贛深高速鐵路全線共設14個車站，其中江西段4個、廣東段10個。
1、贛州西站
贛州西站位於江西省贛州市，是中國鐵路南昌局集團有限公司管轄的鐵路車站，昌贛高速鐵路上的終點站。
贛州西站設計方案以“二水環流、贛州之翼”為創意出發點，以其菱形的律動建築體量隱喻多面的礦石晶體，以展翅騰飛的造型寓意科技引領產業升級和經濟發展，體現出贛州生機勃勃的城市精神面貌。
2、信豐西站
3、龍南東站
3、龍南東站
龍南東站，贛深高速鐵路中間站點。龍南東站規劃選址位於龍南市京九鐵路龍南站南側。
4、定南南站
定南南站，是贛深高速鐵路線上一個車站，位於江西省贛州市定南縣。
5、和平北站
和平北站，贛深高速鐵路南下入粵第一站，位於廣東省河源市和平縣陽明鎮境內。
和平北站工程建設階段名稱為和平東站，站房建築面積9965㎡，以“入粵古郡，客韻新生”為設計理念，設計規模為2臺4線。
6、龍川西站
龍川西站，贛深高速鐵路與龍龍高速鐵路的交匯站，贛深高鐵全線第三大、河源段內最大的站點，位於廣東省河源市龍川縣佗城鎮。
龍川西站設計為高架站，共設4個島式月臺12條股道，其中正線4條、到發線8條，站房面積2萬平方米，龍川西站還將作為贛深高鐵與梅龍、廣河高鐵的交匯站，開通運營後將成為連線粵港澳大灣區與中原城市群、長三角地區的線路上的一個高速鐵路樞紐。
7、河源北站
河源北站，是贛深高速鐵路線上一個車站，位於廣東省河源市東源縣黃田鎮東源高鐵新城核心位置，是銜接贛深高鐵與地方的聯絡紐帶。
8、河源東站
河源東站，贛深高速鐵路新建中間站點之一，位於廣東河源江東新區臨江鎮年豐村迎客大道旁。
9、博羅北站
博羅北站位於廣東省惠州市，為贛深鐵路的一座客運站，正在建設。
10、惠州北站
惠州北站位於廣東省惠州市惠城區北部，隸屬中國鐵路廣州局集團有限公司，為京港高速鐵路、廣汕鐵路和廣惠城際鐵路的樞紐站，是惠州市境內在建的最大綜合交通樞紐工程。
11、仲愷站
仲愷站位於廣東省惠州市惠城區陳江街道中部，隸屬於中國鐵路廣州局集團有限公司，為廣惠城際鐵路的客運站之一，也是全線重要的通勤站點之一、惠州市區的南大門鐵路車站。
12、東莞南站
東莞南站，是建設中京九客運專線的贛深高鐵的中間車站，中虎龍城際和東莞地鐵1號線支線均在東莞南站交會。
13、光明城站
光明城站是位於廣東省深圳市光明區的一座高鐵車站，隸屬於中國鐵路廣州局集團有限公司管轄，途徑光明城站的鐵路線路有廣深港高速鐵路、贛深高速鐵路。
14、深圳北站
深圳北站位於廣東省深圳市龍華區民治街道，由中國鐵路廣州局集團有限公司管轄，是深圳鐵路“四主四輔”客運格局的核心車站。
贛深鐵路是贛粵東北部的一條經濟大動脈，建成通車後，對緩解京九鐵路南昌至深圳間運輸緊張狀況、推動粵港澳大灣區的深度融合、發揮珠三角地區輻射帶動作用、落實國家“中部崛起計劃”“贛閩粵原中央蘇區振興發展規劃”戰略意義重大。
