“秋案”引起了輿論大譁，清政府考慮到民情鼎沸，不久將貴福調任安徽寧國知府。皖人知其惡行後，一致抵制拒絕他到任，貴福最終也落了個
潦倒終生的下場。貴福一走，風聲漸趨平息，秋瑾兄秋譽章，即僱人偷偷地把秋瑾靈柩遷移到水偏門外的嚴家潭一專門停放棺材的小屋暫殯，人家問起來，還不敢直說，含糊其辭回答，也沒有做到“入土為安”。
第二年（1908年）正月，秋瑾摯友吳芝英、徐寄塵兩人，在杭州西湖為秋瑾建墓。早在1906年秋，秋瑾與徐寄塵同遊西湖，看到西湖美麗的湖光山色曾戲言相約，死後要葬在西湖，由後死者負責。把秋瑾葬在西湖是她們實踐諾言的傷心佳話。吳、徐兩女士，都與秋瑾是志同道合的辛亥女傑，吳是書法家，徐是詩人，都是才氣逼人。墓成，墓碑由吳芝英自書，初題為“山陰女士秋瑾之墓”，等到墓碑刻好，覺得用詞溫和，無法體現秋瑾的英氣與風骨，棄之不用，改書為“嗚呼鑑湖女俠秋瑾之墓”。由徐寄塵撰寫墓誌銘《鑑湖女俠秋君墓表》，亦由吳氏書之，石印成冊，分贈親朋好友。其事、其文、其書當時被譽為“三絕”。
本來是“入土為安”，以為先烈可以安息於西子湖畔了，誰知又起軒然大波。秋瑾魂歸西湖之舉各媒體大肆宣傳，刺激了滿清當局的神經，“匪首”之墓，豈能如此？於是有個滿人御史叫常徽的奏請平墳，並通緝吳、徐兩人。幾經周折，吳芝英他們找到了兩江總督端方。端方是個金石收藏迷，吳芝英賄以稀世之拓碑板數種，價值鉅萬。端方受賄後大喜，為平墳之事奔走，結果是墓雖未被平毀，但必需速速遷葬。無奈，其兄又把烈士遺骸遷回紹興，仍暫厝在嚴家潭小屋。
宣統元年（1909年）八月，湖南湘潭王家，即秋瑾夫家來人，要求把秋瑾靈柩遷回湖南，與丈夫合葬。當時秋瑾兄長為謀生外出未歸，弟弟年幼無知，其嫂聽說是夫妻合葬，也就同意遷去湖南。但是秋瑾的棺材材質粗劣，恐怕經不起長途顛簸，於是就訂購了一付十分巨大的棺材，套在原靈柩的外面，這罕見的棺中棺，可保途中無虞。一切準備停當，忽然傳來其兄客死天津的凶信，因料理後事，秋瑾遺骸遷移湖南之事一直耽擱到九月中旬才扶柩起程。棺柩被輾轉運回湖南後，葬在株洲白馬壠大沖王家老屋舊宅的後山，墓碑題為“先母王門秋氏旋卿孺人之墓，子沅德立”。
辛亥革命後，浙江當局為了表彰烈士，根據地方士紳之請求，派員前去湖南湘潭，秋瑾妹
珮卿一併隨行。誰知湖南王家以遷墓要驚動先靈為由予以拒絕；湖南的部分同盟會員也提議將秋瑾靈柩安葬在嶽麓山上。
浙江方面去的人則認為“葉落歸根”，秋瑾以歸葬故鄉為宜。爭論比較激烈，幾經協商，最後是
珮卿說服了秋瑾的兒子沅德，雙方意見才一致，於是開穴，把秋瑾遺骸再遷回西湖。三尺桐棺，幾經遷徙，終於“定居”在西子湖畔。官府還把秋瑾墓旁的劉典祠沒收後改名為“鑑湖女俠祠”（劉典，湘人，左宗棠部下，官至廣東巡撫，死後建祠在西湖）。後來關於“鑑湖女俠祠”與秋瑾的墓地，與劉氏後人又有一番糾葛，全賴吳芝英等據理力爭得以保全。
解放後，在1964年的“破舊立新”運動中，秋瑾墓不幸被毀，幸有園林局陳姓技術員設法儲存了遺骸。遺骸被放在陶罐內，另葬於雞籠山馬坡嶺。
1981年9月在鄧穎超等的指示下，秋瑾墓得以重建。重建後的秋瑾墓，碑座正面鐫刻著孫中山先生為秋瑾烈士親筆書寫的“巾幗英雄”題詞，背面鑲嵌著當年經徐寄塵冒險保護和後來拆除秋瑾墓時由園林部門保管的《鑑湖女俠秋君墓表》。碑座上是漢白玉製成的秋瑾塑像，碑座底下的墓穴內，安放著烈士遺骸，落葬時還隨葬了一方硯臺。
女俠生前為國為民奔波呼號，俠骨丹心，英勇獻身；死後遺骸遷徙數頻，顛沛流離，令人感慨！我等後人，惟以“勿忘鑑湖女俠之遺風”共勉以告慰先烈英魂於地下。
