秋山遼是WonderSwan系列遊戲的主角，曾解救太一等人，也曾和一乘寺賢搭檔。由於WonderSwan系列遊戲的火爆，數碼寶貝製作組決定把這個角色加入到數碼寶貝第三部中。在第三部後期與啟人等一起冒險，打到帝歷魔。因為平行世界旅行的關係，他成為了連繫01&02、03這兩個乍似沒有任何接點的不同世界的特殊角色。
遼在『D-1訓練師』中打倒千年獸的同時飛到時空彼方、還失去了記憶。這之後就和啟人他們遇上。這也說明，秋山遼是銜接數碼寶貝前三部的人物。在秋山遼被捲入時空爆炸後，秋山遼確實是從現實世界和數碼世界裡消失。但是這並不是意味著完全的消失，秋山遼在這之後可以去向未來的世界並遇到單角龍獸，而開始和單角龍獸一起冒險。（02的年齡和DT的年齡沒變是當然的，也可以說是秋山遼是DT裡的（真。主角）DT整個所講故事都是秋山遼穿越的事）
秋山遼曾四度打敗千年獸。在離《無印》的冒險事後不久，殘存的黑暗四天王＝ムゲンドラモン（無限龍獸）的資料意外的和キメラモン（基美拉獸）融合，誕生了具有時空操作力量的究極合成數碼獸＝ミレニアモン（千年獸）。過去的敵人全數復活，太一等八位『被選召的孩子』與其實夥伴數碼獸都被抓走並禁閉在異空間之中。 唯一逃過一劫的亞古獸，與玄內老人在網路中向秋山遼求救，被召喚到數碼世界的秋山遼，與亞古獸搭檔，開始出發討伐千年獸。 過程中不斷打倒過去的敵人，也逐漸拯救出八個孩子與七個數碼獸，最後，也打倒了千年獸。在《我們的戰爭遊戲》的事件後不久，有遺漏的ディアボロモン（超惡魔獸）逃到數碼世界中，因此玄內與妖精獸請求八神太一與秋山遼的救援。
在小賢家觀戰的秋山遼，與一乘寺賢ㄧ同被V仔獸帶到數碼世界，而秋山遼與V仔獸做為暫時搭檔率先前往打倒超惡魔獸，沒想到，這隻超惡魔獸其實是復活的千年獸所設下的陷阱。緊接而來引發的大爆炸，讓數碼世界被分成兩個ミラーサイト（鏡面世界），秋山遼與一乘寺賢被分開在兩個不同的世界，而才剛來的八神太一代替一乘寺賢被卡在狹縫間無法動彈，對外（現實）的連繫全都斷線。 為了恢復數碼世界，秋山遼與V仔獸、以及對太一代替自己而愧疚的一乘寺賢與蟲蟲獸，分別在兩個世界中開始冒險。打倒黑暗勢力讓分散的大陸連線起來，並再度擊破千年獸，以及其內心世界的精神體ムーン＝ミレニアモン（月＝千年獸）。 最後，小賢為了保護秋山遼與太一，替他們擋下了千年獸最後朝他們攻擊的黑色之種。從這之後，雖然傷好了，但小賢的內心也開始有些改變。。。。。
過後幾周，療傷中的小賢在網路上找到一個奇怪的網頁，前來探病的秋山遼將網頁上有關千年獸的問卷做完後，又被召換到了數碼世界。 這次，是四聖獸所舉辦的D-1大賽，四聖獸（問卷選擇而改變）認為其它三體已經黑化，打醒他們，便舉辦了這場大賽來選出自己的搭檔『四聖獸的戰士』為此，召喚了世界各地的『被選召的孩子』與新首訓練師們互相對戰。 大賽進行到後半，開始出現許多異樣的情況，秋山遼打倒八神太一乘唯D-1大賽冠軍之時，四聖獸才向他吐明真相，聖獸黑化只是個幌子，整場D-1大賽都是為了遼而準備的修練。目的就是要讓他去打倒這個世界上除了遼以外無人能打倒的復活的千年獸。 最後，遼打倒了千年獸獲得了勝利，但卻因為千年獸最後所引發的時空大爆炸捲入，秋山遼和千年獸從現實・數碼兩個世界中消失。
因千年獸所引發的時空大爆炸，秋山遼被吹飛到時空的彼方，數碼世界的起源-エニアック世界（過去的數碼世界）。 同樣飛到時空的彼方，到達未來的數碼世界的並更向上進化的ズィードミレニアモン（最終千年獸）為了從零開始改寫歷史，開始對過去的數碼世界展開侵略。 失去記憶的秋山遼，在主電腦エニアック的指令下，與モノドラモン（角龍獸）組成搭檔，防衛著千年獸對過去的侵略，並藉著エニアック的時空力量，飛往《無印》、《02》、《DT》等各種不同時間的平行數碼世界，向各地的訓練師尋求協力，守護數碼世界的歷史。最後，終於四度擊敗千年獸，並將ミレニアモン（千年獸）與モノドラモン（角龍獸）強制進行融合阻止復活，為這長久以來的戰鬥打下終止符。
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