維新運動在戊戌年春夏之交已經達到最高潮。
9月14日這一天和往常一樣，光緒皇帝在按先前的計劃在乾清宮召見北洋水師學堂總辦候補道嚴復及辦理其他事務之後，至頤和園樂壽堂向慈禧太后請安，並準備就懋勤殿等事務向慈禧太后當面請示。
密謀應對
幾天來被革職的禮部尚書懷塔布夫婦利用與總管內務府太監李蓮英的特殊關係，不停地向慈禧太后哭訴自己的委屈，並離間太后與光緒帝的關係，稱“皇上為左右熒惑，變亂朝政，求老佛爺作主”。而那些被懷塔布收買的大小太監們也可能因為新政的改革最終將侵害他們的利益，他們也隨著懷塔布在慈禧太后面前肆意詆譭由光緒皇帝主導的新政改革。
這在一定程度上影響了慈禧太后的判斷。光緒皇帝在向慈禧太后請安後，慈禧太后勸告他在人事處理上不可操之過急，不要將此輩老謬昏庸之大臣輕易罷黜，不要將那些年輕的漢人政治新銳提拔到政治高層，更不能改變大清王朝的既成體制，由這些所謂“通達英勇之人”去議政。
對於慈禧太后的指責與勸誡，光緒皇帝有些能夠接受，有些則不免進行了解釋與辯白，這反而激怒了太后。
在太后看來，光緒皇帝的態度正好驗證了幾天來懷塔布等人在她面前的那些離間。於是慈禧太后毫不客氣地批評光緒皇帝：“小子為左右熒惑，使祖宗之法自汝壞之，如祖宗何？”
太后的憤怒終於勾起了光緒帝的滿腹委屈，他邊哭邊向太后說：“時事至此，敵驕民困，不可不更張以救，祖宗在亦必自變法。臣寧變祖宗之法，不忍棄祖宗之民、失祖宗之地，為天下後人笑，而負祖宗及太后之付託也。”
兩人不歡而散。光緒皇帝根本無時間也無心情向太后提及與討論於內廷開懋勤殿的計劃，遂極其鬱悶地返回自己的住所玉瀾堂。
與慈禧太后發生言語衝突的當晚，光緒皇帝想了很多，也想得很苦。他雖然對太后的誤解感到委屈，但他依然認為太后是大清王朝的靠山，是中國政治的最後把握者，他期待重臣能夠從中斡旋，期待太后在明瞭真相後的諒解。
楊銳
正是懷著這樣一種心情，光緒皇帝第二天（9月15日）召見楊銳，與楊商討對策。楊銳表示：“此陛下家事，當與大臣謀之。臣人微言輕，徒取罪戾，無益也。”為了克服楊銳的恐懼，光緒皇帝特別向楊銳下達了一份密詔，以便楊銳將來因此而獲罪的時候能夠得到一定程度的解脫。
詔曰：“近來仰窺皇太后聖意，不願將法盡變，並不欲將此輩老謬昏庸之大臣罷黜，而登用英勇通達之人，令其議政，以為恐失人心。雖經朕累次降旨整飭，而並且有隨時幾諫之事，但聖意堅定，終恐無濟於事。即如十九日硃諭，皇太后已以為過重，故不得不徐圖之，此近來之實在為難情形也。朕亦豈不知中國積弱不振至於阽危，皆由此輩所誤。但必欲朕一早痛切降旨，將舊法盡變而盡黜此輩昏庸之人，則朕之權力，實有未足。果使如此，則朕位且不能保，何況其他？今朕問汝，可有何良策，俾舊法可以漸變，將老謬昏庸之大臣盡行罷黜，而登進英勇通達之人，令其議政？使中國轉危為安，化弱為強，而又不致有拂聖意？爾等與林旭、譚嗣同、劉光第及諸同志等妥速籌商，密繕封奏，由軍機大臣代遞，候朕熟思審處，再行辦理。朕實不勝緊急翹盼之至。特諭。”
