平定桓玄之亂中與劉裕並駕齊驅的劉毅第一個走進了劉裕的視野，對於劉毅，劉裕還是有些感情的。
但是劉毅是一個得寸進尺的人，他身體不好，每逢大戰就會生病，劉裕攻滅南燕的戰鬥中，他就在家休息，等到盧循造反的時候，劉毅不聽劉裕的勸阻帶著病非要去跟盧循決一死戰，結果沒死成，反而是損兵折將，多年建立起來的威信一戰全無。
不過劉裕還是沒殺他，反而任命他為荊州刺史，東晉歷史上荊州刺史這個位置上，除了陶侃，沒幾個對國家是忠心的，劉毅也沒逃過這個魔咒。
劉毅
統帥荊州、雍州、寧州、秦州四州之地的劉毅已經完全具備造反的條件了，但是他還是向劉裕索要了廣州、交州兩個地方，整個東晉西部和西南部地區，全部成為劉毅的勢力範圍，此時的劉裕仍舊沒有想到找什麼方法除去這個心腹之患。
劉裕沒想到，劉毅卻主動送上門了，又一次病危的劉毅終於下定決心將自己的堂弟劉藩招到荊州，以穩固劉家的權位，避免他突然病逝導致全族危機。可是劉藩不是一個普通人，是東晉的兗州刺史，劉裕非常信任的一員戰將。
如此膽大妄為的想法，除了此時的劉毅，也沒人敢提出來了，劉裕抓住這個時機，將前來建康的劉藩抓捕，並逼迫他自殺，斷了劉毅的後路。
王鎮惡
隨後，劉裕命令王鎮惡帶兵假扮劉毅的屬下開始向荊州進發。王鎮惡是前秦丞相王猛的孫子，雖然不像他祖父那樣文韜武略樣樣在行，卻也是實打實的一員戰將，深受劉裕的信任，此次對劉毅的作戰，王鎮惡作為先頭部隊，至關重要。
假扮劉毅屬下的王鎮惡一路進軍非常順利，一直到江陵城下都沒有被發現，以至於江陵城為王鎮惡率先拿下，丟失了江陵城，劉毅就已經失去了最為倚重的荊州核心區域，隨後遭到了劉裕大軍的掩殺，劉毅無奈，自殺了事。
劉毅死了，他的兄弟子孫還在，按照劉裕一貫的傳統，劉毅全家數十口，兄弟子侄，全部處死。
司馬休之逃亡
處理完劉毅，司馬氏宗室子弟，受到劉裕信任的司馬休之被任命為荊州刺史，司馬休之這個人是一個還算正直的傢伙，在治理地方上也頗有建樹，但錯就錯在，生在劉裕掌權的時代，可以為民做主，但不需要姓司馬的人為民做主。
而且司馬休之的兒子司馬文思在建康城胡作非為，膽大包天，完全不把劉裕放在眼裡，這讓劉裕非常不爽，於是就把司馬文思給抓了，然後送到荊州，讓司馬休之親手瞭解了這個壞兒子。
司馬休之
司馬氏雖然喜歡兄弟亂鬥，但父親殺子的事情哪能那麼容易下得去手，又不是像劉裕的子孫那樣得心應手，因此司馬休之並沒有殺掉司馬文思。
這邊劉裕不高興了，你司馬休之不殺司馬文思，那我幫你殺掉你的次子司馬文寶吧，於是就將司馬休之在朝廷的兄弟子侄全部幹掉了，然後再次發兵荊州。
司馬氏要是有能征善戰的宗室子弟，又何至於百年來被別人玩弄於股掌之中，司馬休之當然也不是那種會打仗的人，沒多久就被劉裕擊敗了，司馬休之帶著兒子就投奔了後秦姚興處。
處理完司馬休之，劉裕又毒死了都督豫州等六州的北地大官、老朋友諸葛長民，誅殺諸葛長民的兄弟子侄，至此，東晉境內再也沒有人能夠跟劉裕掰手腕了。
劉裕大擺卻月陣
就在劉裕權勢熏天的時候，後秦的皇帝姚興病逝了，姚興一死，他的兒子姚泓繼位，姚泓是個好人，但不是個好皇帝，在亂世當中，整天之乎者也的仁者愛人，除了給別人誇誇其談的印象以外，沒有一點好處。
這邊姚泓剛說完仁者愛人，那邊姚泓的哥哥和弟弟們就反了，而西邊的老對手，大夏的赫連勃勃也趁著姚興病逝的機會瘋狂入侵，姚泓已經不知所以了。
最令姚泓絕望的是，南邊的劉裕來了。
後秦
王鎮惡、檀道濟奉劉裕的命令分兵四路討伐後秦，鎮守洛陽城的姚洸頃刻之間就被擊潰，獻城投降，隨後劉裕率大軍從彭城沿黃河西進，由於北魏的皇帝拓跋嗣不願意借道，因此，一副非常有意思的畫面出現了。
