張學智先生所撰的《中國儒學史·明代卷》的第八章第四節，其題目為“黃道周對理學與心學的結合及其新經學”，由此可知黃道周的理學觀念。然而容肇祖在《明代思想史》一書中對黃道周的理學觀念予了這樣的總結：“他的思想注重實行，仍是偏於向內的一路，跑不出王守仁思想的圈子。他的格物解說，也即是王守仁的致良知，都是對於本體的追求，以為可以一了百了的。他以慎獨躬行為方法，以為造次顛沛可以不離於道。然而太偏重於向內了，以為經世治心，沒有兩種道理，禹、稷、顏、閔一樣苦心，何曾別有學問？這是他的大大的錯誤，故此在國家危急的時候，只有矢忠矢死，無救於國家的滅亡。然而他卒之完成大節，亦可說不負所學了。”
容肇祖認為，黃道周的理學觀念仍然是偏重王守仁的心學，對於這種認定，張學智也有近似的總結，其在該節的最後一個段落引用了黃道周在《儒脈》中說的一段話：“有宋諸儒初皆氾濫內典，於性命上事看不分明。《易》稱繼善成性，《學》《庸》止善、明善，孟夫子直接思、曾，更無半語差錯。濂溪便說性上有剛善柔善，剛惡柔惡，此皆錯認氣質以為天性也。伯淳原本濂溪，便說有氣質之性、義理之性，與孔孟何其異旨！張橫渠聰明在諸賢之上，又說：‘由太虛有天之名，由氣化有道之名，合虛與氣有性之名，合性與知覺有心之名’，不知虛氣更是何物！如此等議論，豈可令孔孟見之乎？”
黃道周撰《廣名將傳》清道光咸豐間海山仙館刻《海山仙館叢書》本
黃道周在這段話中，把周敦頤、二程、張載等人都予以了批評，對於這段批評，張學智總結到：“此處認為周、程、張諸人皆非儒學正統，原因是他們都偏離了孔孟性善之旨。而自己主張的性善說，是孔孟、思曾、《周易》、《學》《庸》以來的儒學正脈。這裡是以是否主張性善說來區分正統儒學與異端的。可見性善一義在他整個思想中的重要地位，亦可見他思想中所受心學的影響。”
黃道周在這裡的批評已經足夠嚴重，他從性與氣的關係上，認為以上的這些理學大師其實都不是儒學正統，因為他們沒有堅持孔子、孟子所主張的性善論，而黃道周卻堅持這一點，從這個角度出發，黃認為自己的觀念才是孔孟思想的正傳，而周敦頤、二程、張載等沒有堅持完全的性善論，所以黃道周認為他們偏離了孔孟思想的正統，既然如此，那這些理學大家也就不能視之為儒學正傳。於是，張學智認為黃道周的這個觀點是受到了心學的影響。
為什麼黃道周會與這些理學大家在觀點上有這樣大的衝突呢？張學智認為，周、程、張、朱等大師在形成理學觀念之前，都曾讀過老子和佛家的書籍，之後他們才跳出來致力於儒學，而黃道周沒有這樣的經歷，他從小學習的就是四書、六經，故而他沒有受到過佛教及老子思想的影響，這也就是他跟那些理學大師思想觀念不同的根源。
從黃道周的個人經歷看，他幼年家裡也很貧寒，然而他的確是位會讀書的好材料，因為他在7歲時就能過目成誦，後來又跟兄弟們在一起讀書幾年：“凡數年，自經傳子籍，旁及詩、賦、聲律、鉛汞、陰陽之學，無不耽精元覽焉。”（莊起儔《漳浦黃先生年譜》）
由此可知，他的讀書範圍極廣，然而畢竟其家藏書有限，於是他就想辦法讀更多的書：“聞博羅有韓大夫賢而好士，其家多異書。一日杖策行，遂造焉。大夫與之語而大悅，曰：‘此儒者也，今日任斯道者，非子其誰！’因留與諸子處，遂得盡觀所未見書，俱錄以歸。”（《黃子傳》）
《松石齋文集》二十五卷，清光緒二十八年常熟趙氏承啟堂刻本，黃道周序言一
