鄭芝龍出生於明末福建泉州的一個小公務員家庭，自幼不喜歡讀書，稍微長大一點就成為社會青年。他性情放蕩不羈，力氣過人，喜歡舞槍弄棒，妥妥的土匪苗子。
鄭芝龍十七歲時，投奔澳門的舅舅黃程處學習經商，在澳門還接受了天主教洗禮，教名Nicolas（尼古拉），聽著挺洋氣。
十八歲時，鄭芝龍東渡日本，依附在泉州老鄉李旦手下。李旦是當時最有勢力的海盜頭子，看鄭芝龍人長得精神，小夥子又熟悉海事和外交，於是認了鄭芝龍當乾兒子，從此，鄭芝龍成為了大海盜頭子手底下的小海盜頭子。
鄭芝龍在日本還娶了媳婦，生了個兒子就是後來的民族英雄鄭成功，所以按照現代詞彙來說，鄭成功是個中日混血。
鄭芝龍的運氣其實很好。李旦得病去世後，他侵吞了乾爹的大部分產業，由無名小卒一躍成為東亞海域舉足輕重的人物。
他的好運氣還遠未結束。自立門戶後，鄭芝龍離開閉關鎖國的日本，隨同另一位大佬顏思齊到臺灣開闢了新的根據地，剛到臺灣沒多久顏思齊又去世了，於是大家推舉鄭芝龍做為盟主。
於是鄭芝龍以臺灣為基地，不斷擴充套件貿易、劫掠貨物。他建立了一支實力強大的私人海軍，這是一支多國部隊，由中國人、日本人、朝鮮人、馬來人還有黑人組成，還有千餘艘船隻。
明天啟年間（1626～1627年），閩南發生嚴重旱災，鄭芝龍趁機劫掠福建和廣東，不僅擊敗了官府的圍剿，還招撫了泉州饑民數萬人赴臺拓墾。
鄭芝龍的快速擴張引起明朝統治者的恐懼，他們多次派兵追剿，均告失敗。硬的不行只能來軟的，於是，明朝政府企圖利用鄭芝龍與荷蘭人在臺灣和海上的矛盾，對他進行招安。
1628年崇禎皇帝即位後，積極招安鄭芝龍，此舉導致鄭芝龍團隊內部發生了分歧。
鄭芝龍主張接受招安，認為既可以擺脫海盜身份，又可以利用政府官員的身份來保護自己的海上貿易。他的兩個重要部下李魁奇和劉香卻持相反的態度，他們認為政府言而無信，擔心自己成為炮灰。畢竟，他們的前任王直就是接受招安後又被殺害了。
但鄭芝龍主意很正，任憑別人怎麼勸說，他全當耳旁風，帶了3萬人馬上千艘船到了廈門，跟在福建巡撫熊文燦身邊甘當小弟。
這時候趕上福建鬧旱災，在大哥熊文燦的支援下，鄭芝龍用海船運到了數萬災民到臺灣墾荒定居，每個人給3兩銀子，每三個人給一頭牛。但地不是白種的，種地墾荒的農民必須繳納租稅，鄭芝龍狠掙一筆，更加富得流油。
光有錢還不行，鄭芝龍和明朝政府面臨著共同的威脅：其他海盜以及盤踞臺灣的海上“霸主”荷蘭人。
荷蘭人十分討厭，他們與中國海盜勾結在一起，妄圖以武力開啟中國的大門，相當難纏。
明朝由於從明太祖開始就不重視海軍建設，海軍這個兵種等同於沒有。到萬曆年間倒是出了抗倭名將戚繼光、俞大猷等，可惜後繼乏力。這時候，鄭芝龍是崇禎消滅海盜和荷蘭人的最大希望了。
當然，鄭芝龍並不是單打獨鬥，政府也派出了官兵來幫助他。
於是，鄭芝龍開啟了轟轟烈烈的靖海戰爭。
他先是消滅了曾經的部下、後來的叛逃者李魁奇的勢力，另一個叛逃者劉香就非常難纏了，他極端狡猾，並且跟荷蘭人狼狽為奸，實力與鄭芝龍不相上下，數次交鋒後二人互有輸贏。
劉香這個人很少與鄭芝龍正面交鋒，他常常派人偷襲鄭芝龍的軍港，搞得鄭芝龍很是煩躁。他想了個辦法，將自己的軍艦全部集中，地毯式搜尋劉香的主力。
在1633年，鄭芝龍在料羅灣逮著了劉香，他正和荷蘭人在一起。鄭芝龍採用縱火戰術，用鐵鉤鉤住敵船，再放火燒，這個戰術曾被無數傑出的先輩用過，諸如赤壁之戰的孫劉聯軍，就用火燒得曹操暈頭轉向。
時至今日，這一戰術仍然奏效，劉香大敗，荷蘭人一看勢頭不對，立刻改為與鄭芝龍交朋友。
在崇禎皇帝的大力支援下，橫行海上多年的荷蘭不得不與鄭芝龍達成了平等的海上貿易協定，沒有鄭芝龍的許可，荷蘭方面不得與日本私自進行交易。
到後來，甚至發展到如果船隻沒有鄭氏令旗，都不能在東亞的海域航行，鄭芝龍成為東亞海洋世界的唯一霸主，堪稱中國版“海賊王”，他與崇禎皇帝也結下了深厚的革命友誼。
可惜，5年後李自成攻陷北京，崇禎帝自縊，大明王朝轟然倒塌，7年後，鄭芝龍投降大清，只剩下兒子鄭成功在臺灣島防守，他辛苦構建起來的海上商業模式徹底破滅。
