明太祖生前雖然把杖上的棘刺去掉了，可他萬萬沒有想到自己剛剛去世，竟然禍起蕭牆，自己的兒子和孫子起兵戈。這段歷史就叫“靖難之役”，靖難歷經四年，驍勇善戰的燕王朱棣率領燕軍攻城掠地，經過艱苦的戰爭和驚人的信念（如果可以把篡位稱為“信念”的話）支撐，終於奪取了侄子建文帝的皇帝寶座。
朱標的這個三個兒子中，可能只有吳王朱允熥留有後代，明代稱之為“吳庶人”。直到明英宗時期他們的境遇方才好轉。
而建文帝的留下的唯一一個兒子朱文圭，也就是朱標的孫子，也被朱棣囚禁了起來。朱棣奪權之時朱文圭僅僅2歲，可能是覺得他對於自己的威脅不大，朱棣沒有讓他暴斃。
朱標的正妻常氏，開平王常遇春之女。朱標被冊為皇太子，她就是皇太子妃，但她和朱標一樣，沒有長壽的命，1378年便早於朱標去世，諡號“敬懿皇太子妃”，追諡為“孝康皇后”，但朱棣即位後，又改稱“敬懿皇太子妃”，不承認她的皇后身份（哪怕是追諡）。
朱棣進入京城之後，對於反對他的臣子基本上都被殺了，而且還殺了他們的家人。朱棣手段十分狠辣，斬草除根不留後患是他一貫的做事風格。朱允炆有三個弟弟，分別是吳王朱允熥，衡王朱允熞，徐王朱允熙。朱棣首先將他們從親王降為郡王，然後又把他們貶為庶人囚禁起來，最後他們都離奇的暴斃而亡，至於死因很多人都心知肚明，只是沒有說出來了。
建文帝四年六月初三［1402年］，朱棣自瓜洲渡江，鎮江守將降城，朱棣率軍直趨金陵。六月十三日進抵南京金川門，守衛金川門的李景隆和谷王為朱棣開門迎降。燕王進入京城，這一刻宣佈朱棣取得了靖難之役的勝利。破城之後宮中大火，傳聞朱允炆和其長子朱文奎葬身火海了，也有說逃亡海外了。而當時朱允炆僅有兩歲的次子朱文圭，被朱棣囚禁到了鳳陽皇陵。直到明英宗時期才得以釋放。
