要想搞清楚明朝的內閣和清朝的軍機處之間的區別，要從中國古代的宰相制度說起。
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從秦始皇的時代，確立了中央集權的專制皇權。皇帝是國家元首，但他不可能一個人就能治理整個國家，他需要完善的政府機構。而政府機構的最高官職，就是丞相，丞相是政府首腦。但是，作為專制皇權，總是渴望權力無限集中，而不能容忍任何對皇權的挑戰和侵奪。從漢朝建立以後，皇帝們總是在想著法兒地剝奪相權。在漢武帝的時期，甚至當丞相成了高風險的行業，漢武帝先後殺了五個丞相。但是，皇帝又不可能離開丞相一個人幹。於是一直到明朝初年，無論丞相制度如何變遷，都體現了皇權對相權的控制。但丞相制度始終存在著。
不過，到了明朝初年，朱元璋建立明朝後，起初也是沿襲了前代的制度，中央設立了左右丞相來作為皇帝的重要輔佐。但是在發生了丞相胡惟庸“謀反”案件之後，朱元璋大怒，下令廢除宰相制度，今後大明朝不再設立宰相，任何人膽敢提議設宰相，處以極刑。就這樣，明朝的專制集權達到了頂峰。朱元璋以皇帝而兼任丞相，要求各部門直接向皇帝本人負責。於是，朱元璋成了空前勞累的皇帝。他在拼命支撐了一段時間之後，終於受不了了，他需要找幫手。但是，他不想改變此前不設丞相的決定。他下令選擇了一些品級非常低的文人來幫助自己起草文書。這些人地位低，好控制。後來，到明成祖朱棣的時候，就逐漸演變成了明朝的內閣制度。
從明英宗以後，內閣制度逐漸成熟，內閣的權力也開始變大。內閣設大學士數人，到明嘉靖年間，內閣大學士的品級超過了六部尚書。內閣大學士中以一人為首，成為內閣首輔。到萬曆初年，張居正擔任內閣首輔的時候，內閣的權力就達到了頂峰，內閣大學士在很大程度上發揮了昔日丞相發揮的作用。
但是，內閣大學士並不是丞相。一則說，有朱元璋的祖制在，他們都沒有宰相之名。張居正的時代裡，他的政敵就曾經彈劾他以宰相自居。二則說，他們只是相當於皇帝的秘書，最終的決策權並不在他們這裡。各地的奏章送到中央之後，先由內閣草擬處理意見，成為票擬。然後送給皇帝，皇帝用紅顏色的筆來批覆是否按照內閣的意見來辦理，成為硃批。後來，一些皇帝比較懶惰，沒工夫去看奏章，乾脆讓自己身邊的宦官代替自己去批覆，於是，司禮監秉筆大太監就掌握了巨大的權力，比如魏忠賢等人。
清朝建立以後，在很大程度上繼承了明朝的制度，也包括內閣制度。到清康熙初年，內閣制度逐漸定型。乾隆十三年十二月初四（1749年1月22日），定內閣大學士以三殿三閣（保和殿、文華殿、武英殿、文淵閣、東閣、體仁閣）系銜，共四員，滿漢各二員。內閣大學士官居一品，從名義上位極人臣。但是，在清朝內閣的權力卻在逐漸降低。尤其是在雍正設立軍機處之後，內閣更成了擺設，只是負責處理政府日常公文，而沒有權力接觸到朝廷重要機要事務。不過，內閣始終沒有裁撤，一直到清朝末年，內閣一直都存在。而內閣大學士也成了極高的榮譽性職務，比如李鴻章擔任文華殿大學士二十多年，實際上李鴻章很少在北京，自然不會去實際過問內閣事務。
雍正初年，由於需要對西北用兵，雍正皇帝在隆宗門內設軍機房，協助皇帝處理緊急軍務。後來逐漸演變成了軍機處。軍機處設立軍機大臣數人，一般由朝中重臣兼任，其中資歷最深者稱為首席軍機大臣。軍機處起初僅處理軍務，後來其他重要事務也都其負責處理。我們前面說，內閣相當於皇帝的秘書。而軍機處則是相當於皇帝的機要秘書。重大事務都是皇帝哥幾個軍機大臣商議處理。經軍機處處理的事務，一般都不會公開，軍機大臣根據皇帝的意見草擬意見，皇帝紅筆改定之後，交軍機處發出，成為廷寄，直接發給具體辦事人員。而經過內閣發出的聖旨，都是不涉密的，都是可以公開的，稱為明發上諭。內閣大學士只有兼任軍機大臣，才會接觸到朝廷機密。比如李鴻章雖然擔任文華殿大學士二十多年，位極人臣。但他始終沒有兼任過軍機大臣，也就是說，李鴻章根本沒有進入清朝權力運作的核心層。
到了清朝末年，內外都在呼籲變革，最終1911年，清朝政府決定撤銷軍機處，改行責任內閣。原來的內閣和軍機處也就推出了歷史舞臺。
