永曆帝被吳三桂命人用弓弦勒死十一年後，吳三桂打著興明討虜的旗號起兵反清。為獲得前朝軍民的支援，吳三桂來到永曆墓前放聲痛哭，以致聲嘶力竭並多次癱倒在地。然而吳三桂的惺惺作態，並未獲得民眾支援。
永曆皇帝朱由榔，是南明的第四位皇帝，在位十六年。朱由榔在位時間雖不短，但大部分都用在了逃亡途中。隨著清軍的不斷南下，南明軍著節節敗退。大勢已去的朱由榔希望藉助天主教的力量，來助其對抗清軍。
早在永曆初期，南明就曾藉助葡萄牙的武器收復了不少的失地。當時為感謝西方教會的幫助，永曆的嫡母、皇后及太子都進行了洗禮。另外，還有近百名的嬪妃、太監和官員也都接受了西方教會的洗禮，除永曆外。
但儘管如此，也未能避免南明的覆滅。明將吳三桂投靠清軍後，一直致力於幫助清廷剿滅南明和起義軍勢力。在清軍和吳三桂的共同打擊下，永曆帝不得不疲於奔命。隨著孫可望的降清，南明政權更加難以立足。
李定國率軍西走後，永曆帝自亂陣腳，急忙命黔國公沐天波派人與緬方接洽。由於沐家世代為大明鎮守雲南，對緬朝廷相當熟悉。當時的緬方提出南明入緬的隊伍要全部解除武裝，慌不擇路的永曆帝滿口答應。
獲知訊息的李定國，急忙派人去接永曆帝，後被緬方殺害。當時沐天波建議永曆帝將太子留在邊界，但被皇后決絕。緬人在阿瓦城外用竹子給永曆建立十間草房，其餘人等自己想辦法解決。此間緬王一直拒絕見永曆帝。
兩年後，緬王弟弟發動政變成功篡位，開始大肆殘殺南明官員。在襲擊永曆皇帝等駐地時，遭到隨行人員奪刀還擊，沐天波等人悉數被殺害。而此時清軍不斷陳兵邊界，新緬王為了討好清廷，將永曆帝押送到吳三桂軍營。
據記載，當時永曆帝朝南而坐，吳三桂麾下的將領先後進來跪拜永曆。不久，吳三桂進入帳中，只是傲慢的作揖而已，根本沒正眼看永曆。永曆帝問：“你是誰？”吳三桂沉默不語，心中慚愧故作鎮定。
永曆帝再問，吳三桂急忙伏跪於地，永曆帝第三次問，吳三桂才報上名號。永曆帝斥責吳三桂說：“你不是漢人嗎？不是大明的臣子嗎？為何要叛國負君？你的良心能夠自安嗎？”吳三桂此時頭埋在地一聲不吭。
永曆嘆息的說道：“罷了，我本是北京人，想見十二陵而死，你可以做到嗎？”吳三桂答曰：我能做到。然後面如死灰，汗流浹背，被左右攙扶著出去，從此沒敢也沒臉再見永曆帝。死在京城是永曆唯一的要求。
永曆的這點要求並沒有被吳三桂滿足，吳三桂害怕押送永曆帝進京途中發生意外。於是建議清廷將永曆就地處決，清廷很快批准。據記載，在行刑前，吳三桂要求將永曆帝等人斬首，當時清軍將領愛星阿並不贊成。
愛星阿說：“永曆嘗為國君，今若斬首，未免太慘，仍當賜以自盡，始為得體”，將領卓羅也說：“一死而已，彼亦曾為君，全其首領可也。”於是永曆被抬到一小廟裡，吳三桂命人用弓弦將其勒死，南明滅亡。
隨後永曆的棺木被焚化於昆明北門外，第二天，清軍帶走大骨以作證據。當地百姓以出城上墳為由，將永曆為燒盡的小骨葬於太華山。十一年後，清廷決定撤藩，於是吳三桂誅殺雲南巡撫朱國治，起兵反清。
吳三桂打著“興明討虜”的旗幟，目的就是要獲得南明遺民的支援。在起兵當日，吳三桂向三軍將士高呼：“我們身為明人，世代為先朝子民，先朝沒有這樣的服飾，我即刻祭拜故主，理應易服前往。”
隨後吳三桂令三軍換上大明服飾，剪去辮子，而後前往永曆墓前祭拜。吳三桂長跪在永曆墓前，放聲痛哭，不停的訴說著自己的各種苦衷，聲嘶力竭，如喪考妣，還多次癱倒在地而不能起。不得不佩服吳三桂的演技。
但人們對吳三桂的惺惺作態的伎倆早是習以為常，對他叛國負君的可恥行為也是嗤之以鼻，根本無法獲得前朝志士的擁護和認可。起兵五年後，吳三桂因焦慮過重而在衡州病逝，享年六十七歲，僅做了五個多月的皇帝。
