北京時間9月29日，2021年足協盃正賽抽籤儀式進行，衛冕冠軍山東泰山隊首輪對陣中甲第5南通支雲，1/8決賽可能遇到廣州隊，李霄鵬執教的武漢也進入濟南賽區，首輪對陣丹東騰躍，國安同樣分在上半區，首輪對陣四川九牛。下半區，申花、亞泰可能提前相遇，海港也在下半區。
2021年足協盃分為資格賽和正賽兩個階段，中超16隊直接進入正賽，中甲和中乙球隊經過資格賽決出15支參賽隊，加上中冠球隊梅縣球鄉，組成32支參賽隊。足協盃32進16和16進8是單場定勝負，比賽安排在4個賽區進行，分別是濟南、長春、大連和梅州，泰山隊、長春亞泰、大連人和梅縣球鄉自動落位4個賽區，每個賽區8支球隊，比賽時間是10月13日到20日。
8進4和半決賽採用兩回合的賽制，比賽安排在大連賽區進行，總共12場比賽，比賽時間是10月23日到11月8日，決出兩支進入決賽的球隊。決賽單場定勝負，時間原定11月13日或14日進行，足協盃官方訊息確認，決賽時間推遲到2022年進行，具體時間要看中超的賽程安排，等中超結束後再進行足協盃的決賽。
29日的抽籤儀式確定四個賽區的參賽球隊和首輪對陣，中超16隊對陣中甲、中乙和中冠參賽隊。進入正賽的9支中甲球隊是成都蓉城、武漢三鎮、浙江、淄博蹴鞠、陝西長安競技、崑山、四川九牛、北京北體大和南通支雲，6支中乙球隊是U20國青、陝西俑士超越、西安駿狼、四川民足、丹東騰躍、青島青春島。
抽籤儀式先確定四個賽區的安排，A賽區是濟南賽區，山東泰山落位A1，B賽區是梅州賽區，梅縣球鄉落位B1，C賽區是長春賽區，長春亞泰落位C1，D賽區是大連賽區，大連人落位D1。A和B是上半區，C和D是下半區。緊接著抽籤儀式，南通支雲被抽出，山東泰山對陣南通支雲。青島青春島落位A，6，丹東騰躍落位A7，崑山隊落位A8，進入濟南賽區。
梅州賽區，武漢三鎮落位B6，成都蓉城落位B7，四川九牛落位B8。長春賽區，浙江隊落位C5，對陣長春亞泰。四川民足落位C6，淄博蹴鞠落位C7，陝西俑士超越落位C8。大連賽區，大連人對陣U20國青，北京北體大落位D6，陝西長安競技落位D7，西安駿狼落位D8。
緊接著是中超球隊的籤位，廣州隊落位A2，對陣青島青春島，泰山隊和廣州隊有望提前相遇，武漢隊落位A3，李霄鵬帶隊回到濟南，首輪面對丹東騰躍。青島隊落位A4，對陣崑山，濟南賽區的四支中超隊是泰山隊、廣州隊、武漢隊和青島隊。梅州賽區，梅縣對陣河南嵩山龍門，重慶兩江競技對陣武漢三鎮，成都蓉城對陣廣州城，北京國安對陣四川九牛。泰山隊、廣州隊、國安都在上半區。
下半區，申花對陣四川民足，落位長春賽區，1/8決賽可能遇到長春亞泰。滄州雄獅對陣淄博蹴鞠，深圳隊對陣陝西俑士超越，他們和申花、亞泰一個賽區。大連賽區，天津津門虎對陣北京北體大，河北隊對陣陝西長安競技，海港對陣西安駿狼。下半區，申花、深圳和海港、亞泰都有競爭力。
