對於楊應龍在貴州的造反事件，到了天啟一朝就有不少人同情他，畢竟閹黨當道，什麼事情也能做成白的，尤其是在張居正去世後，萬曆皇帝又是個政治白痴，怎麼辦？忽悠啊，反正趁大好機會弄死一個政敵是一個政敵，楊應龍也是在這個關鍵點上摔了跤，作為明朝少數的指揮使，權力不容質疑，當然這也讓他在朝廷裡得罪了不少人，尤其是那幫不務實事的東林黨，就在國本之爭上，他站錯了隊，到了福王朱常尋這一邊，而這也讓他從此走向了萬劫不復。
東林黨一直在朝堂上吵，幾個當權派甚至有威脅的意思，萬曆皇帝不得不作出讓步，將朱常洛做為太子，如此一來在福王朱常尋一邊的大臣將徹底失去機會，不過這也是三大案的發生由來，尤其是挺擊案，這個就牽連到了楊應龍，這些準備擁護福王的人必定將遭受東廠的審查，還牽查出了不少貪汙案，這也成了東林黨的又一個把柄，繼續向政敵發難，而楊應龍也是在這個時候徹底被衝昏了頭腦，估計也是想出風頭想瘋了，居然寄信罵翰林院學士昏庸無道，要清君側，這下就捅簍子了，清君側這可不是開玩笑的，這一報上去估計就是謀反。
不久，謀反的罪名被加在了楊應龍的頭上，怎麼辦？怎麼解釋，到京城裡花錢跑便了關係，可萬曆皇帝還是直言要捉拿楊應龍，若說在朝鮮還有戰事，衝軍去吧，可很不巧，這一戰已經打完了，明軍都已經開始撤退了，到了1598年明軍已經徹底離開了朝鮮，無戰事就要拿人頭來換，錦衣衛的捉拿詔書一天到晚浮現在楊應龍的眼前，沒辦法只得硬著頭皮上，乾脆就造反吧，遲早錦衣衛是要來的，於是楊應龍糾集了8萬兵力開始入侵四川成都，得知這一訊息的李如松上奏朝廷要求嚴肅處理，要求朝廷迅速發兵平定貴州地區的叛亂，最後廷議也是一邊倒，沒有人記得楊應龍過去做過什麼，都是以叛亂者的名義來唾沫於他，隨後朝廷的二十萬大軍就趕往了漢中至成都一帶，打算與楊應龍決戰。
造反沒有回頭路，如今上表請降也只有死路一條，於是他果斷殺出一條血路。進攻成都，想著包圍成都以後，切斷明軍的退路，這樣一來能拖延一下時間，也有更多時間與朝廷方面談判，可是朝廷一方根本就不理他，而是繼續增兵至漢中，這也讓楊應龍深感走向了絕路，於是在四個月後，成都一戰告終，殲滅楊應龍匪徒共計3萬餘人，還有部分逃竄到了四川各州府，於是嚴抓嚴查這些匪徒的關卡可多了去了，退往貴州的楊應龍在一星期後遭到了大批明軍的追擊，幷包圍貴陽城，十天後，城破，楊應龍在自盡前也寫下奸賊當道四個字，不過如今朝廷派系林立，一些地方當權派卻有形成替罪羊。
