儘管晉室南遷、中原板蕩，一眾隨遷而來的北方豪強地主們仍然憑藉著自身雄厚的經濟基礎和政治特權，與當地吳姓士族、司馬皇室共同瓜分了整個東晉內部的社會資源和上升通道，以至於形成為後世稱之為“
門閥政治
”的獨特現象。
門閥雖立，歷史也從來不會如同一潭死水、波瀾不驚。
就在這些巍冠博帶、閒適安逸的世家大族們繼續為著自身的政治權力與經濟利益暗自博弈、揮刀相向時，來自東晉社會深刻的統治危機也將他們徹底拉下神壇。
奇妙的是，東晉統治危機的肇事者卻來自門閥大族們自以為堅不可摧計程車族聯盟。
公元398年，此時的東晉朝廷正面臨著以桓玄為盟主的諸多藩鎮，佔據建康以西的州郡，而朝廷政令只能施行在東方的會稽、臨海、永嘉、東陽、新安、吳縣、吳興、義興八郡的殘酷分裂局面。
於是乎，無論是為了抵抗西面桓玄、北方蠻夷強大的軍事壓力，還是為了維持龐大東晉朝廷的日常活動運轉，一系列沉重的賦稅剝削就這樣自然而然地壓在了八郡的普通民眾身上，而日益沉重的賦稅也日益激起了底層群眾的不滿。
就在這時，出生次等士族卻因政治抉擇失誤而走到東晉朝廷對立面的孫恩站了出來，再次背叛了自身“高貴血統”，選擇了裹挾民眾、信徒與龐大計程車族集團為敵。
公元399年，正當執政的司馬元顯為防禦王恭等人的進攻，廣泛徵召江南八郡“
免奴為客
”者（指本身或父祖是奴隸，但已放免為佃客的壯丁）集合建康充當兵役，號稱“
樂屬
”，引起廣大利益受損的中小地主和佃客怨恨時，流亡海島的孫恩也趁機協從信徒、黨同百餘人攻破上虞縣，然後以
傳統的“滾雪球”的造反方法
裹挾民眾攻破會稽府城山陰，殺城主王凝之，屠戮本是王羲之、謝安等北方士族聚居的會稽府人。
正如那句“
哪裡有壓迫，哪裡就有反抗
”的老話。就在孫恩等人在會稽大肆殺戮士族、劫掠財富的同時時，東晉的其餘七郡對士族心懷不滿者也相繼起事，攻殺晉官吏、響應孫恩。不過短短十天，以裹挾民眾、招納響應起義者等方法聚攏士兵的孫恩部眾便高達數十萬人！不久，孫恩更是揮兵吳郡、吳興，將南方士族的中心居地搗毀的一乾二淨。
會稽、吳郡、吳興三郡並稱“
三吳”
，屬於當時東晉人口最為密集、經濟最為發達的地區。而當叛亂的旋風來臨，原本世家大族麾下卑賤的園丁、佃戶也將世代殘酷的壓迫以鐵和血的形式通通還返。
譏諷的是，當叛亂的派生物——饑荒、疾病肆意橫行時，滿門顯貴的世家大族也只能在絕望中身披玉衣、坐擁財寶地滿門餓斃、再無昔日的輝煌榮耀。
所幸此時的世家大族雖是爭權奪利、彼此攻訐，仍不失為東晉精英。
不久
，
聽聞命脈受損、意識到問題嚴重性的東晉朝廷立即派遣徐州刺史謝琰、兗州刺史劉牢之亦率軍討伐孫恩。謝琰先是收復義興、吳興兩郡，後是與北府兵大將劉牢之兩軍合兵共進，大破孫恩軍隊於錢塘江附近。若不是孫恩急中生智以金銀擲地斷後，而劉牢之的大軍忙於拾撿財寶無力追擊，恐怕他逃到海島上的機會都沒有了。
出乎意料的是，再次潛逃回島的孫恩帶著自己的部眾、信徒為東晉朝廷上演了一幅新時代的戰鬥情景“
海盜襲陸
”。
待到孫恩再次從海上來襲，負責海防謝琰出戰但戰敗，反被帳下督張猛所殺。公元401年，孫恩更是起樓船千艘、士卒十萬意圖從海上進攻建康。嚇得建康內外戒嚴，百官入居臺省，城內各軍亦駐守要地，豫州刺史司馬尚之也連忙率軍入衛建康。
奈何掌握國家機器和正統道義的東晉朝廷還遠沒到達自我崩潰的邊緣。
當孫恩在丹徒登陸時，卻遭到自海鹽追擊而來的劉裕大敗。及後劉裕率兵討伐，在多次戰鬥後大破孫恩軍，孫恩的實力也是由盛轉衰，被逼沿海退走。公元402年，當走投無路的孫恩再攻臨海郡、劫掠生活物資時，臨海太守辛昺也是將其擊敗。無奈的孫恩為避免被晉軍生擒洩憤，只得投海自盡，結束了自己波瀾壯闊的“
海盜
”生涯。
不過，以陳郡謝氏謝琰戰死、庶族劉牢之接任為代表的世家大族兵權的喪失和以三吳地區世家大族莊園農莊的摧殘為代表的經濟根基的動搖，卻使得這些自詡高貴的世家門閥們在寒門、庶族崛起的衝擊下愈發無能為力，最終為出生北府兵的平民劉裕奪得了南方政權。
