崇禎十六年（1643）年底，攻佔西安的李自成，十分明確地表明瞭他的意圖，渡過黃河進入山西，向東攻佔北京，取明朝而代之。
當時朝廷上下對於這一重大軍事態勢，沒有確切的情報，竟然以為是譁變士兵的騷擾。內閣大臣都沒把這個當嚴重的事。
李自成的戰略方針十分明確，在北京的外圍消滅明朝的有生力量，一旦兵臨北京城下，明朝再無援軍可以徵調，拿下北京猶如探囊取物。
連李自成都沒有料到的是，戰略重鎮太原、寧武、大同、宣府等地的守軍，竟然不堪一擊，一觸即潰。什麼道理？長期積累的弊政導致的總崩潰。從嘉靖年間以來，邊防軍拖欠軍餉的問題始終得不到解決，士氣低落到了極點，在農民軍的強大壓力下，迅速土崩瓦解。
二月二十八日，皇上總算知道了事情的嚴重性，他召見兵部尚書張縉彥，向他核實這一情況。張縉彥回答：不曾聽說。朱由檢有點光火，指責道：朕都已經知道了，你為什麼還要隱瞞？張縉彥回答：沒有看到塘報。朱由檢說：真定已經陷落，當然不可能傳出塘報。兵部為什麼不派人去偵察？張縉彥的回答更加莫名其妙：派人偵察，需要錢糧，兵部沒有錢糧，無法偵察。朱由檢聽了這樣的回答，氣得無話可說，推案而起。
本來崇禎皇帝本人有南遷之意，想到南京重整旗鼓。同時也有調邊關的守將勤王之意，可惜滿朝文武沒有給皇上足夠的支援，導致皇帝猶豫不決。等到皇上終於下定決心，加封遼東總兵吳三桂為“平西伯”，吳三桂接到命令後，姍姍來遲，三月上旬才從寧遠率領五十萬軍民啟程，日行數十里，十六日才進入山海關，二十日趕到豐潤時，李自成率領的農民軍早在前一天進入了北京。
三月十七日，農民軍東路進至高碑店，西路進至西直門外，開始炮轟城牆。紫禁城內，早朝依然照例進行，皇帝和大臣們相對哭泣，手足無措，有的說，應當起用“閹黨逆案”中遭到嚴懲的官員；有的說，應當加封劉澤清為“東安伯”，要他從山東趕來“勤王”。朱由檢知道這些都是“馬後炮”，不予理睬，低頭在御案上寫了十二個字，讓站在旁邊的司禮監太監王之心看了一下，隨即抹去。據說，其中六個字是“文臣人人可殺”，在皇帝心目中，朝政就是壞在這幫文臣手中的。
中午時分，農民軍開始攻打平則門、彰義門、西直門。守衛這三處城門計程車兵，所謂“三大營”，其實是一些老弱殘兵和太監，號稱一萬幾千人，毫無戰鬥力。何況沒有人燒飯，個個都飢餓不堪，哪裡能夠抵擋排山倒海般的攻勢！雖然城牆外面的陣地上佈滿了火車、巨炮、蒺藜、鹿角等障礙物，仍然阻擋不住像潮水一樣湧來的身穿黃色衣甲的農民軍，把京城圍得水洩不通。
三月十八日，李自成指揮農民軍冒雨猛攻。城上的守軍向外面放炮，卻沒有炮彈，只有一陣硝煙和一聲空響，彷彿在那裡放爆竹煙火，敷衍塞責而已。
在宮殿內徘徊的朱由檢，得到太監報告，內城已經陷落，問道：大營兵在哪裡？李國楨在哪裡？得到的回答是：京營總督李國楨早已自顧逃命，大營兵也已渙散逃亡。他們勸皇上“急走”，事已至此，只有逃命了。他們沒有料到，皇上選擇的不是“急走”，而是以身殉國。
皇上要在自己殉國之前，命令家屬先殉國。
他對周皇后說：大勢已去，你身為“母儀天下”之人，應該選擇光彩而節烈的死。周皇后傷心地痛哭，說道：妾身跟隨陛下十八年，今日一同死於社稷，死而無憾。兩人淚流滿面，相對無語。
接著，他要左右侍從傳旨給嬪妃和懿安太后（天啟皇后），命她們自盡，不要壞了皇祖爺的國體。然後吩咐：傳主兒來。所謂“主兒”，就是他的三個兒子——太子及定王、永王。