這份密詔就是後來康有為所奉的“衣帶詔”的原本。從這份密詔可以看出：帝后的言語衝突，是那些被罷黜的“老謬昏庸”大臣在太后面前哭訴引起的，太后希望皇帝今後處理人事方面更加謹慎，不要動輒罷黜這些大臣，以免鬧得人心惶惶；慈禧太后指出提拔漢族出身的政治新銳要謹慎；光緒皇帝雖曾堅持己見，但太后以為這是政策的底線，不容討論；皇帝感到自己權力不足，如果一味堅持，帝位且不能保，也就談不上維新事業了；皇帝希望楊銳等軍機四章京籌商一個辦法，既能繼續維新事業，又不拂逆太后的旨意。
有了光緒皇帝的密詔，楊銳提出四點建議供皇上參考：
第一，重建皇權中心的權威與秩序，由慈禧太后鄭重其事地舉行一次授權儀式，親挈天下以授之皇上。而皇上應該確認太后在政治決策中的至上地位，同意太后擁有政治決策的最終否決權，“應宜遇事將順，行不去處，不宜固執己意”。
第二，建議對所有將要進行的改革方案通盤考慮，宜有先後次第。
第三，建議在新政推行期間“進退大臣不宜太驟”，以免在政治上引起不必要的糾紛與反彈。
第四，鑑於帝后衝突的原因都是偏信了康有為的意見，楊銳建議光緒皇帝一定要儘快與康有為脫離關係，否則禍患不得平息。楊銳的原話是：“康不得去，禍不得息。”
退朝後的楊銳急邀與自己關係比較密切的同僚林旭交換看法，對於林旭過於聽信康有為的偏激主張提出了批評，“責林甚切”，林旭“默然無聲”，似乎同意楊銳的判斷與建議。
愛新覺羅·載湉
9月17日上午，光緒皇帝在頤和園召見林旭。關於這次召見的詳細情況史料缺載。不過，這次召見確實為後來康有為等人的行動提供了一個明顯的助動力，那就是在光緒皇帝召見林旭之後，清廷極端反常地“明降諭旨”，責成康有為迅速出京，不得遷延觀望，將楊銳的“去康”建議具體落實。
林旭退朝之後即趕到康有為居住的寓所通報情況，不料康有為外出未歸，林旭遂留下一張便條離去，告訴康有要事通報，明早再來。
第二天一大早，林旭如約拜訪康有為，向他通報了自己昨天面見光緒皇帝的情況，並口述光緒皇帝的口諭如下：“朕今命汝督辦官報，實有不得已之苦衷，非楮墨所能罄也。汝可速外出，不可延遲。汝一片忠愛熱腸，朕所深悉。其愛惜身體，善自調攝，將來更效馳驅，朕有厚望焉。特諭。”
林旭作為唯一在昨天與光緒皇帝見過面的直接當事人的轉述引起了康有為的高度關切，他肯定覺得這件事太不同尋常了，清政府既然以光緒皇帝的名義明降了諭旨，何以又讓林旭面傳口諭呢？朝廷究竟發生了什麼事？難道光緒皇帝已經被以慈禧太后為首的守舊派所控制而不得自由了嗎？
他一面草密摺謝恩表示要“誓死救皇上”，請林旭覆命，並奏報自己肯定將在第二天啟程赴上海督辦官報；一面招來譚嗣同、梁啟超、徐仁鏡、徐仁錄及乃弟康廣仁以及袁世凱的重要幕僚徐世昌等一起商量應對之策。
康有為憑記憶向他們轉述了光緒皇帝先後向楊銳及林旭頒佈的兩道密詔，認為光緒皇帝主導的新政已經在以慈禧太后為首的守舊勢力的反撲下徹底失敗了。與會者抱頭痛哭。激於義憤，他們決心不惜犧牲自己去拯救皇上，並由此將他們心目中的慈禧太后由先前的守舊勢力頭目設想為真正的敵人，討論的結果是儘快準備武力或設法動用清朝已有的軍隊解決問題。
對和平變革步履維艱早就不耐煩的康有為很早就期待軍事解決問題。先是，隨著九月天津閱兵日期的日趨迫近，各種政治傳聞層出不窮，他愈益擔心守舊勢力可能會借天津閱兵的機會除掉光緒皇帝，擁戴慈禧太后重新出山。
