清康熙十二年（1673年）十二月，一個月前平西王吳三桂在雲南起兵反清、揚言要把“朱三太子”扶立登基的訊息已經傳到了京師（北京），導致城內人心浮動，惶惶不安，其中不少依舊心懷明朝的忠義之士準備藉機在京師發動起義，以響應雲南舉兵之事。十二月二十一，京師人楊起隆自稱“朱三太子”，在內城鼓樓西街召集屬眾黃吉、陳益等三十餘人，並透過他們聯絡內城八旗下屬僕役數百人，號稱“中興官兵”，改元“廣德”，約定二十三日凌晨在內城放火為號，同時展開反清起事行動。
為了增強自身起兵行為的號召力和彰顯正統性，楊起隆在下屬的建議下，給已經去世近三十年的明思宗崇禎帝的皇太子朱慈烺上諡號“同天合道承明純靖康文懿武神仁獻孝悼皇帝”、上廟號“順宗皇帝”，以此號召和團結各地其他反清人士，並獲得他們的支援及認可。
但就在起事的前夜，黃吉、陳益的家主：正黃旗漢軍承恩伯周全直得知了他們的計劃，於是立即向正黃旗漢軍都統祖承烈告急變。祖承烈連夜向大學士、兵部尚書明珠急報，明珠聞報後一面命正黃旗滿洲都統圖海、副都統覺羅吉哈禮率兵趁夜色突襲在周公直家暗中聚集的楊起隆等人，一面緊急入宮向康熙帝奏報城內有人舉兵作亂。康熙帝得知城中有變後十分震驚、追加旨意給圖海、覺羅吉哈、祖承烈等人，令他們務必全殲作亂者，同時下令關閉京師九門，緝拿楊起隆其他同黨。
正在鼓樓西街準備舉事的楊起隆等人遭到圖海率領的清軍突然襲擊，猝不及防之下匆忙迎戰，終因寡不敵眾而落敗，黃吉、陳益等人重傷被俘，楊起隆在部屬的拼死掩護下突圍而走，出城後輾轉逃亡，最後藏匿於陝西鳳翔。城內其他起事的楊起隆部眾：“齊肩王”焦三、護駕指揮朱尚賢、閣老張大等數百人隨後都被清軍搜捕抓獲。康熙帝在事件平息後下詔將此次抓捕的楊起隆同黨全部處死，史書記載“獲賊既多，斬頭無地，以車滿載出九門斬之，屍積如山，如是者八日。”
時間倒退四十四年，大明崇禎二年（1629年）二月初四，京師皇宮中傳來喜訊：明思宗崇禎帝的皇后周氏為崇禎帝下嫡長子，這使得時年才十八歲的崇禎帝大喜過望，親自為嫡長子賜名“慈烺”。然後下詔曉諭天下：
“朕為帝王應天曆而奉宗祧，首重元儲。尤隆世嫡，朕以渺躬，嗣位丕基，祗念我皇祖皇考，集慶發祥，源深緒遠。佇昌嗣續，仰慰治謀。茲荷上帝居歆，宗祊垂佑。二月初四日第一子生，系皇后周氏出，中闈開冢嫡之先。萬國愜元良之祝。”以此表示自己獲得嫡子的興奮之情。
崇禎三年（1630年），皇長子朱慈烺剛剛一歲，崇禎帝即於南燻殿舉行儀式，授予其皇太子金冊金寶，並遣官祭告天地宗廟社稷，正式冊立他為皇太子。這也是大明有史以來，第二個中宮皇后在位時所誕育的皇太子（廣義上：仁宗、宣宗、英宗都是皇后所生的嫡子（英宗存疑），也先後都受封為皇太子。但是成祖徐皇后生仁宗時尚為燕王妃、仁宗張皇后生宣宗時身份是燕世子妃、宣宗孫皇后生英宗時為宣宗貴妃，都不是皇后的身份。大明真正意義上第一個由中宮皇后所出的皇太子，是武宗朱厚照，由孝宗張皇后在位中宮時所生。）
自一歲到八歲，皇太子朱慈烺一直隨母親周皇后居住在鍾粹宮，崇禎帝因為國事繁忙，沒有過多的時間來關注太子的成長和教育，直到崇禎十年（1637年），禮部官員上奏，稱皇太子已滿八歲，依祖制應出閣讀書、以學習經義典籍，穩固國本。崇禎帝於是下詔，定於崇禎十一年（1638年）正月行冠禮。崇禎十一年（1638年）正月，皇太子正式行冠禮，二月出閣讀書。冠禮典儀中，皇太子執玉圭見群臣，進止有度，不失尺寸，諸臣皆贊拜敬服。
皇太子出閣讀書後，崇禎帝為其選派了禮部尚書姜逢元、詹事府詹事姚明恭、少詹事王鐸、屈可伸為皇太子講讀侍班官。禮部侍郎方逢年、詹事府左諭德項煜、翰林院修撰劉理順、編修吳偉業、楊廷麟、林增志為皇太子講讀官，讓他們作為皇太子的老師和侍從官，教導其學習儒家經典，熟悉治理之道。如此多的忠正名臣彙集一處，作為東宮屬官教導皇太子，可見崇禎帝對於皇太子朱慈烺的殷切期盼和寄予的厚望。