《松石齋文集》二十五卷，清光緒二十八年常熟趙氏承啟堂刻本，黃道周序言二
黃道周找到了當地一位藏書家，他與此人一番交談，使得那個人覺得黃道周今後肯定是一位大儒，於是就讓他隨便翻看自己的書，而黃在此人家把自己感興趣的書全部抄錄了下來，而後帶了回去。由這段話可知，他的運氣確實不錯，能夠有這樣愛惜讀書人的藏書家，還能被他遇得到，這才使得黃道周的眼界大為開闊。
可是這段記載顯然不如黃宗羲在《明儒學案》中的所言更讓人覺得神奇：“家貧，時時挾策遠遊，讀書羅浮山，山水暴漲，墜澗中，溯流而入，得遇異人，授以讀書之法，過目不忘。登天啟壬戌進士第，選庶吉士，散館補編修，即以終養歸。”
這裡也是說他因為家裡窮，但是卻擋不住黃道周努力讀書。可能是為了找到安靜的讀書環境，黃道周經常帶著書到山裡去閱讀。某天，下起了暴雨，山洪把他衝入了山澗中，沒想到他卻在某處遇到了神人，這個人教給了黃道周一種特殊的讀書方法，從此讓黃掌握了過目不忘的本領，所以他考中了進士，而後又在朝中為官。他是在38歲考中的進士，而在40歲時當上了翰林院編修，同時“充經筵展書官”，這個階段就表現出了他性格的剛烈，他的弟子洪恩在《黃子傳》中稱：“故事，必奉書膝行而進，黃子以講筵道尊，不宜有此，遂平步進。魏璫目攝之，不能難。”
按照那時的規定，給皇帝講書必須要跪在地上捧著書用膝蓋前行，但黃道周覺得既然講的是聖人的經典，就不能以這種姿式來給皇帝講課，所以他是以步行走到皇帝身邊。大太監魏忠賢用眼光制止他這種行為，但黃道周卻視而不見。他的這種做法當然在朝中難以混出名堂，兩年之後又連續遇到了他的父母去世，於是他就回籍守制了。
《明儒學案》中記錄的黃道周的一段經歷頗有名氣：“崇禎庚午，起原官。小人恨錢龍惕之定逆案，借袁崇煥邊事以陷之，下獄論死。先生抗疏頌冤，詔鐫三級。陛辭，因言《易》數，皇上御極之元，當《師卦》上六，‘開國承家，小人勿用’，以諷首輔溫體仁，削籍為民。”
《廣名將傳》清道光咸豐間海山仙館刻《海山仙館叢書》本，黃道周序言一
《廣名將傳》清道光咸豐間海山仙館刻《海山仙館叢書》本，黃道周序言二
到了崇禎年間，黃道周又被朝廷召回，沒過多久，他就趕上了朝中的小人借袁崇煥之事來陷害錢龍惕，黃道周上書為錢龍惕辯汙，皇帝把黃道周的官級連降三級，然而黃道周卻在寫給皇帝的奏摺中用《易》數算了一卦，勸皇帝不要用身邊的小人，以此來諷刺宰相溫體仁。皇帝一生氣，就免去了黃道周所有的官職，同時把他趕回了家。
然而張學智在文中卻認為這是兩件事：“四十六歲，起原官，主考浙江鄉試，心甚敬謹，不敢有絲毫不慎，生怕錯失人才。《黃子年譜》記：‘子在棘闈，每晨起，焚香堂上，同諸臣北面再拜，而後閱卷。’本年，督師袁崇煥遭崇禎帝疑忌被捕，因殺毛文龍事牽出大學士錢龍惕，下詔獄論死。黃道周上疏為錢龍惕辯冤，被崇禎帝斥為詆譭曲庇，降三級呼叫。同官倪元璐稱道周為‘天下第一詞臣’。四十八歲，黃道周乞休回籍，上疏言事，剖白己之心懷，其中特別明言己之以儒家經學推算世運之學。”
由這段敘述可以推論出，黃道周因為錢龍惕的事情連降三級是他46歲時的事情，而他因為給皇帝上的奏摺被削職為民，則是黃道周48歲時，可見這中間有兩年之差。然而黃道周的這份奏摺也寫的確實有意思，他首先在折中稱：“臣自少學《易》，以天道為準，以《詩》、《春秋》推其運候，上下載籍二千四百年，考其治亂，百不一失。”（《黃道周年譜》）
