。
當然，商鞅還有其他的價值。
就歷史而言，商鞅雖然是秦國的大功臣，但在當時的秦國，其實並沒有多少人喜歡他。首先那些舊貴族們自然是討厭商鞅的，畢竟自己的鐵飯碗就是他給弄丟的。至於百姓們，雖然商鞅給他們打開了向上晉升的通道，讓許多有能力的底層人民走上了歷史的舞臺。
但其嚴苛的法度也是秦國人的噩夢，在其“重輕罪”的思想下，秦國百姓們整天提心吊膽，生怕哪天一不小心被殺頭。在許多人眼裡，他就是一個酷吏。
秦惠王殺他，或許不是自己的想法，但絕對是秦國大多人的想法。更重要的是，殺了商鞅，還可以拉攏舊貴族，樹立自己的威信。秦惠文王也是極為聰明有才的人，他殺商鞅是為了鞏固自己地位，但他卻沒有廢除商鞅變法。
所以商鞅死後，新法並未廢除，為日後秦國統一六國奠定了基礎。
李斯的《諫逐客書》曾寫道：
“孝公用商鞅之法，移風易俗，民以殷盛，國以富強，百姓樂用，諸侯親服。
然而這一切商鞅都看不到了。
