蒙元與金國有世仇，而不殺宋朝宗室又是蒙元高層被不斷教化的結果。
蒙金世仇
金國建立後，蒙古部落一隻作為金朝的附庸存在，為了避免蒙古族發展壯大，成為金國的隱患，金國對蒙古採取了“分而治之”和“減丁政策”，定期去蒙古部落掃蕩一番，蒙古族對金國怨恨很深。而作為鐵木真先祖的俺巴孩汗被金熙宗釘死在木驢上，也讓後來的蒙古大汗對金國產生了刻骨仇恨。
止殺令
成吉思汗建立蒙古國後，漸漸的不再向金國納貢，為了攻打金國，決定先向金國的附庸西夏國下手，金國沒有支援西夏國，西夏國向蒙古俯首稱臣。西方的花剌子國殺了蒙古的商旅和成吉思汗的使臣，成吉思汗藉機向花剌子國開戰，並滅了花剌子國。此時道教首領丘處機來到成吉思汗身邊，並透過自己的說辭，使成吉思汗下了“止殺令”。這是對蒙古高層第一次教化。
屠殺宗室
成吉思汗滅了花剌子國，此時的西夏作死背叛蒙古，導致成吉思汗大將木華黎身死，成吉思汗出兵，要剿滅西夏國，結果因為自己常年勞累，病死途中，繼位的窩闊臺大汗為了報仇，也為了確保自己的合法性，對叛變的西夏國不能手下留情，發動了滅國之戰，西夏滅亡後，本來將領要將城中所有人殺死，察罕努力保全，最後只殺了西夏宗室，城中百姓得以儲存。
成吉思汗滅了花剌子國，此時的西夏作死背叛蒙古，導致成吉思汗大將木華黎身死，成吉思汗出兵，要剿滅西夏國，結果因為自己常年勞累，病死途中，繼位的窩闊臺大汗為了報仇，也為了確保自己的合法性，對叛變的西夏國不能手下留情，發動了滅國之戰，西夏滅亡後，本來將領要將城中所有人殺死，察罕努力保全，最後只殺了西夏宗室，城中百姓得以儲存。
窩闊臺滅金時，金國反抗，依照慣例要屠城，耶律楚材極力勸說，才改成只殺金國宗室，沒有屠城。
高層改變
在北方剛被蒙古佔領時，蒙古中有人說漢人沒什麼用，不如全殺了，把北方改成大草原放牧，但也是有耶律楚材的阻撓和勸說，窩闊臺沒有執行，讓耶律楚才放手施政，結果獲得了大量的錢糧，窩闊臺很高興。
蒙古滅亡南宋前，先滅了西南的大理國，滅亡後，忽必烈將大理國宗室押送大都，蒙哥大汗沒有問罪，讓大理皇帝回去繼續執政。
可見，蒙古雖然一開始野蠻血腥，但經過慢慢的文化滲透，丘處機、耶律楚材等人對高層的不斷教化，慢慢的蒙古已不再對敵國宗室全部屠戮了，這也就是忽必烈在滅亡南宋後，為什麼沒有殺了南宋宗室。
