在諸部爭戰中，蒙古乞顏氏貴族鐵木真的勢力逐漸壯大。12世紀末至13世紀初，他先依靠克烈部首領王汗的支援，打敗蔑裡乞部，又相繼消滅了蒙古部內強大的主兒乞氏和泰赤烏氏貴族，擊潰以札答闌部首領札木合為首的各部貴族聯盟，乘勝滅塔塔兒，降服弘吉剌諸部。
1203年，又出奇兵攻滅王汗，盡取克烈部眾。這時，漠南汪古部首領也遣使獻降。1204年，鐵木真舉兵攻滅乃蠻太陽汗部，又先後兼併了蔑裡乞殘部和乃蠻不欲魯汗部，完成了蒙古高原的統一。
1206年，蒙古貴族在斡難河源舉行忽裡臺，奉鐵木真為大汗，尊號成吉思汗。成吉思汗將全蒙古遊牧民統一編組為數十個千戶（《元朝秘史》記載最初編組的千戶數為九十五個，但其中包括了一些後來組成的千戶），分授共同建國的貴戚、功臣，任命他們為千戶那顏，使其世襲管領，並劃定其牧地範圍。
千戶既是軍事組織單位，又是地方行政單位。成吉思汗又命大將木華黎為左手萬戶，統領東面直到哈剌溫只敦（今大興安嶺）的各千戶軍隊博爾術為右手萬戶，統領西面直到按台山的各千戶軍隊納牙阿為中軍萬戶。萬戶是最高統兵官。成吉思汗將原來的護衛軍擴充為一萬人，包括一千宿衛，一千箭筒士，八千散班，從各千戶、百戶、十戶那顏和白身人子弟中選身體健壯、有技能者充當。
護衛軍職責是保衛大汗金帳和跟隨大汗出征，平時分四隊輪番入值，因此總稱四怯薛，由“四傑”博爾術、博爾忽、木華黎、赤老溫四家子弟任四怯薛之長。大汗直接掌握這一支最強悍的軍隊，足以“制輕重之勢”，控御在外的諸王和那顏。
又設立了“治政刑”的札魯忽赤（斷事官）一職，掌管民戶分配和審斷案件，命養弟失吉忽禿忽擔任，這是蒙古國的最高行政官。
