嘌呤核苷酸可以在核苷酸酶的催化下，脫去磷酸成為嘌呤核苷，嘌呤核苷在嘌呤核苷磷酸化酶（purine nucleoside phosphorylase，PNP）的催化下轉變為嘌呤。嘌呤核苷及嘌呤又可經水解，脫氨及氧化作用生成尿酸。
乳動物中，腺苷和脫氧腺苷不能由PNP分解，而是在核苷和核苷酸水平上分別由腺苷脫氨酶（adenosine deaminase，ADA）和腺苷酸脫氨酸（AMPdeaminase）催化脫氨生成次黃嘌呤核苷或次黃嘌呤核苷酸。它們再水解成次黃嘌呤，並在黃嘌呤氧化酶（xanthineoxidase）的催化下逐步氧化為黃嘌呤和尿酸（uric acid）。ADA的遺傳性缺乏，可選擇性清除淋巴細胞，導致嚴重聯合免疫缺陷病（Severecombined immunodeficiency olisease，SCID）。
體內嘌呤核苷酸的分解代謝主要在肝臟、小腸及腎臟中進行。正常生理情況下，嘌呤合成與分解處於相對平衡狀態，所以尿酸的生成與排洩也較恆定。正常人血漿中尿酸含量約0。12～0。36mmol/L（2～6mg/dl）。男性平均為0。27mmol/L（4。5mg/dl），女性平均為0。21mmol/L（3。5mg/dl）左右。當體核心酸大量分解（白血病、惡性腫瘤等）或食入高嘌呤食物時，血中尿酸水平升高，當超過0。48mmol/L（8mg/dl）時，尿酸鹽將過飽合而形成結晶，沉積於關節、軟組織、軟骨及腎等處，而導致關節炎、尿路結石及腎疾患，稱為痛風症。
痛風症多見於成年男性，其發病機理尚未闡明。臨床上常用別嘌呤醇（allopurinol）治療痛風症。別嘌呤醇與次黃嘌呤結構類似，只是分子中N8，與C2互換了位置，故可抑制黃嘌呤氧化酶，從而抑制尿酸的生成。同時，別嘌呤在體內經代謝轉變，與PRPP生成別嘌呤核苷酸，不僅消耗了PRPP，使其含量下降，而且還能反饋抑制PRPP醯胺轉移酶，阻斷嘌呤核苷酸的從頭合成。