黃河北岸的北魏數萬兵馬跟隨著黃河上的東晉水軍一路向西，但凡東晉的船隻被風吹向了北岸，北魏軍立刻萬箭齊發，將不幸的東晉軍射成刺蝟。而劉裕大軍每次想靠岸跟北魏軍決一死戰的時候，魏軍又跑了，來來回回多次，弄得劉裕軍馬極其煩躁。
為了徹底解決這個麻煩，劉裕想了一招，他命令丁旿帶著上百輛兵車和七百名將士乘渡船到達北岸，並擺下了卻月陣，北魏軍沒見過這樣的陣仗，不知道丁旿在幹什麼，等到丁旿擺好卻月陣以後，劉裕手下的大將朱超石立刻帶著兩千兵馬攜帶大弩百張，與丁旿合兵一處。
卻月陣
此時北魏軍方才知道危險來臨了，但隨著朱超石的到來，東晉再也沒有增派兵馬，以兩千對三萬鐵騎，北魏軍做夢都能笑醒，尤其是朱超石時不時的拿著小弩騷擾北魏軍，這更讓魏軍怒氣沖天，放棄原來的敵進我退戰略，開始主動進攻晉軍。
沒曾想，強弓勁弩在卻月陣的加持下，非常厲害，射的北魏騎兵找不著北，瞬間就大敗而歸，此戰以後，北魏拓跋嗣接受了大臣崔浩的建議，放棄騷擾劉裕軍，任由他攻滅後秦。
後秦滅亡，姚泓被殺
劉裕到達洛陽的時候，劉裕手下的大將沈田子已經帶領數千人馬佔據了陝西藍田，沈田子本就是劉裕為了迷惑姚泓所作的疑兵，並沒有打算讓他進行決戰，可是後秦的皇帝姚泓卻想當然的把沈田子作為了首要攻擊目標。
劉裕滅後秦
後秦數萬精銳在姚泓的帶領下開始對沈田子發動進攻，但是姚泓實在是太背了，竟然被沈田子的幾千兵馬殺的人仰馬翻，潰不成軍，被迫退守長安，這個時候的長安也不安寧了，王鎮惡大軍已經擊敗了後秦大將姚丕，姚泓再次率軍支援，結果被敗軍一衝，又一次落敗而逃。
此時的姚泓手裡已經沒有什麼王牌了，有鑑於劉裕先前的黑歷史，姚泓的兒子姚佛念勸他的父親帶著全家人自殺，避免遭到侮辱，可是臨到死了，姚泓害怕了，他還不想死，姚佛念一看，父皇膽小，自己不能被他牽累，跳樓就死了，時年十一歲。
姚泓帶著妻子兒女以及宗室數百人前往劉裕大軍投降，劉裕的本性就那樣，根本不會因為你是投降而放棄他的原則，於是除姚泓以外，他的所有妻子兒女以及宗室當場被全部砍死，而姚泓押回建康斬首。
赫連勃勃出兵長安
收復長安、洛陽，本可以以此為基業，平定北方，立下不世之功，但劉裕卻急匆匆地回去了。
因為，鎮守建康，劉裕最信賴的部將劉穆之病死了，劉穆之對於劉裕來說，就相當於蕭何對劉邦，因此他不得不回去。
更重要的原因是，劉裕貪了，他想稱帝了。
可是臨走之前，劉裕卻犯了一個極大的錯誤，這也是權臣們在權力到達頂峰的時候最容易迷失的事情，那就是極其信賴自己的親生兒子。
劉裕將劉義真留在了長安，負責雍州、涼州、秦州的所有事情，而跟隨他攻打後秦的功臣王鎮惡、沈田子、王修、毛德祖等人全部留在了長安，輔佐劉義真。
天衣無縫的安排，卻忽視了一個最重要的問題，劉義真太小了，才十二歲。
十二歲的小孩鎮守長安，怎麼可能不引起周邊敵人的覬覦呢，大夏的赫連勃勃跟後秦打了十幾年的仗，如今後秦被滅，劉裕南歸，到手的肥肉他絕不會放過，因此在劉裕急著回去稱帝沒多久，赫連勃勃就對長安出兵了。
出兵長安
沈田子擅殺王鎮惡
關中人數十年來見慣了東晉軍佔領長安城，放棄長安城的舉動，每一次都會給他們造成不必要的傷亡，因此劉裕一走，關中百姓失望了，紛紛投靠了赫連勃勃的大夏。而被劉義真派遣迎敵的龍驤將軍沈田子在看到夏軍以後竟然害怕了。
這位幾個月前剛剛以數千兵馬擊潰姚泓數萬騎兵的大功臣，在長安城呆久了，竟然開始害怕打仗了。
有人害怕打仗，有人卻不害怕，王鎮惡就不害怕，他對劉裕非常忠心，表明了要跟赫連勃勃一較高下，但是沈田子不高興了，“我都害怕了，你竟然不害怕，你裝什麼英雄呢。”