至光緒皇帝下決心開懋勤殿徵用通達時務之士以議新政的時候，康有為連日草擬一份極端重要的奏摺，建議光緒皇帝仿日本的軍事體制，建立屬於自己統帥的參謀本部；將光緒二十四年改為“維新元年”，以新天下耳目；又建議光緒皇帝“變衣服而易舊黨心志”；請光緒皇帝遷都上海。光緒皇帝被康有為這些見解所吸引，“上皆然之”。
康有為
掌握軍隊需要相當的時間，這一點康有為和他的追隨者都很清楚。政治局勢的日趨危機迫使康有為等人作出極端冒險的決策。他們一方面繼續設法拉攏袁世凱或其他軍隊領導人，還利用會黨進行軍事冒險。
按照康有為等人的計劃，只要他們能夠調集一批綠林好漢，由這批綠林好漢出面發難，劫制慈禧太后，迫使慈禧同意放權或放手讓光緒皇帝進行政治改革，這樣他們的新政計劃就可以繼續進行。
一旦被劫制的慈禧太后拒絕合作、不願放權或不願放手讓光緒皇帝進行政治改革，他們就可以將慈禧太后廢黜。
康有為的這些計劃得到了譚嗣同等人的迴應。
遊說袁世凱
康有為認為，在清軍已有的將帥之中，袁世凱夙駐高麗，知外國事，講變法，過去也曾附和他一起辦過強學會，知其與董福祥、聶士成等一介武夫迥異。
思想上的契合，使康有為覺得袁世凱是最理想的人選，所以早在新政開始之初，他就有意識地派徐致靖的侄子徐仁錄與袁世凱進行聯絡，以期將來在軍事方面有所憑藉。
9月11日，康有為代署禮部右侍郎徐致靖草擬了一份保薦袁世凱的密摺，盛讚袁世凱家世將門，深嫻軍旅，於近代西方各國兵制及中國現在應行內政外交諸政策，無不深觀有得，動中機宜。由袁世凱負責訓練的新軍不僅在中國諸軍中出類拔萃，而且獲得了諸如俄國、日本一些軍人將領的讚賞。
光緒皇帝在閱讀了這份保薦奏摺之後命令：“電寄榮祿，著傳知袁世凱即行來京陛見。”並且他下令按程式將徐致靖的這份保薦書“恭呈慈覽”。
9月16日黎明時分，光緒皇帝在頤和園毓蘭堂召見袁世凱，垂詢軍事方面的問題甚詳。袁世凱均據實回答。當天的召見本身沒有多少內容，君臣之間的對話也沒有什麼出彩的地方，原本對此次召見甚有期待的袁世凱頗感失望，他在退下之後即奏曰：“九月有巡幸大典，督臣榮祿飭臣督率修理操場，並先期商演陣圖，亟須回津料理。倘無垂詢事件，即請訓。”
光緒皇帝就此傳下話來，囑袁世凱待四日後請訓，不會耽擱天津方面的事務等。隨後，光結皇帝任命袁世凱為侍郎候補，專責訓練新式軍隊。
第二天一大早，袁世凱來到頤和園謝恩，當面向光緒皇帝表示自己無寸尺之功，受破格之賞，慚怵萬狀。光緒皇帝笑著說：“人人都說你練的兵、辦的學堂甚好，此後可與榮祿各辦各事。”
9月18日晚，袁世凱因接到回防天津小站的命令，正在準備請求提前請訓的奏摺時，譚嗣同在夜幕沉沉中匆匆前來拜訪。譚嗣同首先對袁世凱的提升表示祝賀，緊接著就告訴袁有密語相告。
袁世凱告訴譚嗣同，因為剛剛收到天津方面的電報，得知英國兵艦數艘在大沽口海面遊弋，正在準備具折次日請訓，請訓後即迴天津。聽了袁世凱的說明，譚嗣同引入正題道：“外侮不足憂，大可憂者，內患耳。”世凱急詢其故，嗣同乃雲：“公受此破格特恩，必將有以圖報，上方有大難，非公莫能救。”
