王化貞，字肖乾，萬曆四十一年進士，是東林黨首領葉向高（後內閣首輔）的弟子。其人精通醫學並不擅長軍事，但在熊廷弼第一次經略遼東時，因為熊廷弼屬於楚黨，並得到當時齊黨領袖首輔方從哲的力挺。東林黨為防止三黨走向聯合後獨享遼東軍功，於是力推王化貞任右參議，分守廣寧參與遼東軍務。
遼、沈失陷時，廣寧城中只有千餘老弱殘兵，朝廷內外均認為河西必不能保。王化貞倒是沒有害怕和慌張。他積極招集散亡、激勵士民、聯絡蒙古，讓激烈動盪的民心稍定。由於當時河東地區還有不少零散的城池、堡壘在明軍手中，後金並沒有選擇立即進攻河西。
王化貞於明軍在遼東的慘敗之下，以弱兵保全了遼西之地，為其在朝廷贏得一片美譽，也極大地鼓舞了王化貞自己的信心。
袁應泰殉國，由山東由參政薛國用臨時接任經略。薛國用上任不久就身患重病難以理事，名聲大噪的王化貞就成了遼東事實上的掌舵人。在御史方震孺的建議下，王化貞進職為右僉都御史，巡撫廣寧。
成為巡撫後朝廷支援遼東前線的錢糧、兵馬開始迅速向王化貞手中彙集。意氣風發的王化貞將手中原有的遼東潰兵與各鎮援遼的兵馬進行重編，並稱之為平遼軍。看著手中的十幾萬大軍，王化貞認為最好的防守就是進攻，必須主動進攻剿滅建奴。為此他做了周密的部署大致為以下四個內容：
1。 沿遼河西岸構築防禦陣地，即可守衛遼河平原屯田以作軍用，又可以作為征伐女真的前進基地。
2。 搞好與蒙古的關係，作為外援。
3。 派人潛入後金與投降敵人的明將李永芳接頭，以其做內應。
4。 派部將毛文龍率兵潛入鎮江（即今遼寧省丹東市），開闢新戰場，動搖後金後方。
比較有成效的是第四條，毛文龍只帶了兩百人就襲佔鎮江、生擒佟養真（佟家是女真名門，出過很多皇后、貴妃，其孫女是康熙的生母）及其子佟松年等六十多人（後全部獻俘京師，凌遲處死）。毛文龍還利用了後金無水軍的弱點，以皮島為基地向遼東沿海各島嶼擴張建立據點，以襲擾式游擊戰為主要戰法，只要後金疏於防備就登陸襲擊。
毛文龍很快就成為了女真的噩夢，因為毛的存在暴露了後金最大的軟肋，即後金沒有能力雙線作戰。後來明軍能在遼西大搞基建工程（構築寧錦防線）而不被騷擾，是因為後金顧忌毛文龍而無力大軍出擊（不但不騷擾還放棄了廣寧）；再後來皇太極動不動就敢帶領近十萬人破邊牆到京畿、山東劫掠，而且一去半年以上而不需顧慮老家，是因為毛文龍被斬殺，皮島的東江軍土崩瓦解。
鎮江大捷讓王化貞的聲望更加高漲，朝廷內很多人認為王化貞的計劃比熊廷弼的更加行之有效。王化貞自己也更加自得意滿，自稱以六萬眾就可一舉蕩平奴巢。
那麼復任遼東經略的熊廷弼這時提出了什麼新方略呢？
遼東的失陷讓帝國重新認識到了熊廷弼的價值，於是之前彈劾熊廷弼的幾人理所應當地受到了懲處，加熊廷弼兵部尚書兼右副都御史銜，經略遼東統一指揮遼東事務。熊廷弼雖然復職，但是遼東已然不再是之前的遼東。
上次出任時熊廷弼就已經上書萬曆，守不住遼陽、瀋陽就守不住遼東。現在遼、沈均已丟失，明軍在遼東只剩一些彼此孤立的城池據點。先不說殘存的明軍還有沒有士氣去據守，即便是死守也很容易被後金分割包圍，如果不救不但白白損失人員物資，還會進一步打擊官軍士氣。如果救援，則正中後金“圍城打援”之下懷，而野戰之中明軍基本沒有勝算。
面對困局熊廷弼提出了新的方法即三方佈置 —— “增登萊、津門兵，而重兵屯山海關，待各鎮兵馬大集，登萊策應齊備，然後三方大舉進兵。” 也就是說，他準備棄守關外，將重兵屯在登萊、天津和山海關三個方位。