三個兒子趕來，他叫宮女取來舊衣服，親自給他們換上，繫上衣帶，告誡他們：你們今日是太子、親王，城破以後，就是小民了，各自逃生去吧！不必懷戀我，我必定要為社稷而死，否則沒有面目見祖宗於地下。你們千萬要小心謹慎，如果遇到做官的人，年老的稱呼老爺，年輕的稱呼相公；如果遇到平民，年老的稱呼老爹，年輕的稱呼老兄；文人稱呼先生，軍人稱呼長官。然後交代一句：萬一不死，將來不要忘了報父母之仇，不要忘了我今日的告誡。這是他作為一個父親對兒子的臨終囑託，在深宮之中長大，不瞭解外界世俗民情的皇子，如何在這個亂世安身立命。父子親情中流露出無限的感慨，終於在臨別時爆發出來，大聲地嚎叫：你們三人為何不幸而生在我家！說罷無所顧忌地大哭起來，左右的侍從都被這生離死別的情景感動得失聲痛哭。
周皇后在訣別三個兒子後，痛哭著返回坤寧宮。朱由檢目送太監帶著三個兒子出宮，急忙來到坤寧宮，看到周皇后已經上吊自盡，連聲說：好！好！十六歲的長平公主（朱由檢的長女）在一旁哀傷地哭著。這樣一位婷婷玉立的花季少女，落入敵人手裡，後果不堪設想；但是又不忍心叫她自殺，朱由檢只得自己下手，結束她的生命。嘆息著對她說：你為什麼生在我家？乘她不備，拔劍向她砍去，公主本能地用手臂擋了一下，手臂被砍斷，血流如注，當即昏厥過去。
農民軍進入紫禁城後，以為她已經死了，把她抬到外公周奎家，料理後事。不料五天以後，她甦醒了。順治二年，長平公主請求出家為尼，清朝當局沒有批准，要她與朱由檢選定的駙馬都尉周世顯完婚。次年，她因思念父母，過度悲傷，吐血而死，年僅十八歲。松江人張宸深深為之感動，寫了一篇《長平公主誄》，用典雅的文字來哀悼這位不幸的公主。
卻說朱由檢從坤寧宮趕往南宮（仁壽殿），命令宮女動員懿安太后張氏自縊，便倉促離去。張太后並不知道外界的情況，沒有自縊。次日凌晨，宮女喧譁，慌亂一片。張氏知道大事不好，便懸樑自盡。宮女把她救下，送入側室休息。幾個時辰以後，張氏在側室自縊。農民軍先頭部隊進入宮內，砍斷繩索，張氏逐漸甦醒。這時農民軍將領李巖進來，他一向敬佩太后，命令士兵不可對她凌辱。當天晚上，張氏從容自縊。後來，清朝當局把她安葬於熹宗的德陵。
朱由檢從張太后那裡出來，已經是深夜了。留給自己的時間不多了，他必須儘快為自己安排光彩而體面的死。輪到他選擇去路了，他要壯烈地告別人世，告別他臨朝十七年的紫禁城，告別他的“皇祖爺”朱元璋一手打下的天下，大明王朝。
然而，這種壯烈的告別，實在冷冷清清、悽悽慘慘慼戚，天空一片黑暗，一片寂靜，沒有任何的旁觀者和見證者。朱由檢在司禮監太監王承恩陪同下，來到煤山（景山），在壽星亭附近一顆大樹下，上吊自盡，王承恩隨後也上吊殉葬。他們兩個在黑暗陰冷的夜空中，形影相弔，終於和紛繁擾攘的人世永遠告別了。
大多數官僚貪生怕死，卑躬屈膝地賣身投靠新朝，追求榮華富貴。這種卑劣行徑，暴露了士大夫劣根性的陰暗面，受到當時及後世人們的鄙視、譴責。
大學士魏藻德、陳演等領袖人物，在李自成入主紫禁城的第二天，就前往拜謁，表示改換門庭之意。魏藻德恬不知恥地說：臣在內閣三年，皇帝不聽我的話，以至於有今日的下場。李自成訓斥道：你受到皇帝重用，應當為社稷而死，為什麼偷生？他連忙叩頭，稱呼李自成為“陛下”，說：如果陛下赦免我，一定以赤膽忠心相報。對於這種朝秦暮楚之徒，李自成根本不屑一顧，命令士兵把他囚禁起來。魏藻德還不死心，透過監獄的窗子，向外喊話：如果用我，什麼官都可以，為什麼拘押我？
負責守衛京城的總指揮、京營總督李國楨，臨陣脫逃，求見李自成。
李自成斥責他：你身負重任，既不堅守京城，又不為皇帝殉節，厚著臉皮來見我，為了什麼？李國楨沮喪得無話可說，連聲稱呼李自成為“陛下”，吞吞吐吐地說：陛下應運而興，我願意用餘生為陛下效勞。李自成勃然大怒：你辜負你的君主，我為什麼要用你這種沒有忠心的人？誤國奸賊還想求生嗎？