黃道周說自己從小就研究《易經》，而後他用天道來推算，發現兩千四百年來所發生的盛世與衰世，都跟他推算的一模一樣。接下來，黃道周敘述了一大段他推算出來的結果，之後他的結論是：“臣觀陛下開承，應‘大君’之實，而小人柄用，懷幹進之心。在陛下，以大君之哲，可制小人而有餘；在小人，以幹命之才，可中大君而不覺。臣考自丁卯大雪至戊寅春分，凡十一年零七十七日，皆在《師》上六，‘勿用’之防，誠不可已！”（《黃道周年譜》）
原來這段話才是黃道周真正想說者。黃跟皇帝說：自從您登基之後，就有小人在身邊，但是以您的君子之風，完全可以控制這些小人，然而這些小人們卻仍然在暗地裡活動。他考察出在某個時段，皇帝必須要防備這些小人。對於黃道周的這番話，崇禎帝看後十分生氣，認為他這等於是指斥朝綱，於是把他削籍為民。
《陽明先生集要》十五卷，清乾隆五十二年濟美堂藏板本，黃道周序一
《陽明先生集要》十五卷，清乾隆五十二年濟美堂藏板本，黃道周序二
《陽明先生集要》十五卷，清乾隆五十二年濟美堂藏板本，黃道周序三
黃道周哪裡來的這種本領？這也跟他的經歷有關係。他在25歲時就寫出了對《易經》研究的成果——《易本象》八卷。由此可知，他物件數之學有過深入的探討。然而在他26歲時，有人向他請教“北極有處中天否？”等幾個天象問題，黃道周都回答不出，這讓他大感恥辱，於是他覺得做學問不能只靠讀書，必須要把書裡的學問跟實際情況相印證。
自此之後，他每天晚上都拿個小板凳坐在院子中觀察星象，這一坐就是兩年的時間，從此之後，他對星象之學有了深入的瞭解，這也就是他給皇帝的奏摺中說了那一番話的原因。對於黃道周的這個特能，張學智評價到：“以易數推驗歷朝盛衰、當代興亡，為黃道周甄採漢代卦氣說，邵雍的數學，加上他自己的體悟損益而成，是他學術的一大特色。”
其實不僅如此，黃道周還能用天象來推算曆代文運的盛衰：“漢唐而下，鬥分自贏趨縮，文章自盛趨衰，崔、蔡之文不及班、揚，韓、柳之文不及沈、宋。至元以來，鬥分自縮趨贏，文章自衰趨盛，陶、劉之縱而有徐、何，徐、何之繼有王、李。又先輩詩盛而制義未昌，今詩衰而制義始盛。”（黃景昉《黃道周志傳》）
他從漢唐時期推算起，認為從那個階段開始，文章就由盛轉衰，而後他舉出了幾位著名的文人；到了元代之後，他又說文章又從衰轉盛；到了明代，詩歌的創作衰落了下來，但考試的文章卻得以興盛。對於他這種推算的本領，《明史》中也予以了評價：“道周學貫古今，所至學者雲集。……精天文、歷數、《皇極》諸書，所著《易象正》、《三易洞璣》及《太函經》，學者窮年不能通其說，而道周用以推驗治亂。”
黃道周被削職為民後到處講學，在他52歲時又被朝廷起用，接下來又被人誣告關進了監獄中，他在監獄中受盡了酷刑，一年半後，被謫戍他地，而後又詔敕還職。到他60歲時，李自成打進了北京，崇禎帝上吊身亡。黃道周聞聽此訊，率領弟子們哭了三天，等到弘光朝建立，黃道周被任命為禮部尚書；隆武朝建立，黃道周任隸部尚書兼兵部尚書，同時任武英殿大學士。然而他卻與朝中的鄭芝龍不和，於是他主動請求出外帶兵。此後他召集了一班人馬，分兵三路去攻打清軍，失敗後被捕，他被押到了南京，對方百般勸降，他堅決不答應，絕食14天不死，於是被殺於南京，年62歲，因此黃道周是明末著名的英烈。
