導語：世子入質問題交涉，清朝同意世子歸省與元孫替質
朝鮮眾臣不忍國王被皇太極勒令、入不測之地。不久，仁祖即生病。聞此情況，清人還特以問安為名而來，其實似欲探見仁祖病症之輕重。於是，備邊司提出，欲呈文以請世子回轅，但仁祖認為事未妥當。在此後的幾個月裡，備邊司及百僚反覆奏請，仁祖才終於同意。然而，當時，馬福塔等三人正因朝鮮暗中修築南漢山城事，多有致疑盛怒。顯然，朝鮮沒有謹守和約，暗中加強軍事防備，令清人恐懼、生疑，更成為其拒絕歸還世子的一個直接理由。朝鮮暗中加築南漢山城事引起了清人普覺，朝鮮國內頓時有所收斂、小心，瀋陽館中的氣氛更是緊張。因為南漢山城加築的關係，兩國關係驟然緊張，世子迴歸之路也變得艱難而複雜。
直到謝恩副使李景憲面請於禮部官，備陳國王病日益痛，乞以大君交替，欲見世子於生前，世子歸省事才終獲皇太極的同意。朝鮮群臣能使世子歸省，刻意對清朝作出了讓步，主動以麟坪大君來替換世子，以示在請還問題上的“信譽”和誠意或許因為朝鮮大臣如此冒險的做法正合清人之意，沒想到清人沒有推讓。顯然，皇太極將對朝鮮不守約條、暗中儲糧等諸多抱怨一同發洩出來。但是同時，皇太極基於對朝鮮的警惕和加強控制的目的，竟還要求朝鮮將元孫也送來替質，超出了朝鮮的預料仁祖一直不肯答應群臣提出的“請奏世子歸省”問題，就在於他擔心那樣做，可能會引起清人的猜測和懷疑，並使清人看到朝鮮的“軟弱”情況。
而如今，不僅麟坪大君沒有留住，連元孫也被要求一起替質，這顯然出乎仁祖的意料。仁祖為此事而對相關官員大加懲戒副使李景憲、書狀官申栩全被定配於南陽、楊州等地。此後，仁祖又以大臣們“請還世子、致令元孫、大君併入異域”之事，發“未安之教”。為了逃避入送元孫，仁祖要求只先將麟坪大君入往之意報送對於仁祖提出要世子在六七月出送之意，備邊司及眾臣多次勸阻。他們分析清人的心理，認為東宮之還不可待農隙，因為清人深知朝鮮國王盼望世子之還，緩送之意反而不妥，易招致清人的懷疑。但是，仁祖卻不肯急送，堅持拖延。仁祖其實是個非常感情用事的人，他仁善、懦弱，但尊義理、重名分、惜民生，更重宗族之情、惜義士之生命。
雖然世子得以回轅省親，仁祖並不滿意。因為朝鮮群臣急功近利，用更大的代價才換得世子之回轅成行。因此，當朝廷上下皆以世子回轅為幸、“感激天命”的時候，仁祖的反應卻很平淡。憲府提議“今者王世子還轅之舉，實出於祖宗之默佑，億兆之至願，則此國家無前之大慶，而告廟、頒教節目，遏而不行，以此朝紳缺望。且陪行彼人接待之禮，比之滿將，有所降殺雲。厚薄之際，人情之難處也。在我所待，反不及前人，則逢怒生釁，灼然可知。撰諸情禮，實未妥當，請令該曹更議善處。”憲府的主張在仁祖看來過分奢華，故而不從。此外，朝鮮大臣奢侈逢迎清使的想法，皆被仁祖否定，備邊司講，護行清人八人，俱是內庭親信之人，不可以其無救，而有所節損。仁祖堅決不從。
朝鮮方面在元孫入送過程中不乏有故意拖延時間的防塞、僥倖心理，希望事情可以出現轉機。備邊司曾講，“元孫移住永柔，觀勢前進”，仁祖亦覺“久留無益，移往亦似難便矣。”因此，元孫一行比麟坪大君要遲緩很多。麟坪大君一到瀋陽，皇太極便如約將世子一行及清將梧木道等發程回省。世子入京時，朝鮮罷散朝官之在遠方者皆來會，自碧蹄至胭門，士民填咽。仁祖亦是泣而撫之。梧木道見仁祖症候比前差減，遂急促世子回程，朝臣備陳主上病勢及世子才還，逮發不堪行役之狀，仁祖亦講“世子之行不遠，以此恐有添傷之患”，清人皆不從，並言誘脅朝鮮。四月初二，世子始北歸而世子渡江之時，元孫才剛剛抵達瀋陽不久。英俄爾岱怒斥朝鮮講，“元孫發行，己至四朔，有何故徘徊中路乎賓客不可免重責”。
雖然朝鮮曾對日本人不屑地講，朝鮮肯送元孫出行，乃以示誠款，解彼之疑。但是，司諫趙胡的話中卻道出了在出送元孫和大君的背後，朝鮮對於狡詐無常的清人，是何其擔心。可見，習慣於恐懼和恫嚇的朝鮮君臣同樣對清人變化無常的外交詭計，心懷猜疑和不安。六月二十七日，鳳林大君將還，范文程等來告世子，元孫亦當偕行。訊息傳入朝鮮，眾臣為元孫東還甚喜，但備邊司卻提出了異議“事有當為，而亦有不得為者。蓋不欲重其事，以聞於彼。”
備邊司對此事顯然有更深的考慮。元孫回還固然為朝鮮上下興奮之事，但朝鮮的興奮對清人而言，恰恰又意味著反叛和抗拒之意，因此備邊司勸導群臣低調行事，莫要聲張，此事遂寢。至十九年初，麟坪大君終於還自瀋陽，朝鮮之前的懷疑和顧慮才暫告一段落。然而，已經回到沈館的世子仍舊是“專倚賓客，責任尤重”，繼續與清人進行著艱苦的鬥爭和較量。
