李世民當上皇帝后，曾質問魏徵，你為什麼要幫李建成對付自己呢？魏徵回道，若太子肯聽他言，就不會死，從這點我們能看出，對於玄武門事變，魏徵是支援太子李建成的，那李世民手下的兩員大將，秦瓊和程咬金是啥態度。
李淵在很早的時候，就確立了李建成為太子，一方面李建成是長子，這符合禮制，另一方面李建成是個仁厚、有才能之人，這樣做無任何不妥，但不幸的是，他還有另一個手握實權、功勳卓著的兒子。
李建成在文臣中有很廣泛的影響力，而李世民在軍隊中很有威望。圍繞這兩人就形成了兩大敵對勢力，李建成是太子，不能坐視李世民威脅到自己的地位，於是想盡辦法削弱李世民得勢力，但是他這樣做，讓李世民感到不安，他害怕太子掌權，會兔死狗烹，想法除掉自己。因此，被迫發動了玄武門事變。
不過玄武門事變一點也不輕鬆，李世民差點被李元吉用弓弦勒死，尉遲敬德也是疲於應付，略顯狼狽，參與政變的人，還差點被太子的援兵薛萬徹全部殺害。李世民手下猛將如雲，如何將一個搞伏擊的事變，打得如此狼狽，主要的一點是，他手下的大將程咬金、秦瓊等人，大多都沒有參與此事。
李建成和李世民二人的爭鬥，程咬金是明確支援李世民的，當太子動手清除李世民的羽翼時，程咬金說“大王去左右手矣，身欲久全，得乎？知節有死，不敢去！”表達了對太子的不滿和李建成的擔憂，不過這種擔憂，更多的是對李世民的關懷和對自己可能會受連累的不滿，並沒有暗示李世民動手除掉李建成之意。
對於二人的爭鬥，秦瓊既沒有參與其中，也沒有說過與此相關的任何言論。李世民曾派程咬金去勸說秦瓊，而秦瓊則只是拿出了李淵送給他的一個金酒壺，其意不言自明，食君祿，忠君事，程咬金是一聰明之人，他自然能看懂其中之意，他們是大唐臣子，所得的一切皆被李淵所賜。因此，他們不能做不忠君之事。
在史書對玄武門事變得描述中，我們也找不見秦瓊、程咬金在場的隻言片語，這二人都是當世名將，若他們參與了此次事變，史官絕不會輕易將他們忽略。
從玄武門事件的記載中，我們也能看出，二人確實沒有參與，為了應對宮中衛隊，尉遲敬德是四處救火，疲於應付，而李世民也差點被李元吉用弓弦勒死，試想一下，而二人之中得一個人在場，以他們的武功，會讓這種情況發生嗎？
玄武門之變後，李世民對有功之人進行了封賞，但是封賞名單中，並沒有出現秦瓊和程咬金，可見他們在此次事件中，是寸功未建，秦瓊和程咬金，繼續做他們的護國公，而他們的封邑也是李淵所賞賜的。
玄武門之變時，他們幹什麼去了？這讓人好奇。程咬金在勸說秦瓊時，秦瓊拿出過一個金酒壺，因此，有人猜測他們是去喝酒了，這只是人們的一種猜想，並無史料可以佐證，但可以肯定的是，他們皆不願意看到兄弟殘殺，血流成河，也不願意看到，君主李淵還建在時，皇子就為了奪權，上演兵變。