崇禎帝少年繼位，自即位伊始就面臨著內憂外患的局面，再加上他本人執政偏激拗執、剛愎嚴苛、對於文武諸臣也極度不信任，性格又猜忌多疑，致使大明朝政廢弛、法令敗壞，國家積重難返。同時因為崇禎帝舉措失當、過於加重底層農民的負擔，造成百姓生活困苦、民不聊生，只能鋌而走險聚眾造反，大明天下因此烽煙四起、農民起義層出不窮。再加上遼東後金政權也多次毀邊牆入寇，使得大明國勢內外交困、雪上加霜。
在國內農民軍和遼東後金內外夾攻的嚴峻局勢下，大明國勢日漸頹敗，崇禎帝經常處於左支右絀、焦頭爛額的境地，不斷地採取措施以圖挽救時局，又不斷地因為舉措失當而接連受挫，朝政愈發糜爛不堪，大明社稷也在一步步的折騰中逐漸走向滅頂之災。而身處其中的皇太子朱慈烺，年幼不諳世事，囿於身份特殊也不能直接出言規勸干涉父皇的施政方針，只能在東宮端本宮謹守門戶一心讀書，被動地迎來人生鉅變。
崇禎十七年（1644年）正月，綿延了十餘年的農民起義達到頂峰：農民軍首領李自成於正月初一在西安正式稱帝，建立大順政權，改元永昌，開始公開和明朝分庭抗禮。二月，李自成親率大軍東征攻向京師，準備開始新一輪王朝更替過程。
經過一個月的作戰，大順軍隊擊敗或者迫降了沿途駐守明軍，於三月十七抵達京師。三月十八，大順軍攻破京師外城，三月十九，內城也告破。困坐皇宮的崇禎帝在絕望中召集三個兒子：皇太子朱慈烺、皇三子定王朱慈炯、皇四子永王朱慈炤，讓他們脫去華貴服飾，改穿平民衣服，然後由親信太監分別送到外戚周家、田家處躲藏。之後崇禎帝命周皇后、袁貴妃自盡，並勸皇嫂懿安皇后（天啟帝遺孀）自縊，再親自揮刀將兩個女兒砍殺（長平公主未死、昭仁公主死），自己則在太監王承恩的陪伴下自縊於煤山，大明王朝中樞至此覆滅。
而逃離皇宮的皇太子朱慈烺和定王朱慈炯、永王朱慈炤，還來不及逃到各自的母家，就被別有用心的人挾持，獻給了剛剛入城的大順軍。攻克京師後的李自成面對這幾個前朝皇子，還算是厚道，沒有加害他們，並封朱慈烺為“宋王”，朱慈炯為“定安公”，朱慈炤為“永平公”，安置別院，妥為照顧。朱慈烺於是向李自成提出了“不可驚我祖宗陵寢、以禮葬我父皇母后、不可殺戮我百姓”等三項要求，李自成都一一照辦。
崇禎十七年（1644年）四月，因寧遠團練總兵吳三桂、山海關總兵高第等人拒不歸順，李自成親率大軍前往山海關，征討吳三桂、高第，朱慈烺兄弟也被李自成帶著一同前往，意圖用他們的身份壓服吳三桂等人。
但是在兩軍交戰的激烈時刻，吳三桂暗中向駐紮在關外松山、杏山的清軍（後金於崇禎九年（1636年）改國號清）剃髮稱臣，引清軍入關助戰，大順軍在一片石遭到預先埋伏的清軍伏擊，大敗而歸。隨後清軍在吳三桂的帶領下大舉入關，追擊大順軍，李自成剛剛戰敗，軍心渙散，不能抵擋，只得匆匆自退兵，撤離拿下還不到一個月的京師，返回陝西老家。
在一片兵荒馬亂的局勢中，朱慈烺、朱慈炯、朱慈炤兄弟竟然沒有喪命於亂軍中，而是奇蹟般地擺脫了大順軍的監視和挾持，從山海關前線逃脫，各自逃命。但是三兄弟也因此走散，此後再也沒有見面。
皇三子定王朱慈炯自山海關亂軍中和兄弟們走散後，就此神秘失蹤，從此再也沒有他的任何訊息，史書上也只留下“十七年、京師陷，不知所蹤”的簡單記載。但是他“朱三太子”的名號，卻被後來眾多反清復明義軍反覆使用，順治八年（1651年）、康熙十二年（1673年）、康熙十九年（1680年）、康熙四十八年（1708年）、康熙六十年（1721年）、雍正七年（1729年），甚至乾隆初年，都有各地義軍以此名號舉事，以對抗清朝，集聚人心。楊起隆在康熙十二年（1673年）於京師準備發動的起義，就是用的“朱三太子”旗號。