袁世凱聞言失色，急忙向嗣同辯白道：“予世受國恩，本應力圖報稱，況已身又受不次之賞，敢不肝腦塗地，圖報天恩，但不知難在何處？”
袁世凱
譚嗣同於是直截了當地告訴袁世凱，根據他們所獲得的情報，榮祿最近向慈禧太后獻策，將廢立弒君。袁世凱表示願聞其詳。譚嗣同遂出一草稿，如名片式，內有關於榮祿“謀廢立弒君，大逆不道，若不速除，上位不能保，即性命亦不能保。袁世凱初五請訓，請面付硃諭一道，令其帶本部兵赴津，見榮某，出硃諭宣讀，立即正法。即以袁某代為直督，傳諭僚屬，張掛告示，佈告榮某大逆罪狀，即封禁電報局、鐵路，迅速載袁某部兵入京，派一半圍頤和園，一半守宮，大事可定。如不聽臣策，即死在上前……”
譚嗣同還自信地告訴袁世凱：“我僱好漢數十人，並電湖南召集好許多人，不日可到，去此老朽，在我而已，無須用公。但要公以二事：誅榮某、圍頤和園耳。如不許我，即死在公前。公之性命在我手，我之性命亦在公手。今晚必須定議，我即詣宮請旨辦理。”
袁世凱看到譚嗣同的“腰間衣襟高起，似有兇器”，於是知道譚嗣同不從他這裡得到準確的回答決不會輕易離開，稍加考慮，告訴譚嗣同：皇上“九月即將巡幸天津，待至伊時軍隊鹹集，皇上下一寸紙條，誰敢不遵，又何事不成？”譚嗣同對曰：“等不到九月即將廢弒，勢甚迫急。”袁世凱道：“既有上巡幸之命，必不至遽有意外，必須至下月方可萬全。”譚曰：“如九月不出巡幸，將奈之何？”袁曰：“現已預備妥當，計費數十萬金，我可請榮相力請慈聖，必將出巡，保可不至中止，此事在我，你可放心。”譚雲：“報君恩，救君難，立奇功大業，天下事入公掌握，在於公；如貪圖富貴，告變封侯，害及天子，亦在公；惟公自裁。”袁世凱聞言而怒，信誓旦旦地告訴譚嗣同：“你以我為何如人？我三世受國恩深，斷不至喪心病狂，貽誤大局，但能有益於君國，必當死生以之。”譚嗣同說：“自古非流血不能變法，必須將一群老朽全行殺去，始可辦事。”
譚嗣同離開之後，袁世凱的心情無論如何也難以平靜。他反覆籌思，如痴如病，原準備天亮前遞折請訓然後提前一天返回天津的計劃也只好告吹。
9月20日晨，袁世凱按照原先的計劃赴宮中請訓，請訓之後，袁世凱回到天津，即赴總督府向榮祿彙報北京之行，略述內情。因有人來談其他事務，袁世凱約明日再來詳談。
第二天一大早，榮祿迫不及待地“枉顧”世凱處詳談一切。袁世凱比較如實地向榮祿描述了譚嗣同夜訪的全過程以及自己的看法。由於譚嗣同夜訪的主題是殺榮祿、圍頤和園，所以袁世凱在描述的過程中，重申這只是譚嗣同、康有為等“群小結黨煸惑”，並不代表光緒皇帝的意思，甚至可以有把握地說，光緒皇帝對於這些陰謀並不知曉。
對於譚嗣同的這些指控，素來沉著的榮祿大驚失色，大呼冤枉：“榮某若有絲毫犯上心，天必誅我。近來屢有人來津通告內情，但不及今談之詳。”袁世凱也向榮祿明確表示：所謂殺榮祿、圍謀顧和園的計劃“與皇上毫無干涉，如累及上位，我唯有仰藥而死耳”。
榮祿、袁世凱籌思良久，迄無善策。不料至傍晚，卻從北京傳來有關慈禧太后重新訓政、康有為革職以及緝拿康廣仁等方面的電報。也就是說尚未待袁世凱、榮祿動手，北京方面已由慈禧太后為主導，成功地控制住了局勢。
伊藤博文來華
