這一仗，殲敵兩千兩百多人，取得興化平倭大捷
嘉靖三十三年（公元1554年），倭寇據寧波普陀，俞大猷率將主攻，倭寇突出，殺武舉火斌等三百人。俞大猷坐罪，並戴罪剿賊，不久，敗賊於吳淞所。詔除俞大猷前罪，代湯克寬為蘇松副總兵，擊賊於平望，再戰於六金壩，皆大捷，斬首三千級。
倭寇犯金山，俞大猷所率將卒不及三百人，徵集諸路兵未至，戰失利。倭寇二萬，屯松江柘林，閩浙總督張經促戰，俞大猷堅持不可戰。等待永順、保靖兵至，便跟從張經，大破賊於王江徑，取得抗倭戰爭以來的最大勝利。而功被嚴嵩義子工部尚書趙文華、浙江巡撫胡宗憲攘為己有，張經反被加“養寇失機”罪名，逮捕入獄，後來被殺害。俞大猷也受降職處分，“以金山失律加罪之，謫充為事官”。
嘉靖三十四年（公元1555年），新倭犯蘇州陸涇壩，直抵婁門，擊敗南京都督周於德的兵卒。俞大猷在舊職被革除的情況下，以國事為重，以戴罪之身，披肝瀝膽，偕副使任環，大敗賊於陸涇壩，焚賊舟三十餘艘，又攔擊其自三丈浦出海者，沉其舟七艘。繼而，又破賊於吳江鶯脰湖，賊走嘉興三板沙，掠民舟將逃遁，俞大猷追擊至馬跡山，生擒倭寇首領金涇和許浦，白茆港之賊俱逃出海，俞大猷再追擊於茶山，焚五舟，擊壞及覆沒者無數；俞大猷及僉事董邦政，分路追擊，再獲九舟。一月之間，將浙東陸上倭寇打得東逃西竄，令倭寇聞知俞大猷的名字就心驚膽寒。
餘賊三百餘，登崖走據華亭陶宅鎮，屢敗趙文華等大軍。賊寇在柘林糾集四十餘艘船，情勢危急，而巡輔曹邦輔，彈劾俞大猷縱賊，帝怒，奪其世蔭，責令立功自贖。無奈何，俞大猷偕副使王崇古，入洋追賊，焚鉅艦八艘，斬獲無數。
初以倭患急，朝廷特命都督劉遠為浙江總兵官，兼轄蘇、松諸郡，數月間，無所作為。廷臣爭言俞大猷軍事幹才，嘉靖三十五年（公元1556年）三月，罷劉遠，以俞大猷代浙江總兵官。俞大猷在西庵、沈莊、清水窪、黃浦等戰役，連獲大勝，詔還世蔭，加都督僉事。繼敗盤據舟山之賊。
浙東平倭之戰，應該說是俞大猷戰鬥生涯中最輝煌的一頁。他“先計後戰，不貪近功”，充分掌握敵人的活動規律，抓住其致命要害的劣勢，充分發揮自己的優勢，運用機動靈活的戰略戰術，“攻其必救”“圍而殲之”，展示了其出色的指揮才幹和傑出的謀略智慧。
其一，先摸敵情後定計策。他走馬上任後，不是急匆匆與倭寇交戰，而是設法摸清倭寇的活動規律，瞭解倭寇的長處與短處，找到敵人的弱點後，再定下“攻其要害”的破敵之策。倭寇的優勢是海上泊有的戰艦，機動能力強，能迅速幫其從海上逃竄。但是，戰艦是其優勢也是其弱點，沒有了戰艦，倭寇就無法迅速從海上逃遁。所以，俞大猷制定出先打敵艦、“剿敵滅巢”的策略，攻打敵艦就如同攻打敵人的巢穴，正是擊中了倭寇的弱點，迫使倭寇進入自己設下的圈套。
其二，海上設伏斷敵退路。倭寇的唯一退路，就是從海上逃走。所以，倭寇在登陸侵襲時，除了停泊在海邊的戰艦外，常常在海中留有接應的戰艦。這樣，可以進則襲四面八方，退則入無垠大海。俞大猷考慮到如要大力殺傷倭寇，必須在敵艦背後埋伏一支舟師，在敵寇逃竄時，截住逃敵，與陸上追擊逃寇的明軍形成合圍之勢，兩面夾擊倭寇，當然能重創倭寇。
