雖然朱允炆曾從朝鮮進購許多戰馬，想以此增強軍隊的戰鬥力，而且朝鮮國王李芳遠也公開表示支援朱允炆打燕王，但是這些辦法並沒能影響最後的戰爭結局，隨著戰事的發展，朱棣的軍隊在降將的幫助下渡過長江，直逼南京城下，再加上有谷王朱橞與曹國公李景隆的幫忙，京師被破。官方記載中，在燕王軍隊抵達後的一場混戰中，南京城內的皇宮大院起了火。當火勢被撲滅後，在灰燼中發現了幾具燒焦了和已經不能辨認的殘骸，但據太監說這些是皇帝、皇后和朱允炆的長子朱文奎的屍體。因此，朱棣放出朱允炆去世的訊息後，就成為了大明的皇帝。
不過當時朱允炆的屍首因為無法確認，從而使得他的下落終成為一件懸案，誰也不能肯定他是否真的被燒死了。後來有人對朱允炆抱有同情心，因此有傳言稱朱允炆喬裝成和尚逃離南京。而在《明史》中也有記載，稱朱棣擔心朱允炆逃亡到了海外，為了尋找朱允炆的蹤跡，朱棣派出鄭和先後七下西洋尋找朱允炆。那朱棣攻入南京後，朱允炆到底是死了還是逃了？
事實上，在當世人的眼中，朱棣與朱允炆的爭鬥本就是朱家的事情，那時的老百姓根本就沒有多關心，正因如此，後來燕王朱棣進入南京城，傳檄而定天下，在此期間，從來就沒有見哪個地方，高舉建文帝的大旗繼續對抗過明成祖朱棣。畢竟朱允炆作為一個代表皇權的標誌，他在朱棣進入南京城的那一刻就已經失去了意義，至此，朱棣無論是死是活，是逃走了還是被軟禁了，都已經沒有了任何意義。
畢竟作為一個帝王，朱允炆只不過是一面旗幟，他之所以可以號令天下，不過是因為天下願意團結並擁護在這面大旗下的人佔多數，一旦願意擁護這個帝王的人太少，那別說這個帝王已經死了，即便這個帝王活著也沒有什麼意義了。因此只要有足夠多的人反對朱棣，即便朱允炆去世了，也可以扶植朱允炆的兒子等人，甚至於這個人都不用是朱允炆的親戚，他們大可隨便找個人來。比如秦二世的時候，人們找到了一個放羊的人作為楚懷王，就此樹立了大旗來反抗秦二世；王莽時代，人們同樣招來了一個放牛的人，就能扯起大旗反抗王莽。不難看出，如果反對朱棣的人多，人們完全可以隨便找出一個人，稱他是朱允炆，從而來反抗朱棣。