山海關，京師門戶，易守難攻，將關外的軍隊拉回來集結關上，既可以尋找戰機，從正面出擊後金，同時也可機動靈活地策應和支援昌、薊、宣、大防範蒙古人入侵。而在登萊、天津屯駐軍隊，則可以隨時透過水路襲擊後金後方，以配合山海關正兵的進攻。
熊廷弼的總體思路還是先守後攻，先依託長城防守，待兵馬重振器械、糧草集結配備完畢後主力從山海關出兵吸引後金主力，同時從登萊、天津發兵直撲後金後方，攻其必救，前後夾擊之下，後金必敗。
但是這個三方佈置地執行卻需要大氣魄。因為遼、沈雖然丟失，但是山海關到廣寧這三四百里土地還在明軍控制之下，這棄土的責任誰能背？放棄這些地盤，既可以避免兵力分佈過散，又可縮短後勤補給線，減輕國家財政負擔。善戰者，從不囿於一城一地的得失，正所謂“
存人失地，人地皆存，存地失人，人地皆失
”。
但是現今朝廷官員中還有幾個人有這樣的戰略眼光？要知道一年前因為損失了七百多人，熊廷弼就被罵得狗血淋頭被迫辭職。現在提出這樣的方案，鐵定要被群臣罵為賣國賊，攻守的策略也別指望能執行下去。
熊廷弼也不是個政治白痴，他只得將原本的方案應對時局作了修改，“
廣寧用騎步對壘於河上，以形勢格之而綴其全力；海上督舟師，乘虛入南衛，以風聲下之而動其人心；奴必反顧，而亟歸巢穴，則遼陽可復。於是議登萊、天津並設撫鎮，山海適中之地特設經略，節制三方，以一事權。
”
以廣寧、登萊、天津為三方佈置，由山海關居中節制。而實際上廣寧城建在山隈，敵人登山就可俯瞰城內，城池所恃的不過三岔河（“三岔”是指太子河、渾河、遼河在此地合流），而三岔河的黃泥窪段又水淺可涉，廣寧城並不具備固守的地理條件。之所以這樣做，無非是使了一個障眼法，免得自己的真實意圖暴露過早招來不必要的麻煩，最終導致計劃夭折。
不過熊廷弼的小九九還是被人看破，遠在皮島的毛文龍就直接上書天啟建議：“
三方佈置，昔以廣寧為正，登津為奇。今則山海宜守，登津宜戰。若就登津量，則津兵當以應援山海，而登萊時聯旅順，密邇朝鮮。
”這大概就是英雄所見略同吧。
不管怎麼說，熊廷弼的虛方案獲得了朝廷認可。在熊廷弼即將離京上任時，天啟還特意賞賜華服並從京營中挑選了五千士兵為熊廷弼護行。不過熊廷弼剛上任就發現一個致命的問題，他根本就指揮不了王化貞。
經略與巡撫都是遼東事務的大員，不過熊廷弼是遼東經略（相當於遼東總督）統領遼東全部軍務事宜，而王化貞只是廣寧巡撫，所以王化貞是熊廷弼的下級。而且官職上熊廷弼還有兵部尚書兼右副都御史銜，也高於王化貞的右僉都御史。
但是巡撫是直屬朝廷的外派官員，按照明朝的人事制度，經略並不能繞過朝廷直接處置巡撫。此時朝廷內閣首輔是王化貞的老師葉向高，加之前面我們也已經說到，在熊廷弼就職之前實際是王化貞在統領遼東，所以這段時間大量彙集到遼東的錢糧、兵馬都掌握在王化貞手中。有這麼多優勢王化貞自然不怎麼把熊廷弼放在眼裡。
實際在熊廷弼離京前兩人的矛盾就已經激化。之前王化貞不是將在廣寧重組的軍隊稱為“平遼軍”麼，熊廷弼對這個稱呼是相當地不滿，“是建奴作亂，遼人又沒有叛國，你平什麼遼？這是要逼反遼民麼？要麼叫平東，要麼就叫徵東……”。
熊廷弼的本意是想讓王師的名更正，但朝廷內的東林與齊楚浙三黨迅速將這個話題上升到王朝存亡的高度進行辯論和互相攻擊，加劇了熊廷弼和王化貞之間的矛盾。
另外王化貞根據同鄉好友傅國的建言，計劃沿三岔河設定六個軍營，分兵把守。並在西平、鎮武、柳河、盤山等要害地方，都設定營壘。熊廷弼知悉後就向兵部打報告說，三岔河又不是天塹，這麼沿河分兵把守是自我削弱的愚蠢之舉。
