法國並不希望殖民地徹底脫離自己的掌控，先後採取了不同的措施，以圖保持法國的特殊地位。1956年6月23日，法國制定《海外領地框架法》（Loi-cadre Defferre）。1957年初，法國國民議會根據該法透過給予法屬赤道非洲“地方自治權”的法律，查德獲得“半自治共和國”的地位。
1958年，戴高樂迴歸法國政壇，建立了第五共和國。根據1958年的《法蘭西第五共和國憲法》，查德獲得“法蘭西共同體”內的“自治共和國”地位。但這未能滿足查德人民的獨立訴求。1959年2月10日，查德發生了反對殖民統治的武裝暴動。同年6月，查德舉行了全國性的遊行示威，遭到法國殖民者的血腥鎮壓，死傷群眾400多人。10月，首都拉密堡爆發了要求脫離“法蘭西共同體”的大型示威活動，人民群眾還堅決反對法國在查德的殖民僱傭軍赴阿爾及利亞和喀麥隆作戰。
在此背景下，查德獨立已經是大勢所趨。1960年8月11日，法國同意查德獨立，但仍須留在調整後的“法蘭西共同體”內。然而，隨著1961年法蘭西共同體的解散，法國也就無法以此形式制約查德的獨立了。這一時期，查德政治舞臺上出現了一些重要的人物，其中包括後來成為查德第一任總統的託姆巴巴耶（Ngarta Tombalbaye）等人。而查德的獨立並不意味著戰亂的停歇。
乍得於1960年8月11日宣告獨立，國名為“查德共和國”。1960年8月12日，託姆巴巴耶當選總統。獨立伊始，殖民時期遺留下來的南北方差異迅速演變為南北方衝突。由於殖民統治者長期以南方為據點，查德南方人受教育程度較高，掌控著政府和軍隊。查德社會內部矛盾日益突出。
託姆巴巴耶對內實行專制統治，推行大薩拉族主義和歧視北方人的政策，激起北方人的極大不滿。1961年，託姆巴巴耶為調和南北矛盾，邀請反對派各黨與查德進步黨聯合，組建查德進步聯盟（Union pour le progrès du Tchad）。但聯合只流於表面。1963年9月16日，查德獨立僅三年，即爆發大規模反對派遊行活動。託姆巴巴耶政府對遊行實施鎮壓並逮捕了反對派首領。
1965年，由於政府採取了嚴苛的稅收政策，查德北方和中部相繼爆發群眾武裝暴動，遭到鎮壓，險變為內戰。流亡國外的查德反對派利用這一時機，在蘇丹成立“查德民族解放陣線”（Front deLibération nationale du Tchad， FROLINAT，簡稱“民陣”），以推翻託姆巴巴耶政權為綱領。
1969年初，在“民陣”領導下，查德國內的反政府武裝迅速發展，幾乎遍及全國各地。託姆巴巴耶只得求助於法國政府的武裝干涉，查德全國性武裝鬥爭遭到暫時性挫敗。但是北方人對託姆巴巴耶的仇視不斷加深，而南方人對他本人的風格和政策的不滿也在擴大，矛盾越積越深，最終導致了1975年的政變。
1975年4月13日，曾經被託姆巴巴耶逮捕關押的武裝部隊司令菲利克斯·馬盧姆（Félix Malloum）發動軍事政變，推翻了託姆巴巴耶政權，成立軍政府。軍政府宣佈廢除憲法，解散議會，取消一切政治活動。軍政府對內主張民族和解和全國統一，振興經濟，發展民族文化。
但在這一時期，馬盧姆政府、哈佈雷（HissèneHabré）、古庫尼（Goukouni Oueddeï）三派呈現三足鼎立之勢。古庫尼領導下的“民陣”人民武裝部隊（Frolinat forces armées populaires）是實力最強的派系，控制著查德北部和中部大部分地區。
哈佈雷所領導的民陣北方武裝部隊（Frolinatforces armées du Nord）則是1976年從古庫尼派中分裂出來的武裝力量，亦具有較強的戰鬥能力，以中、東部為勢力範圍。另外，還有卡穆格所領導的查德武裝部隊（Forces armées duTchad），它由原查德憲兵部隊和部分國民軍組成，實力較強，依託於人口眾多、經濟比較發達的南方5省。
因此，代表南方勢力的軍政府並沒有在全國實現穩定發展，政局持續動盪。北部和中部阿拉伯遊牧民族發動大規模的反政府武裝鬥爭，迫於壓力的馬盧姆政府認為單純依靠高壓政策無法解決問題，遂提出透過談判實現全國和解。但是不同武裝力量表現出不同的態度。北方武裝“民陣”的領導人哈佈雷同意就和解問題與馬盧姆政府接觸，而北方武裝部隊前領導人古庫尼則拒絕談判。
1978年8月25日，查德政府代表同哈佈雷派共同簽署了《根本憲章》，並組成臨時團結政府，馬盧姆任總統，哈佈雷任總理。古庫尼則率領其部隊，重新聯合北方各派，於1978年3月組成“人民武裝部隊”進攻首都。他的部隊迅速佔領了近一半的查德國土，推進到距離恩賈梅納僅300千米處。1979年2月，馬盧姆和哈佈雷勢力間合作關係破裂，發生衝突。古庫尼的部隊乘機進攻首都，查德再次陷入混戰。
從20世紀70年代末到90年代初，查德處於各方混戰之中，尤其是北方各軍事力量之間的爭鬥中。查德周邊各國、法國、非洲統一組織等紛紛試圖平息戰亂局面，恢復該地區和平。1979年3月10～15日，在鄰國的斡旋之下，查德各派政治勢力的領導人在奈及利亞北部的卡諾城（Kano）舉行會議，達成了關於解決武裝衝突的協議，成立了以“民陣”領導人古庫尼為首的臨時國務委員會。
原總統馬盧姆和總理哈佈雷宣佈辭職。談判進展並不順利。同年4月，在卡諾召開了第二次查德全國和解會議，討論成立民族團結過渡政府，未達成協議。會後，古庫尼和哈佈雷在恩賈梅納宣佈成立民族團結過渡政府，遭到各方反對。5月，在奈及利亞的原首都拉各斯召開的第三次全國和解會議遭到了古庫尼和哈佈雷等派的抵制。
第16屆非洲統一組織首腦會議就查德問題進行了商討，促成了1979年8月查德11個派別在拉各斯舉行的第4次全國和解會議，並達成和解協議。11月10日，簽署《拉各斯協議》的各派聯合組成了民族團結過渡政府。然而，非洲各國的努力並沒能真正停止查德的內戰。
