彈道導彈和巡航導彈兩者的最大區別，就是飛行的空間位置不同，彈道導彈升空後，要像運載火箭那樣，先進入大氣層，這本身就需要極高的飛行速度。然後再在太空當中飛行一段時間後，再重新返回大氣層，進入地球上空攻擊目標！所以需要大推力的火箭發動機讓彈道導彈擁有那麼高的速度。
另外彈道導彈追求速度的最重要的原因也是為了防止被對方的反導系統攔截！所謂天下武功唯快不破，所以只要速度足夠快，對方的反導系統就沒有攔截的機會！目前俄羅斯在這方面就做得非常好，最新的“薩爾馬特”洲際彈道導彈就能夠讓攜帶的核彈頭加速到超過20倍馬赫的速度，俄羅斯對外宣稱目前世界上沒有任何的反導系統能夠攔截“薩爾馬特”洲際彈道導彈，這裡面當然特指的就是美國的反導系統！
而巡航導彈一直都是在大氣層以下飛行的，飛行的高度不高，高度是在幾十米到幾百米不等的樣子，巡航導彈採用的發動機，一般都是和普通的噴氣式飛機一樣，採用的也是噴氣發動機，也需要進氣口。所以大多數的巡航導彈的速度都是亞音速飛行，少數巡航導彈是超音速的，但是速度也是2到3馬赫。
另外巡航導彈的速度不高的原因也是因為需要較高的精度，速度高，精度就很難獲得。比如巡航導彈需要按照地形匹配來攻擊目標，如果飛行速度過高，十幾馬赫甚至更高的速度飛行，巡航導彈上面的機載裝置根本就沒有反應的時間進行目標資訊的獲取和瞄準。
還有就是巡航導彈有一點需要考慮，那就是雷達隱身，目前的巡航導彈也已經出現了雷達隱身設計，不過目前在超幾倍音速的速度下飛行，巡航導彈很難做到隱身，但是亞音速就是非常適合隱身設計的，這樣飛行產生的高溫也不會破壞彈身隱身吸波材料的隱身效能，同時外形也可以做到隱身外形，不用過分考慮氣動性。