熊廷弼是想將軍隊撤回關內提前做個鋪墊，但被罵為蠢貨的王化貞是徹底地怒了。憤怒的王化貞自然不會再服從熊廷弼的命令，在他看來熊廷弼就是個一味防守的縮頭烏龜，只會修城築堡，指望他河東是沒可能收回的。於是就將熊廷弼甩到一邊按照自己的計劃單幹起來。
毫無辦法的熊廷弼只好開啟苦勸模式（但在王化貞看來是無端地指責和謾罵）。首先他上疏力陳，遼東人不可用，不能依靠蒙古人，李永芳不可信，廣寧奸細多會貽誤大事。王化貞的反應則是，逢人就說只要我一渡河，河東百姓就會群起響應，喜迎王師。
熊說應該先備足糧草，王化貞的回答是：“我一過河，而海州之糧皆我之糧。”
熊說軍械要準備齊當，不然守都守不住，怎麼進攻？王化貞的看法是：“正惟不能守，所以當戰。”
熊說即便王師無敵，也應當提前想好如何防守、如何援救、如何撤退，王化貞氣得差點跳起來，“我但取一地，該地的人民自然響應，定有縛叛將以獻者。”這已然是槓精附體，無藥可救了。
結果天啟元年八月到十月的三個月中王化貞多次出兵但均無功而返。而這幾個月熊廷弼也一直呆在山海關，兩人就這麼隔著三四百里打著口水仗。至此朝廷內外皆知經撫不和，開始議論是是嚴旨則成二人協心，還是在經撫之中只留一人。
不過就在朝廷還在為經撫誰去誰留爭論不休的時候，努爾哈赤出兵了。天啟二年正月十八，努爾哈赤率軍八萬渡過遼河。此時安置在關外的兵力近二十萬，人數上處於絕對的優勢，原本集結兵力憑藉火器防守幾個要點不會有什麼問題。
但王化貞卻以三千人守三岔河，以三千人守西平堡，以兩萬人守鎮武堡，再以一萬人守閭陽驛，熊廷弼所帶的五千人守右屯，自己率大軍守廣寧城，這種安排，明顯是分散自己兵力來等待努爾哈赤消滅。
三岔河的明軍收到訊息就一鬨而散，後金趁勢越過三岔河包圍了第二道防線西平堡。這次遇到硬茬了，西平堡雖然只有三千守軍，但是數萬後金軍圍攻兩晝夜也沒能拿下。不過努爾哈赤並不著急攻下這個堡壘，他在等明朝的援軍。
坐鎮廣寧的王化貞聽說西平堡並未丟失，心中大定，就接受了手下寵將孫德功的建議，盡發廣寧大軍由孫德功率領，前往閭陽驛與祁秉忠部會合前往救援。熊廷弼也急傳命令給鎮武劉渠，令他拔營赴援。幾支軍隊在平陽橋遇上了努爾哈赤的八旗伏兵。
行進在最前的劉渠率先與後金軍接觸，在劉渠的指揮下明軍連續三次殺退了後金的圍攻，明軍這邊氣勢大漲，而且後面的明軍也陸續進入戰場。就在後金展開第四次圍攻時，被王化貞寄予厚望的孫德功立功了，他突然率領本部軍馬（主要是他自己的家丁、親兵）從左翼撤退，邊撤邊大喊：“兵敗矣！”
關寧鐵騎中的骨幹主力祖大壽部第一個有反應，迅速向後逃竄（一口氣跑到了覺華島），後軍以為真的兵敗，也跟著潰逃。十萬雄兵瞬間就變為待宰豬羊，任由後金屠戮。是役劉渠、祁秉忠、劉征戰死，數萬明軍喪生。
現在明白努爾哈赤為什麼在等明軍援軍了吧，王化貞沒能策反李永芳，但李永芳卻成功地策反了他身邊的孫德功。從後期他基本淡出歷史來看，代價可能只是劫掠廣寧之後分他一點財物。而王化貞策反李永芳給出的是什麼條件，一個是朝廷嘉獎（發獎狀），一個是賜免死三次，但是明朝的人都懂得，免死誥卷從來都不能免謀逆。李永芳雖然不聰明，但是肯定不傻。
現在努爾哈赤可以回過頭來專心對付西平堡了，然而讓他沒有想到的是，孤守西平堡的羅一貴寧死不降，榜樣李永芳親自出馬也不行。攻克西平堡的代價是七千的陣亡，這遠高於剛剛十萬雄兵給後金帶來的傷亡，也超過了遼瀋大戰、薩爾滸大戰。明朝的軍隊雖然孱弱，但不是全都不堪一擊。
孫德功的表演還沒有結束，因為王化貞依然非常信任這個剛從平陽橋逃回來的敗將。不但沒有責難他，反而將廣寧剩餘的幾萬人全部交給他指揮，防守廣寧城。領導如此信任，孫德功豈能不賣力工作？
