1991年12月25日晚上，蘇聯國旗緩緩從克林姆林宮上降下，取而代之的是新成立的俄聯邦旗幟。蘇聯倒下後，分裂成15個國家，如烏克蘭、白俄羅斯、愛沙尼亞等國。新成立的俄聯邦政權要盡力收拾蘇聯末期留下的一些爛攤子，以葉利欽為首的俄聯邦高層在初期面臨的問題頗多，一方面要處理蘇聯時期散落在各地的軍事力量，也要盡力的挽救民生問題。正當俄聯邦高層忙的焦頭爛額的時候，一股暗流在高加索地區湧動，最終演變成俄聯邦歷史上最大的一次分裂戰爭。這場戰爭使得剛得以稍稍恢復的俄羅斯經濟遭受重創，同時又使俄羅斯軍隊損失慘重。這場戰爭便是後來舉世聞名的：“車臣戰爭。”
說起車臣戰爭，就不得不提到這場戰爭的誘導者，前蘇聯空軍少將：“杜達耶夫”。此人在車臣境內出生，在年輕時參加蘇聯空軍，後不斷晉升，曾擔任戰略轟炸機師師長和愛沙尼亞駐軍司令。在蘇聯解體前夕，政局已經一片混亂，前蘇聯高層正忙著互相爭鬥。此時杜達耶夫意識到有機可乘，便回到其家鄉車臣共和國，開始他的“獨立之旅”。在1991年9月，杜達耶夫帶領自己的一部分屬下回到了自己的家鄉，依靠武力推翻了當地的蘇聯政府，同時組織了一場總統和議會選舉，宣佈自己當選“車臣共和國”的合法總統，並在當選總統後宣佈車臣獨立，並建立武裝力量。
此後，杜達耶夫身為“車臣共和國”的總統，便處處與新成立俄聯邦政府對峙，既宣佈自己與俄聯邦沒有關係，同時也不接受俄聯邦的條款，試圖將“車臣共和國”從俄羅斯分裂出去，來獲得徹底的獨立。在1994年12月，俄聯邦終於下定決心，正式出兵車臣，爆發了車臣戰爭。而這一仗，卻直接把俄羅斯軍隊打出了心理陰影。杜達耶夫組建的車臣國民衛隊，其核心力量是前蘇聯時期的老兵，以及熟知車臣當地環境的武裝力量。而反過來看此時的俄軍，編制混亂、軍隊後勤複雜，還沒有完全從動盪中徹底恢復過來，這一仗的結果可想而知。
車臣戰爭一共分為兩次，第一次俄軍並未完全戰勝車臣武裝力量，1994年代的這次戰爭也被稱為第一次車臣戰爭。在這次戰爭中，俄軍先是選擇了火力覆蓋，將車臣武裝力量躲藏的市區運用火箭炮、火炮炸平，許多來不及撤離的市民在俄軍的炮火中死亡（戰後估計10萬人左右）。但是並未有效打擊車臣武裝力量的有生力量，隨即俄軍開進城區，展開了血腥的城市戰，車臣士兵熟知當地環境，並且戰爭素養極高，很快就讓俄軍深陷了城市戰的泥潭，這一打便打了一年之久。在1996年8月，葉利欽與車臣簽署停火協定，第一次車臣戰爭正式結束。
在第一次車臣戰爭結束後，雙方對傷亡情況進行了統計。俄軍損失了4103人，受傷約18000人，還有近2000人失蹤，各種裝甲車輛和運輸車輛損失幾百輛。雖然與車臣簽署了停火協定，但是俄聯邦並未放棄對這一切的罪魁禍首：杜達耶夫的追捕，最終在1996年4月22日，杜達耶夫在打衛星電話的時候被俄羅斯預警機截獲，在幾分鐘後，蘇24戰機發射了兩枚導彈將杜達耶夫炸死。杜達耶夫雖然死了，但是車臣共和國和其武裝力量依然存在。在1999年，車臣武裝力量侵犯周邊地區，俄軍進一步鎮壓車臣力量，想要將車臣武裝力量一舉消滅，2000年中旬，車臣地區的大規模軍事行動基本結束，俄聯邦重新獲得了車臣地區的控制權。
在第二次車臣戰爭後，俄聯邦在當地建立了歸順俄聯邦的政權，並且在當地常駐武裝力量。第二次車臣戰爭結束後，俄羅斯在這次戰爭中陣亡3400餘人。兩次車臣戰爭下來，俄聯邦軍隊損失近萬人，直接的經濟損失超500億美元。兩次車臣戰爭可謂俄聯邦時期，俄羅斯的最大一次分裂戰爭。
