八旗制度由清太祖努爾哈赤所創立，是清朝的根本制度。八旗共分為：正黃旗、鑲黃旗、正白旗、鑲白旗、正紅旗、鑲紅旗、正藍旗、鑲藍旗，各旗之間相互獨立。凡是八旗旗下成員，均稱為旗人，他們有各自的旗籍，就和我們今天每個人都有自己的戶口是一回事。
八旗的最高長官是各旗的旗主。在清朝初期，這些旗主的權力非常大，地位僅次於皇帝。事實上，當時的皇帝本人也是旗主，只是最大的旗主而已。滿清早期的軍國大事都需要皇帝和八旗旗主共同商議，共同裁決。皇帝本人並沒有乾綱獨斷的特權。
八旗下屬的基本組織單位叫牛錄（漢語譯為“佐領”），每個牛錄有三百人。牛錄越多的旗，實力就越強，旗主地位自然越高。比如最強的正黃旗擁有四十五個牛錄，最弱的鑲白旗只有十五個牛錄。
八旗旗主在不同時期有所變化，第一代旗主是：正黃旗、鑲黃旗旗主努爾哈赤；正紅旗、鑲紅旗旗主代善（努爾哈赤次子）和他的兩個兒子嶽託、碩託；正白旗旗主皇太極（努爾哈赤第八子）；鑲白旗旗主杜度（努爾哈赤之孫）；正藍旗旗主莽古爾泰（努爾哈赤第五子）；鑲藍旗旗主阿敏（努爾哈赤侄子）。
努爾哈赤晚年的時候，將自己的兩黃旗分別賜給十二子阿濟格、十五子多鐸，並準備另賜一旗給十四子多爾袞。這三人都是由大妃（地位相當於皇后）阿巴亥所生，所以許多史學家認為這是努爾哈赤打算將汗王（當時還沒稱帝）之位傳給三兄弟中某一人的明顯訊號。
不過，努爾哈赤去世後，正白旗旗主皇太極在其他幾位旗主的擁護下，奪取了汗王之位，並逼迫大妃阿巴亥殉葬。當時多爾袞三兄弟年齡都還很小，根本無法和皇太極他們相抗衡。所以從這裡就可以看出，當時滿清的國本大事，還是憑各旗旗主的實力說話，無論努爾哈赤臨終前是否留下了遺詔，都無法改變最後的結果。
皇太極即位後，對八旗做出了一些調整。他將兩黃旗和正藍旗都控制到自己手中，從而加強了皇權。但此時各旗旗主的權力依然非常大，甚至到了可以為所欲為的程度。比如鑲白旗旗主多鐸（原鑲黃旗旗主）看上了旗下大臣范文程年輕貌美的妻子，於是便找機會將范文程之妻強行佔有了。當時范文程在滿清中地位很高，是所有漢臣中首屈一指的人物。但即便如此，范文程在得知妻子被旗主多鐸強佔後，還是不敢吭聲。最後是訊息傳到了皇太極那裡，皇太極早就想整治多鐸，一直苦於沒有藉口，這次終於有了把柄。於是，他以多鐸侮辱朝廷重臣之妻為名，罰銀萬兩，並奪走鑲白旗所屬牛錄三分之一。
崇德八年（明崇禎十六年，1643年）八月初九日，皇太極突然猝死。這時，八旗旗主再一次在滿清的政治舞臺上發揮了巨大作用。
當時，皇太極的長子豪格和正白旗旗主多爾袞都想爭奪皇位，雙方一度鬧到了劍拔弩張的程度。最後在鑲藍旗主濟爾哈朗的建議和其他旗主的附議下，一個原本幾乎不可能和皇位沾邊的人被擁立為帝，那就是皇太極的第九子，年僅六歲的愛新覺羅·福臨，也就是後來的清朝順治皇帝。
此後很長一段時間，八旗旗主依然在清朝的政治舞臺上起著舉足輕重的作用。但由於旗主的權力經常和皇權產生衝突，所以清朝初期的幾位皇帝一直都在透過各種手段削弱旗主的權力。經過幾代皇帝的努力，終於把原本屬於各旗旗主的權力全部集中到了皇帝一人的手中。到了乾隆朝之後，旗主的身份基本上只是個象徵性的榮譽稱號，沒有什麼實際的權力，所以清朝中後期也就沒有明確的旗主說法了。