其他投降的官員一千二百多人，按照農民軍的佈告，身穿青衣，戴著小帽，前往會極門集合，自報姓名、職銜，等待牛金星的錄用。這些昔日八面威風的官僚，如今好像囚犯一樣坐在地上，聽憑農民軍士兵的戲弄侮辱。目擊者這樣描述他們的醜態：平日老成者，乖巧者，負文名才名者，嘵嘵利口者，昂昂負氣者，至是，皆縮首低眉，直立如木偶，任兵卒侮謔，不敢出聲。亦有削髮成僧，帕首作病。種種醜態，筆下不盡繪。他們從黎明一直等到黃昏，都沒有受到召見，飢渴疲憊之極，橫七豎八地躺倒在地上，醜態百出。李自成對這批降官十分反感，對牛金星等人說：官員們在城破之日能夠為國殉難的就是忠臣，怕死偷生的都是不忠不孝之人，留他幹什麼？
牛金星對待這批前來等候錄用的官員，也很蔑視，用手摸著他們的頭頂，口中“一雙”、“兩雙”的報著數目，如同對待牲口一般。點完數目後，挑選九十多名，送往宋企郊處聽候差遣。其餘的都押往劉宗敏處等待處分。劉宗敏正忙於和歌妓舞女尋歡作樂，根本沒有心思審問，把他們關押起來。這些官員身穿囚服，飢腸轆轆，顧不得體面，撿起士兵丟棄的食物往嘴巴里面塞。
三月二十二日，太監在煤山發現了崇禎皇帝的遺體，用門板把他抬下來，與周皇后的遺體一起，停放在東華門外“茶庵”的蘆蓆棚內。
先前信誓旦旦效忠於皇帝的大臣，這時竟然擺出另一副面孔，揚鞭策馬而過，對帝后的靈柩根本不屑一顧。在這一點上，他們還不及公開和明朝分庭抗禮的李自成。李自成雖然推翻了明朝，卻能冷靜地遵循傳統禮儀、人情世故，下令殯葬帝后，給他們的棺材刷上紅漆和黑漆，為皇帝換上皇冠、龍袍以及靴子，也為周皇后更換了服裝。他還宣佈：一切殯葬事宜按照皇帝皇后的規格進行，他自己還來到祭壇，向帝后的棺材進行祭拜。
形勢實在是瞬息萬變。李自成在山海關兵敗後，退回北京，四月二十九日在武英殿稱帝，第二天就倉皇撤離北京。
五月初三，清朝的睿親王多爾袞，率領清朝軍隊進入北京，紫禁城又由大順改變為大清。多爾袞為了緩和矛盾，釋出公告，宣告清朝軍隊進入山海關，進入北京，是為了打擊李自成，為明朝“雪君父之仇”。出於同樣的目的，他在五月初六，為崇禎皇帝設定靈堂，允許群臣為先帝哭陵三日。他還任命李明睿為禮部侍郎，負責先帝的諡號和祭葬事宜。李明睿向多爾袞報告，擬定先帝諡號為“端皇帝”，廟號為“懷宗”，並且提議另行改葬。不少大臣以為，先帝既然已經葬入田貴妃墓中，改葬似乎有背禮儀，便把田貴妃墳墓改名為思陵。
如果說，上述舉措帶有明顯的“為爾雪君父之仇”的政治目的，那麼順治十四年（1657）清世祖（即順治帝）下令修繕思陵，則是從表彰朱由檢的道德層面考慮的。這位年輕的皇帝給工部的諭旨說：“朕念明崇禎帝，孜孜求治，身殉社稷，若不急為闡揚，恐千載之下，竟與失德亡國者同類並觀。”顯然，他認為朱由檢是孜孜以求地在治理國家，最後以身殉國，應該予以表彰，否則，後世人們會把他與沒有道德的亡國君主相提並論。為此，他特地書寫了一道碑文，勒石以後，立在思陵前面，目的就是為了“以垂不朽”。據營建思陵碑的大學士金之俊說，清世祖對於明朝滅亡的緣由瞭如指掌，知道崇禎帝之所以失天下，另有深刻原因，他本人並非亡國之君。
“思陵碑”是一個四邊各長四丈四尺的方形建築，中間有一個龍首龜趺石碑，高一丈六尺，寬六尺，正面鐫刻九個金色大字“大明壯烈愍皇帝之陵”，背面是大學士金之俊寫的“奉敕建明思陵碑記”。享殿中供奉木神主牌位三塊：中間是皇帝的，左面是周皇后的，右面是田貴妃的。
順治十六年（1659）十一月十四日，清世祖前往明十三陵祭掃，十七日祭掃思陵，失聲痛哭，連呼“大哥，大哥”，發自內心的激動之情，溢於言表。他的祭文，鐫刻後立於碑亭的東門。文中稱讚崇禎皇帝“英姿蒞政，志切安民，十有七年，勵精靡懈”。看來，這並非為了宣傳的官樣文章。因為一年以後，他特地下詔重修思陵。原因是，明十三陵中，各個陵墓都宏大壯麗，唯獨思陵簡陋而荒涼。可惜的是，不久他就與世長辭，修陵之事也就不了了之。
