解螺旋公眾號·陪伴你科研的第2522天
簡潔、明瞭、好用
之前我們介紹了快速尋找RNA與RNA、蛋白質、DNA和化合物相互作用的好用網站，今天我們一起來看一下另外一個好用的資料庫。
GeneMANIA資料庫（http：//genemania。org）的開發者來加拿大的多倫多大學，
最開始的資料庫相關文章（PMID: 20576703）於2010年7月發表在Nucleic Acids Research雜誌（2019IF=11.501）上
，截至2021-03-12該文章已引用1042次（資料來源：PubMed）。之後開發者於2013年和2018年對該資料庫進行了兩次大更新，每次更新的文章也都發表在了Nucleic Acids Research上。
該資料庫用於生成有關基因功能的假設、分析基因列表和為功能分析確定基因的優先順序。
給定一個查詢基因列表，GeneMANIA使用大量的基因組學和蛋白質組學資料發現功能相似的基因。在這種模式下，它根據查詢的預測值對每個功能基因組資料集進行加權。
GeneMANIA的另一個用途是基因功能預測。
給定一個查詢基因，GeneMANIA會根據基因與它的相互作用，找到可能與它共享功能的基因。
GeneMANIA目前支援9種生物（擬南芥、秀麗隱杆線蟲、斑馬魚、果蠅、大腸桿菌、人、小家鼠、褐家鼠和釀酒酵母）。從GEO、BioGRID、IRefIndex和I2D以及生物體特有的功能基因組學資料集中收集了數以億計的資料集和數以億計的相互作用。使用者可以透過選擇要查詢的特定資料集和上載自己的資料集進行分析來自定義搜尋。
開發者於2018年更新了GeneMANIA的使用者介面，使其更直觀，更有效地利用視覺空間。現在我們就一起來看一下這個資料庫。
在頁面的左上角有一個的符號，表示預設選擇的物種為人，當然使用者也可以根據自己的需要在資料庫涵蓋的9種物種中進行相應的選擇。
點選後面的會發現一些可供選擇的網路類別。
GeneMANIA可以搜尋許多大型的、公開的生物資料集來尋找相關的基因。這些包括蛋白質-蛋白質、蛋白質-DNA和遺傳相互作用、途徑、反應、基因和蛋白質表達資料、蛋白質結構域和表型篩選概況。
其中網路名稱的命名原則是從與資料來源相關聯的PubMed條目生成的（第一作者-最後作者-發表年份），或者只是資料來源的名稱（BioGRID，PathwayCommons-（original data source），Pfam）。
這裡羅列了網路的一些基本資訊，感興趣的小夥伴可以仔細研究一下。
下面我們以網站的預設選擇物種和網路，使用TP53為例進行演示。在檢索框輸入基因名後點擊後面的放大鏡進行檢索（回車的話是繼續輸入下一個基因名），網頁載入完成後就會得到結果。
最右邊的可以展開該網路中涉及到的所有的網路，使用者可以在這裡選擇是否需要顯示需要的網路。
點選左邊的會將網路重新排布，類似於cytoscape中的修改樣式。這裡預設輸入的基因是在最中間。
就是把網路豎向排布，輸入的基因預設也是單獨分開的。
則會把網路隨機重排，使用者可以根據自己的喜好選擇相應的網路圖。
在網路圖中點選相應的節點（如RFWD2），左上角會彈出對話方塊，顯示了該節點的基本資訊，包括NCBI的連結（）。
是將該基因與之前輸入的基因一起來重新繪製網路圖，而則是重新以為基因繪製網路圖。
在網路圖中點選相應的連線（如EFWD2與TP53），左上角會彈出對話方塊，顯示了該連線的基本資訊的證據來源，包括相應的的連結（）。
顯示了目前網路的基本資訊。我們的網路顯示了TP53的20個相關基因，網路中一共有21個基因（加上TP53），一共有201個連結。
可直接進行儲存。需要注意的是除了網路圖的直接儲存為圖片，還可以儲存其他的諸如網路資料、基因資料、功能資料、互動資料等其他資訊。
以FDR值從小到大排列了網路中的功能資訊。
點選每項功能前面的方框可以在網路圖中對涉及該功能的基因進行相應的上色，選擇多項功能還可以上多種顏色。
