SurvivalMeth資料庫：腫瘤相關甲基化預後分析資料庫
嗨，小夥伴們大家好！我們繼續甲基化修飾話題。不少小夥伴表示有一顆要蹭甲基化修飾熱點的火熱的心，卻又不確定自家主變數甲基化修飾是否與疾病相關，因為惶恐孩怕惴惴不安，一猜即中的運氣是不用奢望了，但大好金山委實心裡癢癢。那麼，大家一個眼神弘毅就懂了，新的一週給大家帶來一款腫瘤相關甲基化預後分析資料庫SurvivalMeth，一起來感受一下吧~！
甲基化資料庫系列傳送門
▌資料庫概覽
SurvivalMeth資料庫網址為（
http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/survivalmeth
/）。廣泛研究表明，DNA甲基化相關功能元件（DMFE），如CpG島相關元件（CIR）、轉錄相關元件（TR）、重複元件（RE）及細胞型別特異性CTCF結合區（CTCFBR）和超級增強子（SE）等，可作為腫瘤患者生存預後的潛在標誌物。SurvivalMeth資料庫收集來自TCGA、CCLE和GEO等資料庫中36個腫瘤的13371個樣本中81個DNA甲基化圖譜資料，涵蓋19000個編碼基因、1689653個超級增強子、1304902個CTCFBR和77634個重複元件，總計超過480000個DNA甲基化位點資訊，構建比例風險迴歸模型，提供感興趣基因及甲基化相關功能元件的預後分析功能，使用者可以進行自定基因或甲基化功能元件組合，藉助SurvivalMeth資料庫完成預後相關DMFEs的全面分析，包括DMFE甲基化水平、相關分析、臨床分析、差異分析、DMFE註釋及生存分析與視覺化等。
選單欄Help部分提供SurvivalMeth資料庫核心功能（Single Case、Multiple Case、Enhancer Case和User-Defined）的操作使用指南，及資料庫分析結果的解讀指南。
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資料庫核心功能及操作演示
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Pre-Upload
Pre-Upload下拉選單提供三個子模組功能，即Single Case、Multiple Case和Enhancer Case，分別用於單基因DMFE、多基因DMFE及組合和增強子相關預後分析。
（1）Single Case
Pre-Upload下拉選單選擇Single Case進入功能介面，依次選擇感興趣的疾病、實驗平臺、輸入感興趣基因，然後選擇感興趣的DMFE資訊，預設無限制，再勾選擬分析的臨床資訊，選擇差異分析的統計學引數，若無正常樣本需取消差異分析。以示例中illumina 450K實驗平臺的乳腺癌資料集中APC基因為例，DMFE預設無限制，臨床資訊關注年齡、HER2組織表達和組織型別，其他引數預設，點選Analyse獲得分析結果。
結果Methylation Status部分，The Significant Result of Differential Analysis表格展示乳腺癌中APC基因甲基化水平差異分析結果，顯著性差異的甲基化探針有21個，提供其對應的腫瘤樣本表達值、正常樣本表達值及表達值差值、變化倍數和P值。
下方圖形The Methylation Level of Different Probes為上述APC基因對應的21個甲基化探針表達值箱圖，圖形The Correlation among Different Probes為上述21個甲基化探針表達值相關性熱圖。
隨後點選感興趣的臨床資訊，以her2_status_by_ihc為例，結果顯示以HER2組織表達情況為依據分組的21個甲基化探針表達值箱圖。
最後的表格The Unsignificant Result of Differential Analysis展示在腫瘤和正常樣本組織中無顯著差異的8個甲基化探針資訊。
結果Cox Regression Analysis部分，表格展示包括上述顯著差異的21個甲基化探針和之前勾選的臨床資訊在內的多因素Cox迴歸分析結果，提供HR值、95%置信區間、P值和迴歸模型的summary結果。
結果Kaplan–Meier Plot部分為生存曲線資訊，基於風險評分獲得最佳cutoff值進行Kaplan-Meier生存分析探討患者預後情況，結果顯示包含APC基因相關21個甲基化探針表達情況、患者年齡、HER2表達和組織型別在內的風險比例模型對乳腺癌患者臨床預後具有顯著的預測價值。
隨後的表格展示Kaplan–Meier生存曲線納入的781個臨床樣本資訊。
The Distribution of Prognostic Index Sorted by Prognostic Index圖為預後指數分佈圖，提供cutoff值。
再然後分別是高、低風險患者組CpG表達值柱狀圖、熱圖和差異性分析結果。
結果Annotation Information部分為上述21個甲基化探針註釋資訊，提供Gene symbol和基因組位置及區域資訊。
（2）Multiple Case
Pre-Upload下拉選單選擇Multiple Case進入功能介面，設定與Single Case類似，支援輸入多個Gene Symbol、Transcript ID及Genomic Interval，以示例基於illumina 450K實驗平臺的乳腺癌資料集中cg06778853、cg24670442、cg18456782和cg26263675探針為例，其他引數預設且同前，點選Analyse獲得分析結果。
結果顯示有3個甲基化探針表達值存在顯著性差異，其他部分內容與前述類似。
（3）Enhancer Case
Pre-Upload下拉選單選擇Enhancer Case進入功能介面，設定與前述類似，以示例基於illumina 450K實驗平臺的乳腺癌資料集中APC基因為例，其他引數預設，點選Analyse獲得分析結果。
獲得12條結果，以第一條為例，點選Chr Location列藍色字型連結至SEdb資料庫檢視增強子詳細資訊，點選Survival Analysis列Click Here檢視生存分析結果，內容與前述類似。
2
User-Defined
User-Defined模組支援輸入或上傳製表符分隔的包含甲基化探針名、時間及患者生存狀態和表達值的矩陣檔案，進行表達差異分析、相關性分析和生存分析，資料格式如下。
以示例檔案為例，點選Analyse後，表格展示探針註釋資訊，分組策略預設，DMFE全選，點選Analyse獲得分析結果，內容基本與前述類似。
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文獻案例
以上就是SurvivalMeth資料庫的全部內容，開發並維護資料庫不易，小夥伴們使用時別忘記引用以下參考文獻！
Zhang C， Zhao N， Zhang X， Xiao J， Li J， Lv D， Zhou W， Li Y， Xu J， Li X。 SurvivalMeth： a web server to investigate the effect of DNA methylation-related functional elements on prognosis。 Brief Bioinform。 2021 May 20；22（3）：bbaa162。 doi： 10。1093/bib/bbaa162。 PMID： 32778890。
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小白實戰課堂開課啦！手把手教你轉錄因子與靶基因預測操作～！
引藥生變資料庫系列傳送門（完結）
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撰文丨弘 毅
排版丨四金兄
主編丨小雪球
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