至正二十八年，也就是洪武元年（1368）閏七月二十七日，徐達大敗知樞密院事伯顏帖木兒的元軍主力於通州，元順帝再也無力抵抗，除了出逃以外，別無選擇了。
次日，即閏七月二十八日夜晚，順帝攜奇皇后、太子愛猷識理達臘以及後宮、大臣等等，倉皇逃出大都，直奔上都。4天之後，也就是八月初二，徐達攻破齊化門。八月十五日，順帝抵達上都。
上圖元順帝
正如遊牧民族所建立的諸多王朝一樣，元朝採用了所謂“兩都制”的基本制度，即大都、上都共同作為元朝的政治中心。
元朝皇帝有所謂“納缽”的活動，即每年春夏時節從大都前往上都以避酷暑，秋冬時節再從上都返回大都以避嚴寒。當元朝皇帝離開大都之後，不僅后妃、太子、諸王需要跟隨出行，而且重要的官員大臣也必須隨行。由於皇帝不時還要在路上走走停停，打獵遊玩，這樣一支龐大的巡幸隊伍往往要在路上花掉20多天才能到達上都，一年大概有一個半月的時間都是在大都與上都之間的路途上度過的。
元順帝失守大都，逃往上都，是非常自然的選擇。
上都元上都鳥瞰
上都真正變成元代的兩都之一，是在忽必烈登上帝位以後的中統四年（1263）五月，忽必烈下詔宣佈開平府為都城，由此定名為上都。
上都到規模並不是很大，主體部分是宮城，為皇帝居住燕息之所。今天我們在內蒙古自治區正藍旗還可以看到當初元上都到遺址，雖然經過元末戰亂，至明代以後，這裡被明人改造成了駐軍的衛所，但我們還能夠從遺址依稀看到當時城郭街道和宮殿的臺基。
上圖元上都遺址
洪武二年（1369）六月十三日，順帝離開上都，逃奔應昌，即今內蒙古克什克騰旗西北。六月十七日，明軍攻克上都。六月二十日，抵達應昌，才收到上都陷落的訊息。
順帝本來就病得不輕，車馬勞頓之餘，心情上，再受打擊，病情一下子加重起來。洪武三年（1370），順帝朝廷記載的是至正三十年四月二十八日，元順帝在愁病交加中去世於應昌，享年51歲。
