從秦漢到南北朝這段時間內，但凡新舊王朝的更替都有一個習慣，繼任者都是滅人國，但不會絕人子嗣。項羽是個例外，項羽入咸陽後將子嬰等秦室宗親全部殺了，項羽這種做法並不是主流，大都數對前朝的宗親還是持寬容的態度的，比如劉邦，他就善待子嬰，就連項氏一族的人也得到了劉邦的優待；曹丕雖然廢了漢獻帝，但終究沒有加害於他，還娶了獻帝的兩個女兒；司馬炎上位後也沒殺曹氏的人。但這個習慣讓南朝宋國的劉裕打破了，劉裕不僅弄死了六位皇帝，更是對司馬氏一族的人趕盡殺絕。為什麼劉裕會一改常態要殺光前朝司馬氏的子嗣呢？
有一種說法是劉裕為了給漢室復仇才要殺光司馬氏。為什麼會有這種說法出現呢？漢獻帝被廢后，劉備在成都宣佈繼承漢室大統，登上了帝位，定國號為漢。後來，蜀漢被司馬昭所滅，所以很多漢室舊臣對司馬氏一族非常憎恨的，劉裕作為漢室後裔，殺司馬氏的人能夠安撫漢室殘餘勢力，又能收攏這些勢力的心。
事實上，這個說法是很牽強的。首先，漢王朝真正結束應該是在曹魏手上而不是司馬氏。其次，劉裕既然是漢氏後裔，為什麼稱帝后沒有像劉備那樣繼承漢室大統，宣佈漢朝復辟而是新開創了一個王朝——宋呢？況且從西晉到南朝也過去了很長時間，誰又能保證這麼多年來想要匡復漢室的人還如同東漢末年那般多呢？
那麼劉裕為什麼一定要殺光司馬氏的人呢？大概有以下三點原因。
第1，劉裕看到了篡晉自立者的下場。這個自立者便是桓玄，桓楚的建立者。桓玄的失敗有一部分是劉裕的功勞。劉裕帶著北府軍擊敗桓謙的軍隊讓桓玄帶著晉帝逃到了江陵。但此時桓玄未死，桓玄的死跟劉裕一點關係都沒有，桓玄死在馮遷的手上，而馮遷又是益州督護，劉裕擔心自己登基後還會有像馮遷一樣效忠於司馬氏的臣子對自己不利，所以他殺司馬氏的人是為了讓那些忠於司馬氏的臣子死心。
第二點原因和第一點差不多，劉裕登基的時候已經五十八歲了，劉裕的兒子們不是年齡太小就是不成器。這點也是有資料可以證明的，劉裕長子劉義符也就是宋少帝，劉義符在位時候根本不關心軍國大事，只知道嬉戲玩耍，說的好聽點叫做童心未泯，說的難聽點叫低能兒童。劉義符登基兩年左右就被徐羨之等人避迫禪位，不久被殺。劉裕的次子劉義真雖說在文學方面稍有造詣，但終究名望輕微，沒有什麼本事。他也與劉義符同年被徐羨之派人殺害。
倒是三兒子劉義隆能力還算可以，在劉義隆的努力之下，劉宋開創了元嘉之治。可劉義隆在軍事方面的才能不及劉裕的一半，劉義隆曾經也進行過北伐但是失敗了，還給了北魏虎視建康的機會，北伐的失敗使得劉宋國力大損。
至於劉義恭、劉義季等其他皇子都年齡尚小，而在北方仍有司馬氏的人在，劉裕要殺司馬氏的人也是給自己的兒子們鋪平道路，就像後朝朱元璋所做的事情那樣，防止有擁戴司馬氏的人在劉裕死後對付劉裕後代，復辟司馬氏的政權。
第一點原因和第二點原因歸結一點便是劉裕殺司馬氏是為了讓一些效忠司馬氏的人絕望，讓他們不敢心生反意。這些都是表面原因，根本原因還是與當時的門閥制度有關。
原本曹丕設立九品中正制是為了給朝廷選拔合適的人才，但隨著各個士族掌管了選拔規則，九品中正制逐漸失去了原本的作用，逐漸變成了看出身的門閥制度，到了晉朝時期朝廷已經變成了由世家大族掌權的時代，像劉裕這種出身寒門的人肯定是不受世家大族待見的。長此以往便培養出了劉裕仇視世家大族的報復性心理，所以他殺司馬氏一族也可以理解寒門對世家大族的不滿。從劉裕上臺後，世家大族的權力在逐漸減少而寒門的權力慢慢在增強。
其實，劉裕要對付司馬氏的理由完全可以理解為成王敗寇，斬草除根，但劉裕作為新王朝的掌權者在新舊王朝更替之時除掉舊王朝的宗室開創了一個不好的先例，導致後來很多皇帝在登基時都會將舊王朝的宗室全部驅除乾淨，就連劉裕自己的後代也沒有逃過這個命運，這大概是劉裕始料未及的事情。