9月11日上午，伊藤博文一行抵達塘沽；14日，抵達北京。伊藤博文在中國最敏感的時間訪華，伊藤博文的此次中國之行不可能不帶有政治目的。
喬治·厄內斯特·莫理循
他在晉見光緒皇帝之前曾與正在北京的英國記者莫理循有過一次長時間的談話，據莫理循的印象，“伊藤訪華的目的可能還沒有人知道”。根據莫里循的記憶，伊藤博文向他談了至少兩個方面的問題，一是中國的內政即正在進行的維新運動，二是日本與中國聯盟的可能。
在北京，伊藤博文拜訪了慶親王奕劻及總理衙門大臣崇禮、廖壽恆、張蔭桓等。談話涉及中國維新事業的程序。
康有為雖然不相信兩宮的矛盾還有調和的餘地，但李提摩太的告誡也不能不引起他的注意。所以，他此時除與其門徒積極地準備以武力手段解決問題外，也參照李氏的建議，尋求調和兩宮矛盾的方法與途徑。
第二天午後，康有為專程拜訪伊藤博文，兩人進行了長達三個小時的談話，其基調就是請伊藤出面說服慈禧太后支援改革。
伊藤表示有機會謁見太后時，當盡忠告。伊藤博文的友好態度給予康有為心理上極大的滿足，他不禁當面稱頌伊藤曰：“君侯能為太后逐一言此，則一席話足救我中國四萬萬人，豈惟敝邦幸福，東方局面，地球轉運，實系在君侯焉！”伊藤也不禁誇讚康氏謂：“公等赤心，僕所敬必以盡心於敝邦者，移以盡忠於貴國也。”
伊藤博文出於禮貌與同情答應了康有為的一系列請求，但伊藤內心恐怕已經相當清楚，他可能沒有時間或者說沒有機會拜謁中國的實際最高領導人慈禧太后，所以他的這些答應並沒有多少實在意義。
9月20日上午11時許，伊藤博文如約來到勤政殿拜謁光緒皇帝。從日本方面隨行人員公佈的記載看，二人對話主要是禮節性內容，大體上是外臣覲見禮節、外交辭令，實質性對話比較簡單。
伊藤博文
由於伊藤博文特殊的身份與背景，加上那時傳媒業不是太發達，他的活動被蒙上了一層神秘的色彩。京城內外傳言四起，或雲伊藤博文將於某日被皇上召見，伊藤將向皇上呈遞改革的條陳；或有京朝大小官員連日上奏請朝廷聘請伊藤博文為中國政府顧問；更有傳言稱慶親王奕劻與端王等一起趕赴頤和園，哭請慈禧太后訓政，以防止皇上擅自做主聘請伊藤為中國政府的顧問，到那時，恐怕大清王朝“不復為太后有矣”！
這些傳言雖然沒有多少真實的根據，但在當時已經極度緊張的政治氣氛下，肯定會對時局的演變產生不同程度的影響。
楊崇伊後來據此奏請慈禧太后重新訓政，或許都與這些傳言有著密切的因果關聯。
康有為倉皇出逃
譚嗣同夜訪袁世凱的可能性結果，康有為等人早已料到。所以當譚嗣同前往袁世凱的住所詳談的時候，康有為已做好了最壞的準備。
這天晚上，他在南海會館“盡卻客”，收拾自己的行裝及書籍文稿，一且訊息證實，即按照光緒皇帝的諭旨所指示的那樣，離京出走，趕赴上海。
當天夜裡12時左右（子刻），內城門開，他遂與楊深秀等人分手，入城至金頂廟容閎的寓所，與當晚早些時候就已到達這裡等候譚嗣同訊息的梁啟超會面。
等了3個小時左右，深夜3時許（也即9月19日凌晨3時許），與袁世凱長談而並沒有獲得實際結果的譚嗣同按照原先的約定來到金頂廟容閎的寓所，向康有為梁啟超及容閎通報與袁世凱談話的情況。
