《數碼獸X進化》是東映動畫公司製作的數碼獸系列中的首部3DCG動畫。本作原本預定於2005年以劇場動畫的形式公映，結果因為不明原因改為在2005年1月3日於富士電視臺進行電視播放。 本作也是第一部沒有人類角色出現的數碼獸系列動畫。 配音基本也是採用數碼獸動畫系列過去的陣容。
被終端電腦世界樹管理著的世界因為不斷膨脹的資料量而面臨崩潰的危機。在世界樹實施的“方舟計劃”下，數碼獸們一個一個被抹消，把必要的“皇家騎士”及部份研究物件上傳到了新的數碼世界。
除了世界樹選定的數碼獸，一部分數碼獸進化出了x抗體，倖存到了新世界，但是世界樹開始新的步驟，開始清剿整個世界，消滅所以數碼獸。同時X抗體還有著強化數碼獸實力的作用。
故事的主人公，因擁有「X抗體」一開始受到其它數碼獸的排斥，後因看到同伴接連受到傷害，在逆境中回憶起同伴鼓勵的場景而不斷在悲憤中進化，最後進化成為傳說中的第十三位皇家騎士——阿爾法獸。
除了阿爾法獸之外，還登場了奧米加獸，紅蓮騎士獸（公爵獸），黃金龍獸（瑪格納獸）等三位皇家騎士。其中紅蓮騎士獸雖是皇家騎士的一員，但對世界樹的想法抱有疑問而單獨行動。對世界樹執行「X計劃」一直抱有疑問，後決定背離皇家騎士團，故意輸給奧米加獸，從而前往調查，返回後獲得X抗體，投入到對抗大批多路龍獸的戰鬥中去。為多路龍獸打通了通往世界樹的大門。另外紅蓮騎士獸的好友奧米加獸因紅蓮騎士獸的影響，加上為了調查真相，選擇了與阿爾法獸聯手對抗世界樹。
除了他們外，還登場許多大家所熟知的數碼獸，如眾多數碼寶貝系列中跑龍套的獅子獸，戰鬥暴龍獸X，金屬加魯魯獸X，巫師獸等。
不過登場的數碼獸之間實力差距巨大，戰鬥暴龍獸X，金屬加魯魯X兩個究極體，碰到奧米加獸只能被吊打，雖然都是究極體，但皇家騎士的名聲不是假的。接著就是紅蓮騎士獸和奧米加獸的戰鬥了，但是在紅蓮騎士獸的放水下，奧米加獸贏了，但是碰到阿爾法獸的影子多路戰龍獸，被其吊錘，只有靠阿爾法獸同歸才打敗，可以看出阿爾法獸的實力比同為皇家騎士的奧米加獸等人要強。而另一個皇家騎士黃金龍獸更是從頭到尾都是在打嘴炮沒有出過手。
總結一下數碼寶貝世界裡世界樹總是喜歡搞事情，應了那句話：小樹不修不直溜。可惜這是一部的定義就是沒有人類的數碼寶貝世界，不然有大門大等主角在的話，世界樹應該會很安分。
