正德二年（1507）三月，劉瑾令群臣跪於金水橋，宣示奸黨名單。列入奸黨的有大學士劉健等幾十人，羅織的罪狀是
“遞相交通，彼此穿鑿，曲意阿附，遂成黨比”
。宣示奸黨，便把異己逐出政治舞臺；讓廷臣跪而聽詔，造成他們心理上更大的壓抑感，這是劉瑾樹立權威的一個重大步驟，由此開創了內宦指朝臣為朋黨的惡例。
劉瑾素描頭像
正德三年（1508）夏，早朝時，發現了攻擊劉瑾的匿名書帖，劉瑾令群臣跪於奉天門下曝曬。傍晚，劉瑾下令把五品以下官員全部收入錦衣衛獄中，共三百多人，而順天推官周臣、進士陸伸等人因中暑身死。後來，他聽說此書是內臣所為，方釋放諸臣回家。劉瑾依靠其淫威，數興大獄，眾多官員被抄家。對於敢說真話的言官劉瑾都不擇手段加以摧殘壓抑，藉故罷免、廷杖以及誣陷定罪殺害。
正德四年（1509）十月，設內行廠，劉瑾親自掌管。內行廠的酷烈更勝於東、西二廠，內行廠還有一個特殊功能，就是監視東、西二廠，即監視可能對劉瑾構成威脅的另一些大太監。朝臣和宦官都在劉瑾的監視之下，每天都擔驚受怕。當時，京師流行“兩皇帝”之說，稱武宗為
“坐皇帝”
或
“朱皇帝”
，稱劉瑾為
“站皇帝”
或
“劉皇帝”
。劉瑾在權欲的路上越走越遠，最後竟動了篡位之心，他私自刻了印璽，暗造弓箭，企圖尋機奪位，群臣對他恨之入骨。
劉瑾先後專權五年，完全侵奪了內閣的權力。最初凡一切章奏，劉瑾還送內閣票擬，但閣臣必須先探劉瑾的意見，或派人至劉瑾處請示，然後下筆。以後，劉瑾將章奏攜歸私邸，與妹婿孫聰及罷學生員張文冕共同商量參決，而由主掌內閣大學士焦芳為之潤色。焦芳稱劉瑾為“千歲”，自稱“門下”，凡出自內閣的票擬章奏，都完全遵從劉瑾的旨意，使內閣成了劉瑾的工具。劉瑾的私黨除焦芳外，還有劉宇、曹元輩。
“公侯勳戚以下，莫敢行鈞禮，每私謁，相率跪拜。章奏先具紅揭投瑾，號紅本，然後上通政司，號白本，皆稱劉太監而不名。都察院奏讞誤名瑾，瑾怒譏之，都御史屠摩率屬跪謝乃已”。
劉瑾還矯詔命令吏、兵二部，凡進退的文武官員，必須先到劉瑾那裡詳議。因而，吏、兵二部用人之權，也由劉瑾所操縱。
劉瑾當權之日，政治黑暗，賄賂公行。凡地方官赴京師朝覲，劉瑾令每省送銀二萬兩，各官皆貸於京師富豪，回任之後，則取庫金或括民財，加倍償還，名為“京債”。
朱寘鐇之變
正德五年（1510）四月，寧夏發生了安化王朱寘鐇反叛事件。他以反劉瑾起兵，得到許多武臣的擁戴。朱寘鐇之變最後決定了劉瑾的命運。同樣是宦官的平叛功臣張永趁機狠狠地告了劉瑾一狀，罪名是謀反。雖然武宗平時荒唐透頂，不幹正事，這次忽然來了憂患意識，親自鎖拿劉瑾。在搜查劉瑾府第時，武宗親自出馬，抄沒金銀寶貨不可勝計，另有偽穿宮牙牌、衣甲丁弩及玉璽等違禁物品，還發現劉瑾平常使用的扇子裡，裝有機關，藏有兩把鋒利的匕首，可以發射置人於死地，武宗看後大為震驚，尤其是看了扇子中的機關匕首，不寒而慄：“奴才果然要造反！”下定決心處死劉瑾。
依照古人的傳統，春生夏長秋收冬藏，秋主刑殺，一般的死刑犯要等到秋天的霜降以後，在冬至以前才被處死。因為劉瑾屬於謀反的第一重罪，所以不等到秋天的霜降到來就行刑了。劉瑾被處以凌遲。按照規定，要剮3357刀，三日才允許犯人死去，據說在他身上剮了1 300多刀後，他還沒有死，當天晚上抬回監獄還能喝粥。凌遲時，每下一刀吆喝一聲，可以說極為殘酷。原來受過劉瑾禍害的人家紛紛用一文錢買下劉瑾已被割成細條塊的肉吃下，以解心頭之恨。這一年，劉瑾剛好60歲。劉瑾被處死後，其家族15人及同夥吏部尚書、錦衣衛指揮等也被處斬。由劉瑾起用的大學士焦芳等60多人，均被逐出朝廷，結束了劉瑾的專權亂政。劉瑾的專權結束了，朱厚照會如其父所期成為一名明君嗎，且聽小可下回分解！
劉瑾落幕
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