譚嗣同的判斷不太樂觀，他們得出的一個共同結論是袁世凱不可能“舉兵扶上，清君側”。雖然這一結果也在他們的預料之中，然而一旦被證實還是不免令人失望。康有為決計按照先前已確定的計劃，儘早離開京城，趕赴上海，另想辦法。
9月19日晚，翰林院侍讀黃紹箕為康有為設宴餞行。席間，他們互相通報了相關情況。黃紹箕告訴康有為，據他所得到的訊息（其實都不過是傳言），現在局勢非常危險，直隸總督兼北洋大臣榮祿對康有為非常惱火，估計榮祿可能會採取非常措施加害於康先生。
為了康的安全，黃建議康易西服出京，直奔山東，不要經過榮祿的轄地天津；或易僧服避入蒙古。黃紹箕似乎相信，康有為只要躲過了榮祿的捕殺，就沒有大的危險。黃紹箕的資訊與建議當然同樣引起了康有為的重視，這更促使他必須儘快離開北京這個是非之地。
林旭
餞行宴後，康有為鬱鬱寡歡地回到了南海會館。不一會兒，林旭來談。林旭告訴康有為，據他所知道的訊息，英國與俄國今天已經開仗，今天晚上慈禧太后也突然提前從頤和園返回宮中。
這一新的變化自然引起康有為的注意，他又開始僥倖地認為，外交危機的突然到來，或許能夠緩解國內的政治衝突。他覺得慈禧太后等那些守舊勢力無論怎樣痛恨他們這些維新派，也不會在外交危機的嚴重關頭髮動政變，於是“稍為安心”，對於已經確定的離京出走計劃又表示了猶豫。
在弟子門生的強烈要求下，康有為同意留下樑啟超、康廣仁等人繼續在京城“謀救”皇上，他個人於9月20日天未明時淒涼離京出走。
新政終結
9月18日，掌廣西道監察御史楊崇伊上奏摺，懇請慈禧太后“即日訓政”。秦折所列舉的幾點理由主要有：
其一，文廷式創設大同學會，“外奉廣東叛民孫文為主，內奉康有為為主”；其二，康有為與其弟康廣仁、梁啟超來京講學，“將以煽動天下之士心”，“兩月以來，變更成法，斥逐老臣，藉口言路之開，以位置黨羽”；最重要的是其三，指責光緒皇帝聽信康有為等人的蠱惑宣傳，企圖引用東洋故相伊藤博文。
奏摺稱：“風聞東洋故相伊藤博文即日到京，將專政柄。臣雖得自傳聞，其應如響。伊藤果用，則祖宗所傳之天下，不啻拱手讓人。”這份奏摺顯然使慈禧太后深感不安。
據記載，慈禧太后“原定初六日還宮，皇上於初三日代傳懿旨，忽於初三日酉刻進城，諸務倉促未備。所以匆匆還宮者，為監視皇上見伊藤也。”可見，慈禧太后臨時改變計劃，提前自頤和園回宮，趕在光緒帝接見伊藤時在屏後監視政情是很緊張的。難怪光緒帝與伊藤的會見外交辭令式的客套居多會見程式行禮如儀。
慈禧太后於9月19日夜提前還宮，表明她完全接受了楊崇伊奏摺，決心恢復“訓政”。20日中午，她在屏內監視了光緒帝與伊藤博文的會見。在迫使光緒帝接受“訓政”後，21日一大早，慈禧太后返回頤和園。
同日，她以皇帝名義釋出兩道諭旨：
一、工部候補主事康有為結黨營私，誘言亂政，屢經被人參奏，著革職。並其弟康廣仁，均著步軍統領衙門拿交刑部按律治罪。
二、現在國事艱難，庶務待理。朕勤勞宵旰，日綜萬機，兢業之餘，時虞叢脞。恭溯同治年間以來，慈禧端佑康頤昭豫莊誠壽恭欽獻崇熙皇太后兩次垂簾聽政，辦理朝政，宏濟時艱，無不盡美盡善。因念宗社為重，再三籲懇慈恩訓政。仰蒙俯如所請，此乃天下臣民之福。由今日始，在便殿辦事。本月初八日，朕率諸王大臣在勤政殿行禮。一切應行禮儀，著各該衙門敬謹預備。