皇四子永王朱慈炤，在崇禎十七年（1644年）的時候還是一個十二歲的懵懂少年。兵敗一片石時，他趁亂逃走，被一個姓毛的大順軍將領收留。二人離開北方一路南逃到河南，在這裡相依為命，並種了一年的地。順治二年（1645年）初，清軍南下進攻南明，抵達河南時在當地清查大順軍餘部，毛姓將領不能繼續在當地存身，只得告別朱慈炤逃往他處。臨別前他囑咐朱慈炤，不要留在河南，趕緊往南方逃亡藏身。
此後，少年朱慈炤孤身一人，歷經艱辛流浪四方，頑強地掙扎著在亂世中存身。流亡中先後有鳳陽的致仕給事中王鄉紳、浙江餘姚的胡鄉紳得知他的身份後顧念聖恩，收留了朱慈炤。王鄉紳給他改名“王士元”（即：原是王），胡鄉紳更是把女兒嫁給他，讓漂泊多年的朱慈炤得以不再流浪，在餘姚定居下來，以開設私塾教書為業。這樣的平靜日子，化名王士元的朱慈炤一過就是五十年，還先後有了六個兒子、三個女兒，還有了一個孫子，算是子孫滿堂了。
康熙四十六年（1707年），清軍擊破了在浙江四明山區堅持抗清活動的張念一部（一念和尚），一念和尚被清軍抓獲。在嚴刑拷問之下，一念和尚透露了自己當年曾經到餘姚尋到過化名王士元的崇禎帝第四子朱慈炤的訊息。
得到口供後的清廷大吃一驚，康熙帝立即下令命江南地方官員嚴查搜捕，一定要把朱慈炤捉拿歸案。事先得到訊息，已經躲到長興縣的朱慈炤於是向全家人告知了自己保守了五十年的真實身份，並要大家趕快分頭躲避。
就這樣，朱慈炤和他的兒孫都被清朝以“假冒前明皇子”的罪名處死。而他死後，崇禎帝的子孫從世間徹底消失，再也沒有任何留存。
而皇太子朱慈烺自山海關大戰中脫險後，歷盡艱辛才從混亂的戰場逃回京師。此時京師已經落入清軍之手，為了自保，他在京師隱居於忠心故主的中書舍人周元振家中半年之久，直到崇禎十七年（1644年）末，局勢逐漸安定，朱慈烺才找到位於京師的外祖父周奎家，想避難於此。但周奎反而將其出賣，獻給了清攝政王多爾袞。多爾袞既不想留著朱慈烺這個前朝皇太子，導致明朝舊臣依舊奉其為主，從而對已經入關的清朝統治中原造成不利；同時，他也不能公開將其殺害，那樣則讓清朝標榜的“為明朝報君父之仇”的說法破產。
為了解決這一難題，多爾袞使用了一箭雙鵰之計——他先指使降清的明朝宗室、晉王朱審烜以及原明朝內閣侍講謝升出面和皇太子對質，然後故意上報說皇太子是假的，系歹人冒充。皇太子一一辯駁朱審烜、謝升不實之詞，二人啞口無言、羞愧而退。多爾袞惱羞成怒，再命宮中侍奉太監、隨駕錦衣衛等指證，凡言皇太子是真者皆下獄論罪，同時把京師中上疏痛斥朱審烜、謝升不忠不臣，請立皇太子為新君的諸多義民百姓誣陷為“亂民”，一同下獄。這樣一來，再也沒有人敢於說皇太子是真的了，多爾袞目的達到，於是將皇太子朱慈烺以“假冒皇太子、意圖作亂”的罪名關押在獄中，嚴加看管。
當初崇禎帝自盡殉國後，得到噩耗的南方明朝官員為了保持大明皇統延續，擁立崇禎帝的堂弟、福王朱由崧於崇禎十七年（1644年）五月十五在南京即位，即南明弘光帝。因為南北訊息斷絕，弘光帝不知道皇太子朱慈烺兄弟三人在京師失陷後的情況，甚至以為他們都已經遇害，為了表示哀悼和自身的即位正統合法性，弘光帝在給殉國的崇禎帝追上諡號“紹天繹道剛明恪儉揆文奮武敦仁懋孝烈皇帝”、追上廟號思宗（後改為毅宗）之後，又給“遇難”的皇太子朱慈烺上諡號“獻愍太子”，以示悼念和尊崇。
如前文所述，朱慈烺遇害二十八年後，康熙十二年（1673年）十二月，楊起隆以“朱三太子”的名義在京師準備起事時，為了凝聚人心、鼓舞士氣，於是給離世近三十年的大明“獻愍太子”、“悼皇帝”朱慈烺進一步追諡，尊為“同天合道承明純靖康文懿武神仁獻孝悼皇帝”、上廟號“順宗皇帝”，以此團結其他反清同仁並顯示自己傳承大明正統。雖然起義很快就失敗了，楊起隆本人也在七年後被捕遭殺害，但是因為他們的敬奉和追尊，命運悲慘的朱慈烺在遇害多年後，終於得到了“明順宗”的廟號，並流傳於後世，這也算是對他的一種補償和紀念吧。