嘉靖三十六年（公元1557年），加署俞大猷浙江都督同知。
俞大猷的頂頭上司總督胡宗憲，欲圖倭寇首領王直，用盧鏜的諫言，將與通市，俞大猷力爭不可。胡宗憲將王直的母親和妻兒弄到杭州，企圖勸王投降，王原則上同意，但要求胡派一人來島作人質。王來見胡，結果被巡按御史王本固逮捕下獄，島上王的養子毛海峰聞聽訊息，遂把胡派的人質“支解”，並率列黨五百人佔領了岑港。俞大猷本來就反對這個作戰方案，但事到如此，不得不跟戚繼光等人去奉命攻打，直到第二年七月，仍攻打不下，將士多死傷，而新倭復入沈家門。
嘉靖三十八年（公元1559年），賊泛海流劫閩廣，佔領福建泉州浯嶼，御史李瑚一再上奏，彈劾胡宗憲縱賊，胡懷疑是俞大猷為其同鄉李瑚提供了軍情內幕，故奏上一本，委罪俞大猷，說岑港之敗，完全是由於俞大猷的作戰不力。帝怒，逮俞大猷系詔獄，再奪世蔭。錦衣衛陸炳知俞大猷冤，為通關節，送錢於嚴世蕃，大學士徐階亦為之擔保，才被釋放到大同戴“罪”立功。
嘉靖三十九年（公元1560年），俞大猷至大同。時任川湖滇三省總督、兵部侍郎、南京戶部尚書的泉州晉江潘湖人黃光升重其才，經保舉授其方略。俞大猷審度地勢，匠心獨創，製造獨輪戰車，以拒敵騎。嘗以車百輛、步騎三千，大敗敵人萬騎於安銀堡。文進上其制於朝，遂置兵車營。京營有兵車自此始。文進將襲板升，與俞大猷謀，果獲大勝。詔還世蔭。
倭寇在蘇、浙慘敗後，便南竄閩、粵，倭患重心移到福建，“北自福寧，南及漳、泉，沿海千里，盡為賊窟”。
嘉靖四十年（公元1561年），俞大猷奉命南征。因平定王直的戰功，被除罪錄用，任湖南辰州鎮軍參將（今湖南沅陵），接連削平云溪等三郡六縣叛亂。同年七月，詔移南贛，合閩、廣兵，鎮壓廣東饒平張璉暴動，計擒張璉和蕭雪峰，斬首一千二百餘級，遣散其餘黨二萬。擢副總兵，協守南贛、汀、漳、惠、潮諸郡。
嘉靖四十一年（公元1562年）十月，倭寇偵知戚繼光在福建平倭勝利後，回師浙江，又湊集兵力一萬多人，捲土重犯福建，糾合自廣東南澳北犯的倭寇，連破邵武、羅源、政和、壽寧、寧德、連江、松溪、大田、古田等地後，乘勝直搗興化（今福建莆田）府城，將府城團團圍住。時總兵劉顯僅率七百名疲弱士兵趕來。劉顯知道敵人氣焰囂張，斷不是對手，因此，便在離城三十里外隔江駐紮。
是年十一月二十九日，倭寇攻陷興化府城，擄掠三千居民，百姓慘遭倭寇屠殺凌辱。倭寇攻陷興化後，又搶掠船隻，攻佔了要衝平海衛，敵勢猖狂，前所罕有。
福建巡撫遊震得，上奏朝廷。興化城的陷落，驚動了朝廷，因為這是自倭患以來，被攻陷的第一個府城。嘉靖皇帝罷免了福建總兵遊震得，起用譚綸任閩浙總督，從贛南調回俞大猷，並提升為福建總兵官，從浙東調回戚繼光為福建副總兵官，急速回閩，配合福建都督劉顯，三人均受譚綸指揮節制，會同剿倭。