遵照清廷的決定，步軍統領衙門於同一天早上派緹騎數百人分別包圍了南海會館及張蔭桓的官邸，抓到了康有為的弟弟康廣仁及康有為的門人並僕人等多人，並查獲康有為收到的書函百餘封、門簿一本等檔案。
同日晚，楊崇伊把慈禧“訓政”的訊息帶到直隸總督榮祿處，並在天津獲悉了袁世凱所述譚嗣同有謀圍圓明園、劫制皇太后的密謀，次日，趕回北京，把訊息捅給了慶親王奕劻。奕劻立即報給了慈禧太后。
當慈禧太后得知審訊康廣仁的報告後火速趕回宮中，據說抵達宮中的時候已在21日深夜或22日凌晨時分。返回宮中的慈禧太后立即在便殿召集緊急會議，慶王、端王、軍機御前大臣跪於案右，光緒皇帝跪於案左，慈禧太后並設朱杖於座前，疾聲厲色責問皇上：“天下者，祖宗之天下也，汝何敢任意妄為？諸臣者，皆我多年曆選，留以輔汝，汝何敢任意不用？乃竟敢聽信叛逆蠱惑，變亂典型。何物康有為，能勝於我選用之人？康有為之法，能勝於祖宗所立之法？汝何昏聵，不肖乃爾！”
聽了太后的指責，光緒皇帝戰慄對曰：“是固自己糊塗，洋人逼迫太急，欲儲存國脈，通融試用西法，並不敢聽信康有為之法也。”太后聞言厲聲怒曰：“難道祖宗不如西法，鬼子反重於祖宗乎？康有為叛逆，圖謀於我，汝不知乎？尚敢迴護也！”太后復厲聲問：“汝知之乎，抑同謀乎？光緒皇帝戰慄對曰：“知道。”太后曰：“既知道還不正法，反要放走？”皇上即雲：“拿殺。”
清廷立即決定，一是電寄直隸總督兼北洋大臣榮祿及上海道蔡鈞等，著榮祿於天津火車站及塘沽一帶嚴密查拿康有為行蹤，若康有為從天津逃走，著蔡鈞等在康抵達上海時立即抓捕，務必不要讓其避匿租界；二是責成步軍統領衙門加強對紫禁城、西苑及頤和園三處的警衛力量，嚴防康黨門徒狗急跳牆，藉機生事。
葉赫那拉·杏貞
9月23日晨，慈禧太后在勤政殿舉行重新訓政的正式典禮，接受光緒皇帝及百官的恭賀。典禮畢，慈禧太后復於便殿召叢集臣繼續審問光緒皇帝，並將所查抄皇上書房中及康有為寓中奏章、說帖等件，逐條審訊，以諸臣質之。
內有楊銳、林旭述光緒皇帝催康有為迅速出京之函，慈禧太后大怒，問皇上，皇上不敢認，推託為楊銳的意思。其實，慈禧太后此時已經從榮祿那裡獲知袁世凱的報告，對康有為、譚嗣同的密謀已有大概的瞭解，但她似乎還不知道此事與光緒皇帝是否真的有牽連，所以她問皇上康有為的這一計劃究竟是什麼意思。
康有為的謀圍頤和園、劫制皇太后的計劃，其實根本就沒有明白告訴過光緒皇帝，因此光緒皇帝也就很難說出康計劃的真實企圖，只得將此計劃的責任推到康有為一人頭上。
這實際上意味著光緒皇帝的立場正在發生急劇轉變。24日，上諭宣佈張蔭桓、徐致靖、楊深秀、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第等先行革職。至此，戊戌年間以康有為“謀反”罪名而受牽連人員已增加至十人左右。
軍機四章京的被捕，特別是光緒皇帝最為信賴的大臣張蔭桓的下獄，實際上勢必追究光緒皇帝的責任。
在這種情況下，光緒皇帝在事實上也已經無法正常工作。然而傳統中國的政治體制是國不可一日無主，在沒有確鑿的證據證明光緒皇帝領導或指使康有為等人謀反弒後的情況下，慈禧太后也無法罷黜光緒皇帝的地位，也無法很快找到個能夠替代光緒皇帝的人。