於是，沈田子就悄悄地把準備打仗的王鎮惡殺了，連帶著其他幾個堂兄弟，可憐王猛丞相，後世子孫對劉裕忠心耿耿，竟然差一點被沈田子全滅。
沈田子殺完王鎮惡，就在軍營中造謠王鎮惡造反，然後帶著王鎮惡的人頭回長安，此時坐鎮長安的劉義真和王修看到王鎮惡的人頭都嚇了一跳，但還是放沈田子進來了，因為沈田子實在是太過於自負了，他竟然認為誣告王鎮惡謀反可以糊弄過去，所以沒有多少防備。
剛進長安城，王修就命人將沈田子等人抓起來了，也不用審判，直接砍了。
劉義真殺王修
此時最高興的應該是大夏的赫連勃勃了，大軍還沒有兵臨城下，東晉就窩裡反了，兩員大將相繼被殺，這對於軍士的影響實在是太大了，好在此時的長安城還有一位能征善戰的將領傅弘之。
傅弘之是沈田子的副手，在擊潰姚泓的戰役中也做出了突出貢獻，因此被留在長安輔佐劉義真，此時王鎮惡與沈田子全都被殺，傅弘之只好率大軍迎戰赫連勃勃，幾番交手以後，竟然將夏軍擊潰，暫時保護了長安城。
可是，將領折騰完了，改輪到孩子折騰了，十二歲的劉義真也不是什麼好人，年紀輕輕就開始貪圖享樂了，還喜歡聽信讒言，留守的王修受到劉裕的特別交代要輔佐好劉義真，可是話還沒說幾句，劉義真就一刀結果了這位坐鎮長安的總指揮。
劉義真劫掠長安城
王修被殺，人心背離，剩下的東晉軍也看透了這些高層人物，都是些沒腦子的傢伙，這仗根本沒法打，純粹就是送死，結果劉義真還真不讓他們打了，全部調回長安，龜縮防守。
晉軍回長安城防守了，關中郡縣就徹底成為沒孃的孩子了，趕緊投靠赫連勃勃，跟著劉義真這小子幹真沒好結果。等到劉裕收到訊息以後，派遣大將朱齡石接管長安，命令劉義真回建康。
別看劉義真年幼，這小子還真有昏君的範，知道自己要被調離長安了，就縱兵大肆劫掠了長安城，財寶、美女全部被裝上車，縱觀歷史，他的前輩們也沒幹出過明目張膽的搶劫自己家百姓的事情啊。
赫連勃勃
由於搶的東西實在是太多了，逃跑的時候就慢了不少，傅弘之勸劉義真先走，可是這小子捨不得財寶和美女啊，結果被夏軍追上了，傅弘之等人被捕遭到殺害，數萬晉軍成為大夏的刀下亡魂，財寶、美女全部被赫連勃勃所得，而劉義真卻跑了。
劉義真在長安城乾的真不是人事，朱齡石竟然還好意思舔著臉繼續蹲守，長安城百姓不願意了，這哪是王師啊，這比強盜還不如，純粹是土匪，於是自發的組成起義軍將朱齡石從長安城趕了出去，朱齡石也不白忙活，臨走前一把火燒了後秦三十多年的華麗宮殿，然後回潼關了。
自此，長安城被赫連勃勃佔領。
劉裕北伐的目的
聽說王鎮惡與沈田子被殺，劉裕不慌不忙；聽說劉義真殺王修，劉裕依然不為所動；聽說劉義真被圍，劉裕立刻派遣朱齡石北上；聽說劉義真縱掠長安城，連累傅弘之及數萬晉軍被殺，劉裕依然不為所動；聽說劉義真失蹤了，劉裕著急了，趕緊集合隊伍，準備北上，直到劉義真安全的訊息送到建康，劉裕才放下那顆不安的心，老淚縱橫，愛子之心吶。
縱觀劉裕在稱帝之前的兩次北伐，滅南燕與滅後秦，與恢復中華，重現大漢江山關係不大，劉裕也根本沒往那方面想。之所以攻滅南燕，主要是因為劉裕在東晉的根基未穩，他迫切地需要一個建功立業的機會，讓自己穩穩地站在眾人之上。
而攻滅後秦，那就更是劉裕為了一己之私了，他太想稱帝了，在征討後秦的過程中，他就開始向建康索要九錫了，稱帝的意圖非常明顯，一旦攻滅後秦，他就可以立刻回建康稱帝，因此不管劉穆之是否病死，劉裕都是要回去的，畢竟傳國玉璽在建康了。
後秦對關中的百姓並不見得比東晉差，尤其是劉義真在長安的歲月，對於關中百姓來說那就是災難，或許東晉人自認為北方人期盼王師許久，但真正的王師又何曾到來過呢，每一次，他們帶來的都是腥風血雨和倉皇逃離。
