光緒三十四年（1908）年11月14日的時候，年僅38歲的光緒皇帝突然駕崩，然而正當清政府滿朝文武百官都在皇帝駕崩而感到悲傷的時候，統治清朝長達近半個世紀的慈禧太后竟然也在光緒去世的第二天午後，也駕崩了。一個正值壯年的皇帝竟然沒有活過一個年逾古稀的老太太，讓無數當朝官員與後人都心生懷疑。而這大清王朝的兩個最高統治者駕崩僅僅差一天時間是巧合還是另有玄機？
光緒二十四年（1898年），光緒帝實行“戊戌變法”，打算依靠袁世凱牽制住以慈禧太后為首的這一股勢力，但反被袁世凱出賣，從此被慈禧太后幽禁在中南海瀛臺。
庚子國變，光緒帝返京後，不再被囚於瀛臺，而是常常臨朝，恢復到以往的帝位生活，但慈禧太后對他仍嚴加控制。此時的清廷固然仍在推行著自光緒二十六年十二月初十日（1901年1月29日）開始下詔變法所實行的新政，似乎是把戊戌變法時期的新政措施又一步步恢復，然而光緒帝在頒發新政詔令時卻不得不服從慈禧太后的旨意“先自罵兩句”，說“康有為之變法，非變法也，乃亂法也”。他在對德齡公主的自白中表達了苦衷：“我有意振興中國，但你知道我不能做主，不能如我的志。”
光緒三十四年（1908年）十月，光緒生病臥床。這時慈禧也生病了。光緒在日記中寫道：“我病得很重，但是我心覺得老佛爺（指慈禧）一定會死在我之前。如果這樣，我要下令斬殺袁世凱和李蓮英。”不料這段日記被李蓮英獲悉，他立即報告了慈禧，說：“皇上想死在老佛爺之後呢！”慈禧聽了，恨恨地說：“我不能死在他之前！”
光緒三十四年（1908年）冬，光緒的病情突然轉危，不久死去。名醫屈桂庭在《診治光緒帝秘記》記載光緒死前三天“在床上亂滾”，“向我大叫肚子痛得了不得”，且“面黑，舌焦黃”，“此係與前病絕少關係”。而光緒入殮也一反常規地由宮內太監辦理，諱莫如深。
據說是慈禧令太監將他毒死的。有的學者認為，由於袁世凱的叛賣告密，使慈禧鎮壓了維新運動。袁世凱擔心慈禧死後光緒重新執政，將會問罪於他，於是就與慶親王勾結，打算廢黜光緒，立慶親王之子為帝，事不成，就下手毒殺了光緒。又有學者認為光緒是病死的。政治上的失意，長期的精神抑鬱，更使他患有嚴重的神經官能症，心悸、失眠、食慾不振等症狀相繼出現，逝世前一年已病入膏肓，直接死亡的原因，可能是心肺功能的慢性衰竭，併發急性感染。在2008年，經過對光緒皇帝殘留的一縷頭髮的鑑定，證實死於砒霜中毒。
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