因此光緒皇帝既不能引咎辭職，也無法處理朝政。9月25日，皇帝表示：“自四月以來，屢有不適，調治日久，尚無大效。京外如有精通醫理之人，即著內外臣工切實保薦候旨。其現在外省者，即日馳送來京，勿稍延緩。”顯然，光緒皇帝借身體有病為由，檢討新政開展以來的作為，帶有自責之意。
此後，在慈禧太后的主持下，為穩定大局採取了一系列措施：
第一，嚴懲與康有為案有關人員。9月29日，公佈了康有為罪行，宣佈處死康廣仁、楊深秀、譚嗣同、林旭、楊銳、劉光第等六人，史稱“戊戌六君子”。
第二，任命、調動中央和地方政府要員，組成新的負責機構。除榮祿、徐用儀的任命外，又調啟秀為禮部尚書，趙舒翹為刑部尚書，裕德為理藩院尚書；任命前革職官員懷塔布為都察院左都御史兼總管內務府大臣，賞袁昶在總理衙門行走等。一些地方官員也相應作了調配。
第三，撤銷新政期間的若干舉措。首先恢復先前一度下令裁撒的詹事府、通政司、大理寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺等衙門，裁撤《時務官報》，廢止士民上書。
京師大學堂
除京師大學堂繼續興辦外，其他新政事業大多廢止。慈禧太后還頒發懿旨，規定鄉會試及歲科考等悉照舊制，仍以四書文、試帖、經文、策問等項分別考試；經濟特科，易茲流弊，即行停罷。
第四，實施加強社會控制的措施。首先宣佈康有為“學術乖謬，大背聖教。其所著作，無非惑世誣民、離經叛道之言”，命令將康有為所有書籍板片，由地方官嚴查銷燬，“以息邪說而正人心”。
湖南是新政最為活躍的地方，清廷特別對湖南採取措施，命令張之洞執行：“湖南省城新設南學會、保衛局等名目，跡近植黨，應即一併裁撤；會中所有學約、界說、札記、答問等書，一律銷燬，以絕根株。”
對於報館，重申嚴禁：“近聞天津、上海、漢口各處，仍復報館林立，肆口逞說，妄造謠言，感世誣民，罔知順忌，亟應設法禁止。”認為報館主筆都是斯文敗類，不顧廉恥，各地地方官要嚴行訪拿，，從重懲治，“以息邪說而靖人心”。對於維新時期的各地學會，也命令禁止。
第五，停止閱兵，加強練兵。為了防止萬一，在處死譚嗣同等六人後，清政府又明令停止原計劃於10月在天津的閱操。懿旨強調，現在時事艱難，以練兵為第一要務，特別任命榮祿為欽差大臣，節制提督宋慶所部毅軍、提督董福祥所部甘軍、提督聶士成所部武毅軍、候補侍郎袁世凱所部新建陸軍，以及北洋各軍，統一事權，認真督練，俾使各軍悉成勁旅。
慈禧太后出園訓政，光緒皇帝養病，康有為、梁啟超出逃，戊戌六君子被殺，榮祿調任中央主持政府日常事務，新政期間的新生事物，除了保持京師大學堂外，其他大多復舊。
慈禧太后說：“我朝聖聖相承，憲度修明，盡美盡善。至於厚澤深仁，難以列舉。”大體上，整個社會運轉和政治操作，恢復舊時模樣。
此舉標誌著轟轟烈烈的百日維新運動徹底結束，中國在沉悶與失望中結束了光緒二十四年（1898年）。
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