戚繼光在某些方面更類似文人。例如，他在另一部軍事著作《紀效新書》的序言裡，大談“仁義”、“心”一類的儒學內容。他甚至認為兵法的根本也在於“人心”：“黃帝之法，根於幾微；湯武之兵，本諸仁義。幾微之所由起，仁義之所從出，在於吾心。是故跡至粗也，而用至神也。”像黃帝、成湯、周武王等人的用兵之法，都是本於人心。從這種理論來看戚繼光的實踐，他在剿倭時對脅從者的寬容，以及練兵時強調精神的力量，就很容易理解了。透過這樣的表述，戚繼光將被當時文人們形容為“粗跡”的軍事行動，昇華成一種蘊含精微道理的行為。然而，戚繼光並不是一個誇誇其談的軍事理論家。他曾在《練兵實紀》一書中說過：“教兵之法，美觀則不實用，實用則不美觀。”實用，是戚繼光軍事理論的根本原則。他在練兵時，特別反對花法，要士兵一定要摒棄一切花架子，要學會實戰的真本領，這樣才不會在戰場上吃虧。
晚明有一個戚繼光兵法的崇拜者，寫了一部《武備新書》，提出要製造“火龍捲地飛炮”，大概就是雕木為虎豹之形，以輪駕之，使口中出火，藏炮於腹，點火於馬尾，使其衝敵。這一“創意”被清代編纂四庫全書的學者大大嘲弄了一番，說“殆於兒戲”，跟小孩子玩兒似的。然而，這部書也題名為“戚繼光撰”，顯然是託名，另一方面這也說明戚繼光在軍事理論上的聲名。戚繼光的軍事理論著作，迄今所見主要是《紀效新書》和《練兵實紀》。在這些書裡，富含著這位愛國將領關於治軍、實戰等方面的理論。
一、治軍。戚繼光治軍，首先提出一個軍隊職能的問題。針對明朝軍隊戰鬥力不強而蒐括民脂民膏卻不遺餘力的怪現象，戚繼光提出士兵的首要職能是“保國安民”。他說：“兵是殺賊的東西；賊是殺百姓的東西。”士兵如果不願殺賊，反而禍害百姓，便也變成了賊。他經常用宋代岳飛的岳家軍來作榜樣，認為岳家軍的“凍死不拆屋，餓死不擄掠”的精神，就是保國安民的典範。
其次，戚繼光指出，處理好官兵關係是治軍的關鍵。他對將領們說，官與兵要同甘共苦，要身先士卒。所謂的身先士卒，“非獨臨陣身先，件件苦處要當身先”，也就是要求將領們能時時“吃苦在前”。戚繼光本人，也堅守與士兵同甘苦的原則。在浙江平倭時，有一次戚繼光行軍到樂清，恰逢大雨。當地計程車紳請戚繼光入室避雨，戚繼光說：“上千士兵都露天站著，我怎麼可以獨自進屋避雨呢？”他雖然治軍嚴明，但是對士兵們卻非常愛護。他曾說過，自己的軍隊“暑行千里，我不曾打一個兵五棍”。這種恩威並行的治軍方法，使得戚家軍能夠有良好的軍紀，也因此受到人民的歡迎和支援。
在戚繼光的治軍理論中，“練將”是極重要的一個環節。他認為，一個優秀的將領，必須是德、才、識、藝兼備，而以德為先。沒有德的將領，就是沒有“將心”的將領，最後可能會墮落成“驕將”。將領必須具有知識，文武兼備。因此，他提出要加強對各地武學的儒學教育，讓學生們在嫻習武藝的同時，能有更好的識見。
二、關於戰爭。戚繼光非常重視戰爭中的給養問題。他認為，保證足夠的軍用物資的供應，是保持軍隊在戰爭中主動性的首要條件。為此，他在平時的行軍中，要求每隊都必須有常備的伙頭軍、行軍用的鍋。每個士兵在行軍中都必須帶上乾糧和行裝。一旦作戰，要做到件件齊備，“一器不乏”。其次，戚繼光重視“行軍快速”。在對敵作戰中，軍隊必須靈活應變，攻敵之無備，出敵之不意。戚繼光要求軍隊要能在最短的時間裡接受調動，集結最優勢的兵力，迅速殲滅敵人。《明史》稱戚繼光作戰“飆（biāo）發電舉，屢摧大寇”，就說明了戚家軍具有高度的機動性。再次，戚繼光非常重視戰爭中的武器。例如，在浙江沿海平倭的那一階段，戚繼光特別重視火器的運用；在鎮守薊州的時候，由於蒙古騎兵移動迅速以及北風的原因，戚繼光明白火器的使用相對受到限制，就特別強調要發展車兵。他說，與蒙古軍隊作戰，當以車兵為正兵，依託戰車，結成車營，以抵擋蒙古騎兵的衝擊，而步兵則以戰車為掩護，同時可以保護戰車，騎兵作為奇兵可以抄襲敵人的後路。這樣，面對敵人騎兵的衝擊，車兵們可以結車為險，儼若一座移動的小城，各兵種協同作戰。此外，戚繼光特別重視兵器之間的搭配使用。例如，要對付倭寇的鋒利倭刀，要多使用狼筅（xiǎn）、大棒、長槍等長兵器；對於火器，他改變以前火器笨重的毛病，在規格、口徑、鉛彈大小、彈藥分量上都做了明確的規定，使火器成為戚家軍用以克敵致勝的重要武器。
戚繼光的軍事思想，在後來的軍事實踐中曾起過巨大的作用。據說，在戚繼光離開薊鎮後的數十年中，“繼之者踵其成法，數十年得無事”。他所訓練出來的南兵，在萬曆年間的援朝戰爭中也起了重要的作用。當時的總兵李如松就說，平壤大捷所用的戰法，“乃戚將軍《紀效新書》，本是御倭之法，所以全勝”。清代曾國藩的湘軍，就是“略仿戚元敬氏成法”，按戚繼光的募兵制度、訓練思想、軍隊紀律、作戰戰術而組建的。據說，太平天國起義軍的後期軍事領袖李秀成也非常推崇戚繼光，案頭常存一部《紀效新書》。
然而，就是這樣的一個軍事家，晚年卻被朝廷棄用。在萬曆十一年從薊州調往廣東之後，戚繼光數度萌發歸隱的念頭。沒有首輔張居正的照顧，戚繼光或許自感政治上也沒有什麼前途，倒有了“鳥盡弓藏”的想法了。這時期，他的詩文中有“君恩自是優功狗，世事渾如看紙鳶”一句，自況“功狗”，很難說他沒有“狡兔死，走狗烹”的牢騷。萬曆十三年（1585）冬天，戚繼光告老，得到神宗的批准，回到了山東老家。在老家，戚繼光所能做的，也就像所有的致仕官僚一樣，修家廟，整理文集，再做點慈善事業，以此來排遣晚年的寂寞。
萬曆十五年十二月，戚繼光在家鄉病逝，年六十。死前，他在奉於家廟的一篇祝文中寫道：“遊子三十年行間，先後南北水陸大小百餘戰，未嘗遭一劫。”三十年的軍事生涯，在戚繼光的筆下，如此的輕鬆，但又似乎格外的沉重！