他連夜於城中各處宣傳明軍已大敗，後金即將到達廣寧，“
疾呼軍民宜早剃頭歸降，因命其黨封府庫以待
”。城中開始大亂，軍民奔走相逃。第二天王化貞醒來廣寧幾乎成了空城，孫德功的亂兵正在城中四處劫掠，弄了半天搞明白事情原委的王化貞欲哭無淚，只得倉皇出逃。
剛出城門就被孫德功亂兵追上，如果不是部將江朝棟帶人相救，他就成了孫德功送給努爾哈赤的禮物了。兩日後努爾哈赤兵不血刃佔領廣寧。王化貞逃出廣寧一路向西，到了大淩河與熊廷弼不期而遇。熊廷弼不光看到了王化貞，更看到沿路“
難民西奔者十不得一，損棄幼小於途，蹂踐死者相望
”，景象淒涼，慘不忍睹。
王化貞一見到熊廷弼就意識到之前熊廷弼所說均一一驗證，他現在是無話可說，唯有痛哭。但是嘴毒的熊廷弼並沒有放過他，面對痛哭的王化貞，冷笑著說道：“
六萬眾一舉蕩平，竟何如？
”王化貞能如何作答，唯有繼續痛哭。
王化貞的慘敗，讓熊廷弼看到一個補天的機會。他構想的三方佈置，棄子爭先的方案，之前無法執行的原因就是沒有辦法放棄關外土地以收縮防線。現在王化貞將十幾萬大軍潰散，關外已然不可守，只能退回山海關。
熊廷弼覺得現在帝國除了執行自己的方略已然別無選擇，不然靠自己手頭的五千人馬和覺華島上逃跑絕對排第一的祖大壽，憑什麼阻擋幾萬後金大軍？
於是熊廷弼拒絕了王化貞堅守寧遠和前屯的建議，決定帶領逃難百姓退回山海關，並將沿途無法帶走的物資全部焚燬，堅壁清野。而努爾哈赤在得知熊廷弼製造了幾百裡無人區，也就放棄了追擊，班師回遼陽了。
原因也不復雜，努爾哈赤需要明軍的存在，不然他沒有物資可以劫掠。雖然事實證明熊廷弼的決定是正確的，但是這個決定卻要了他的命。
王化貞兵敗被判死刑很容易理解，畢竟廣寧覆滅他負有不可推卸的責任，而且他還是鐵桿的東林，在閹黨與東林的角鬥中，他的失敗又怎麼可能不被大做文章？而對熊廷弼的處理就有些讓人不好理解了。
首先他是楚黨（實際也就是後來的閹黨），閹黨沒有擴大其罪行的必要；其次他第二次經略遼東就是個被王化貞架空的光桿，這是眾人皆知的事實，輪不到他背罪。然而熊廷弼不但被判死刑，還傳首九邊連坐家人，處罰比王化貞還重，這是為什麼？
起關鍵作用的人是孫承宗，從孫承宗和王在晉關於修不修八里鋪的爭論中我們就可以看出，孫承宗是完全反對熊廷弼放棄遼東、完全撤回山海關的三方佈置的。透過同王在晉的爭執他也意識到，熊廷弼在廣寧覆滅後撤回山海關不是他不得已，而是他故意乘機放棄關外。
在他看來王化貞丟失廣寧，是因為他愚蠢，是他沒有守土之能；而熊廷弼撤回山海關則是明明有機會和能力去爭取，卻故意不去做，這是有棄土之心。
於是孫承宗就上書請求給熊廷弼定罪：“
楊鎬、李如禎自有應得之罪，而或曰通虜，獨不思強予以莫須有之文。既令稱冤，反脫其不可逋之罪。特為漏網，何以服本辜，何以服天下，仰何以自服其心。
”
在中國的傳統價值觀裡，一旦被認定其心可誅，那他就不會被原諒。何況下這個定論的人是被天啟無條件信任的孫承宗，所以熊廷弼的命運已然決定。魏忠賢無非就是個執行領導意圖的馬仔而已。
被關入死牢的熊廷弼在胸前掛著一個小布袋，裡面裝著為自己寫的申辯疏，可惜的是至死也沒有機會上呈天啟御前。天啟沒有給他平反，崇禎也沒有給他平反。
百年之後的十全老人嘲諷式的說道：“
明之曉軍事者，當以熊廷弼為巨擘。讀其《陛辭》一疏，幾欲落淚！而以此盡忠為國之人，首被刑典，彼其自壞長城，棄祖宗基業而不顧者，尚得謂之有人心，具天良者乎？
”
