正德十六年（1521年）五月七日，就在朱厚熜即位後不久，太子太傅、禮部尚書毛澄遵照內閣首輔楊廷和的意思，率領文武大臣上奏，認為朱厚熜乃是入嗣即位，因此應該遵照漢朝定陶王、宋朝濮王的先例，尊明孝宗朱佑樘為皇考（父親），以興獻王朱祐杬為皇叔考（叔父）。結果惹怒朱厚熜，“大禮議之爭”就此爆發。
毛澄的建議可以說引起了朱厚熜母子的極大牴觸，其母蔣氏怒道，“安得以吾子為他人子！”朱厚熜更是要辭去天子之位，侍奉母親蔣氏返回安陸。
不過，由於朱厚熜剛剛即位不久，而張璁也才剛剛踏入仕途，兩人很快便敗下陣來，此次交鋒最終以張璁貶至南京告終。嘉靖二年（1523年）十一月，南京刑部主事上疏，重提大禮儀之事，明世宗於是決定於次年正月再度廷議，並召張璁、桂萼入京，但行至鳳陽便又接到了“不必來京”旨意。
糊里糊塗返回南京的張璁、桂萼，得知嘉靖帝已經下詔稱明孝宗為皇考，興獻帝為本生皇考恭穆獻皇帝后，立即再度上書，認為應該去掉“本生”兩字，否則會讓後世認定朱厚熜為孝宗之子。不過，張璁、桂萼的提議，很快便遭遇了楊廷和一派“八十餘疏二百五十餘人”的牴觸。
嘉靖三年（1524年）五月，張璁、桂萼再度奉詔入京，結果卻立即遭到朝中大臣的彈劾，甚至一度面臨被捕殺的威脅。不過，隨著朱厚熜逐漸坐穩皇位，兩人不僅沒有遭遇危險，反而被晉升為翰林學士，專門負責處理禮儀問題。
然而，這次朱厚熜卻不願退讓，在多次令引禮監太監勸退無果，大臣們死諫不退的情況下，朱厚熜一怒之下將134人收監，並對五品以下的180餘人施以廷杖，當場打死17人，史稱“左順門慘案”。
同年九月，張璁、桂萼、方獻夫等奉詔召集大臣於闕右門辨議大禮，有了前車之鑑，這次朱厚熜終於大獲成功。歷經長達三年的博弈，朱厚熜最終得以尊明孝宗為皇伯考，昭聖皇太后為皇伯母，生父興獻王為皇考，生母章聖皇太后為聖母，明武宗朱厚照為皇兄，莊肅皇后為皇嫂。
明朝太廟始建於元朝至正二十六年（1366年）十二月，初建時採用的是“都宮別殿制”，即一帝一廟。後朱元璋感覺太廟所在地“地勢少偏”，遂於洪武八年（1375年）改建，改建後的太廟採用“同堂異室制”，即一廟多帝。朱棣遷都北京後，又於北京興建新的太廟，同樣採用“同堂異室制”，明朝開始變為南京、北京雙廟制。
早在嘉靖三年（1524年）三月，“大禮儀之爭”尚未塵埃落定之時，南京刑部主事桂萼便曾上書請為興獻帝立別廟，次月吏部員外郎方獻夫也同樣上書。雖然兩人的提議遭到絕大多數大臣反對，但朱厚熜卻藉此在奉先殿修建了一間西空室，定名觀德殿，追尊父親為本生皇考恭穆獻皇帝，並將其神位供奉其中。
於是，此提議立即遭到滿朝文武的反對，就連張璁、桂萼、席書等人也紛紛反對，嘉靖帝眼看沒人支援自己，只好委屈地表示願意退讓一步，君臣這才達成共識。嘉靖四年（1525年）五月，朱厚熜下令於太廟外的環碧殿舊址上興建獻帝廟，取名“世廟”，並修《獻皇帝實錄》。
嘉靖帝眼看父親短期內想要進入太廟有點難，於是便轉而求其次，想要先在太廟中騰出一個空位。要知道，明朝太廟雖然有九個位置，但在朱厚熜即位之時，其中已經供奉著德祖朱百六、太祖朱元璋、太宗朱棣、仁宗朱高熾、宣宗朱瞻基、英宗朱祁鎮、憲宗朱見深、孝宗朱祐樘、武宗朱厚照九位帝王神主，裡面根本沒有空位。
嘉靖十年（1531年）正月，“帝以廟祀更定，告於太廟、世廟並祧廟三主。遷德祖神主於祧廟，奉安太祖神主於寢殿正中，遂以序進遷七宗神位”。他以為太祖朱元璋正位為藉口，將德祖朱百六的神位遷入了祧廟，從而使得太廟空出了一個位置，此舉也算是名正言順，因此並未遭到太多人的反對，得以順利實施。