嘉靖四十二年（公元1563年）二月一日，俞大猷迅速自贛南馳至興化的平海衛，駐軍秀山，與駐明山的劉顯互為犄角；劉顯駐紮明山，距倭營三四里；而戚繼光招募的義烏軍尚在浙東。時敵我兵力已相當，倭寇猖獗，屢來挑戰，諸將憤憤難平，紛紛要求應戰，但俞大猷卻按兵不動，主張星布兵營，畫地鑿溝，東西通海，列柵其上的圍而不攻的戰術。諸將以為俞大猷也有畏敵之心，俞大猷認為，滅倭的時機並未成熟，他呈給福建巡撫譚綸的《興化滅倭議》：“今賊有二三千，從賊有七千，且人人皆欲死鬥。官兵之數僅與相當，約日列陣以合戰，勝負之形相半。若迫城而攻之，彼實我虛，彼飽我飢，彼逸我勞，萬一被其挫創，東南大勢去矣！”俞大猷認為，倭寇突襲攻陷興化，對我方來說，是“遇異常之變，必設異常之謀，方可成異常之功”。
首先，倭寇連拔數縣，氣焰囂熾，此時不宜與戰；我軍從江西長驅、日夜兼程至此，軍士疲乏，當休整數日；俞大猷根據敵我雙方實情，採用“敵以戰為守，我以守為攻”的正確的作戰策略，“畫地鑿溝，東西通海，列柵其上”，圍困倭寇。
其次，根據倭寇是日本武士、浪人和海盜結合的隊伍，提出我軍招收熟悉地形的當地兵馬，以利於進攻。發動長期受倭寇蹂躪，有血海深仇，勇於效命沙場的閩中南人民為民兵。
再次，尊重與配合劉、戚抗倭將領和地方官吏。如今，倭寇屢次前來挑戰就為速戰，敵人無論戰勝戰敗都可逃離，因我方未有力量圍殲之；戚繼光大軍即將趕來，時我強敵弱，全殲倭賊有望。“不論在南在北，但得相資相助，必有大建立”。巡撫譚綸以為俞大猷的分析很有道理。但當時朝廷諸當事人責戰急切，海上又有倭寇挑戰，俞大猷巍然不動，忍辱負重，從容不迫地進行部署。
嘉靖四十二年（公元1563年）四月，戚繼光的軍隊到達了平海衛。四月二十一日深夜，四鼓，根據戰鬥部署，分三路全面出擊：戚繼光擔任中軍主攻，俞大猷為右軍、劉顯為左軍側攻，悄悄向敵營迫進，會攻倭寇於平海衛。戰局的發展，完全按照俞大猷的戰略意圖進行，經過五個小時戰鬥，倭寇抵擋不住明軍排山倒海般的攻擊，抱頭鼠竄，紛紛落進俞大猷預設的壕坑之中。
這一仗，殲敵兩千兩百多人，取得興化平倭大捷，收復平海衛和興化府城，解救三千名被虜的百姓。
興化平倭是福建抗倭鬥爭的最大勝利，俞大猷在戰前力排眾議，做了周密的部署與大量的準備工作，其功勞並不下戚繼光。
論功行賞時，昏庸無能的嘉靖皇帝聽信讒言，獎賞不公，譚綸晉升右副都御史，戚繼光晉升都督同知，劉顯加秩蔭一子，惟俞氏“賚幣銀四十兩”而已。有人為他抱不平，但俞大猷卻淡然處之。
興化大捷班師後，俞大猷偕友人遊清源山，在水流坑清源古道石旁，刻下《俞大猷興化平倭崖記》：“明嘉靖癸亥歲季春，欽差鎮守福建、南贛、惠潮兼郴桂、南韶地方都督俞大猷，提兵往興化剿陷城倭寇。歲次竣事班師，偕友人遊諸洞。”
俞大猷這方崖記，對於自己立大功而受到的不公正待遇，隻字不提，對興化平倭戰役的決定性勝利的因素，也隻字不提，僅提到“竣事班師”而已，足見俞大猷不計得失，惟以平倭為重的襟懷。
