下面都是傳說，可靠性並不是特別大。
崇禎皇帝吊死在煤山的那棵歪脖子樹上，李自成的農民起義也進了京，明朝的統治徹底結束了，可李自成的統治卻沒有到來。李自成僅在京城逍遙了三個月左右，就在山海關被吳三桂和清軍擊敗，從此退出京城。
李自成起義的身份是農民起義，雖然最後成功了，但與歷史上眾多農民起義相似，壽命都不長，並且不知道如何去管理國家。農民起義初衷是為了農民，為了百姓能有一個更好的明天，但到後面基本也都是為了一己私利。
李自成僅在最初的時候對部下講過不可傷人，不可掠人錢財，但哪管得住那些想要發財的將臣、士兵們。明朝留下來的官員們被這些衝入城計程車兵們嚴刑拷打，收斂家財，被折磨者如果稍有不滿的話，就是加重刑罰程度，整個京城內的氣氛變得無比凝重。
有記載說，當時這不到三個月的時間裡，死亡了有1600多個人，稱“殺人無虛日，打比兵丁掠搶民財者也”。有人說清軍打不過明軍，但李自成打敗了明軍卻為何最後敗於清軍之手？
因為清軍本身與明軍的對抗，使得明軍實力的削弱，才使得李自成渾水摸魚。況且明軍就算政權、軍事腐敗，但多年的積累也不是沒有可能捲土重來。奈何崇禎皇帝剛愎自用，要學那西楚霸王，不願學劉邦，自縊身亡，明軍大部分也熄了與李自成再斗的念頭。
其次，李自成進京之後沒有維持政權，對手下也沒有進行正常的軍事訓練，整日享受著那顆勝利的果實，一副小人得志的樣子，最終也因輕敵而慘遭失敗。
而打鐵需趁熱，清軍作為一支有組織紀律，有明確思想目標的軍隊，自然明白這個道理。他們一路逼迫李自成，完全不給他休養生息再來的機會，直到逼迫李自成到九宮山一帶之後，號稱百萬大軍的大順軍也只剩下幾十萬了。
李自成看著自己殘破的大軍，明白了無論如何都沒有了翻轉的可能，是韜光養晦還是從此退出歷史舞臺，這兩個念頭左右搖擺著出現在了他的心頭。最後還是決定放棄，畢竟帶著這幾十萬大軍應該也逃不過清軍的追擊，但想出了一箇中和一點的辦法。
傳說他隱姓埋名只帶少部分人先遁出去，然後讓大軍去與南明的軍隊融合，共同抗擊清朝。因為南明政權對於李自成是帶有仇恨的，如果李自成親自帶兵去投靠，南明領導人可能會要求李自成自裁甚至出兵追殺。
所以他只有先死了，南明政權才有可能接受李自成的大順軍。因此他對外就宣稱自己已經死了，留下了一具面目模糊的屍體，就讓大順軍去投靠南明政權了。所以幾十萬大順軍進入九宮山之後並沒有憑空消失，而是慢慢一點一點的與南明軍隊匯合了，李自成本身的去向也因此成了一個謎。
然而清朝是一個少年，擁有極強的生命力和潛力，而南明政權是明朝殘留下來的人所建立。明朝的腐朽在南明也體現的淋漓盡致，所以南明政權僅存在十幾年就被清朝消滅了。這個時候即使李自成還活著，也沒有辦法捲土重來了，於是也根本沒有再次現身歷史舞臺。