緊接著，朱厚熜為了不讓父親的獻帝廟看起來太過尷尬，又下令將廟制恢復到“都宮別殿制”，雖然此舉因大臣的反對一度擱置。但在嘉靖十三年（1534年）六月，南京太廟起火焚燬，朱厚熜藉機下令不再修建南京太廟，進而下令在北京營建新的太廟，大臣們這下無話可說，只好表示同意。於是，朱厚熜欽定廟制：太祖廟居中，太宗居左，立文祖世室，太宗之下另立三昭廟；太祖之右為三穆廟，並在太祖廟寢後建祧廟，以奉祧主。
如此一來，每個皇帝都享有單獨一廟，朱厚熜他爹獻帝那個單獨的世廟就顯得不突兀了。之後，他又以避諱朱棣的“世室”為由，下詔改世廟為獻皇帝廟，又以避渠道為藉口，把獻皇帝廟遷居新址，使其距離太廟更近，看起來渾然一體。
完成以上操作後，朱厚熜倒是消停了幾年，但到了嘉靖十七年（1538年）四月，已經致仕的揚州府同知豐坊卻又上書，表示應該“復古禮，建明堂。加尊皇考獻皇帝廟號稱宗，以配上帝”，意思是應該為興獻帝上廟號，享受後人祭祀。
明堂和郊祀乃是古代極為重要的兩個祭祀活動，按理郊祀是祭老祖宗朱元璋的，而明堂祭祀按周禮則是祭祀太宗的，不過在漢、宋、唐時都有皇帝祭祀自己父親代替太宗的先例。然而，還不等朱厚熜高興，朝野上下聽說後便是一陣譁然，嘉靖帝無奈之下便去求助嚴嵩，誰知嚴嵩也是不置可否。
有了唐胄這個教訓，這下沒人敢反對了，於是朱厚熜於同年九月，追尊自己的父親為“睿宗”，不過此時的興獻帝還不能享受單間待遇，而只是和兄弟朱祐樘擠在一起。可是如此一來，明太宗朱棣豈不是享受不到祭祀了？朱厚熜自然不會虧待自己這一脈的祖宗，他在《明堂或問》中明確表示：朱棣功兼創守、再造社稷，應該也稱祖，不僅在太廟中“萬世不祧”，還應該和太祖朱元璋一起，二祖並列享受郊祀。這才是朱棣廟號從太宗變為成祖的原因，而並非太廟騰位置。
到了嘉靖二十年（1541年）四月，北京太廟竟然也被大火焚燬，大火從仁宗廟開始燒起，群廟全部燒燬，唯獨睿宗一室留存。藉此，朱厚熜又站出來表示，之所以會燃起大火，就是祖宗們不願分開，因此重修太廟時便又恢復了“同堂異室制”。
嘉靖二十四年（1545年）六月，新太廟建成，朱厚熜又下令廷議神主擺放次序，禮部尚書張璧便提出，應該按照之前的位次拜訪，睿宗和孝宗並立於三穆，待將來遷祧時，孝宗遷入祧廟，睿宗遷回自己的獻皇帝廟中便可。
朱厚熜一聽就火大了，好傢伙，我這辛辛苦苦二十四年，要照你這麼做，那豈不是白忙活了？他不但立即就否決了這個提議，而且大罵禮臣毫無竭忠任事之誠。眼看大臣們不配合，朱厚熜只好自己出面，在新太廟竣工之前，親自制定廟議，“既無昭穆，亦無世次，只序倫理。太祖居中，左四序成、宣、憲、睿，右四序仁、英、孝、武。”歷經二十四載，朱厚熜終於給父親在太廟中爭取到了一個位置。
明朝的文官有一個典型特點，那便是不怕打、不怕死，一向以死諫為榮，以挨廷杖為榮，以據死力爭為榮，似乎不這麼做，就無法體現出他們無比崇高的文人氣節。
明孝宗朱祐樘在位期間，極為善待大臣，也相對較為自律，因而對於大臣們的建議倒還能夠聽得進去，但到了明武宗朱厚照在位期間，這位皇帝本來就是我行我素，再加上重用武將的原因，導致與文臣之間的矛盾極深，而這也是明武宗朱厚照在歷史上聲名狼藉的一個重要原因。
更為重要的是，明武宗朱厚照的死因，至今也是不明不白。因此，朱厚熜即位之後，為了擺脫傀儡的命運，就必須與朝臣進行抗爭。事實上，在長達三年的“大禮儀之爭”中，包括內閣首輔楊廷和在內的大量重臣被罷免，雖然一定程度激化了君臣矛盾，但皇帝的權威卻也一定程度得以確立。
事實上，在這場長達二十四年的君臣博弈中，朱厚熜不僅成功讓父親升祔太廟，而且也確立了自己的絕對權威，這點從他後來二十多年不上朝，卻仍然能夠將朝政掌握在手中，便能夠窺探一二。
