建文帝時期，明成祖朱棣是藩王，建文帝聽從臣下建議開始削藩，對諸藩王形成很大威脅，隨著削藩力度的加深，朱棣開始反對削藩，最後造反。於建文四年（公元1402年）六月在南京登上皇位，實現長久以來的夙願。朱棣登上帝位後，戰亂給北方的少數民族以機會，不斷入侵包括北平在內的北部。而北平正是是朱棣的“龍興之地”，加上他以非正常手段謀取皇位，為了鞏固實力，證明自己的正統性，他開始謀劃將中央朝廷前往北平。建文四年，朱棣剛登上皇位就在同年給予北平“北京”的稱號，次年又下令將北平改為“順天府”，北平的稱號也由“北京”改為“行在”。
但是明成祖並沒有立即進行遷都，在元末明初，朝代更替之後，中原地區戰爭的中心，良田破壞嚴重，而北京也無充足的良田可以開發利用，如果此時遷入，北京地區的人口必然會激增，那麼就需要走水路從南方運輸糧食才能確保北京地區的糧食供應，這樣勢必會消耗大量的物資，而國家剛定，不宜勞民傷財，出於這些原因，明成祖將遷都計劃拉長了戰線。
永樂元年（公元1403年），朱棣開始遷都計劃。首先充實北京地區人口，先讓江浙等地的官員動員百姓向北京遷移。接著開始解決糧食運輸的問題，讓長江沿岸各省出資造船。最後設立統籌管理機構，在北京設立“行在六部”。前文提到北京城也受戰爭影響遭到破壞，因此永樂五年（公元1407年），明成祖下令興建北京城。永樂七年、十一年、十五年，朱棣還親自到北京，視察北京城的建設進度。永樂十三年（1415年），北京城還未建設完成，明成祖要求北京的“行在禮部”主持當年的科舉考試，選拔人才，這說明北京的某些中央部門開始運作，成為實際意義上的都城。
永樂十八年（工公元1420年）九月，朱棣開始正式下詔稱明年正月起正式稱北京為“京師”，將南京保留的機構加上“南京”兩字，十一月，都城由南京遷到北京。原本遷都都有很多人反對，就在遷都四個月之後，北京城的奉天、華蓋、謹身三殿遭到雷擊毀壞，反對派立馬站出來，上奏認為遷都觸犯了上天，所以引發災難，請求明成祖將都城遷回南京，以息天怒人怨。朱棣運用鐵血手段將上奏言官蕭儀等斬首示眾，殺雞駭猴。主張南遷的官員紛紛退讓，不敢再言。
但是主張南遷的官員並沒有放棄希望，就在明成祖去世的那年，即永樂二十二年，被朱棣關押的夏元吉被新皇帝朱高熾放了出來，他立即上奏言明都城北遷後給國家帶來的種種困難，請求新皇帝還都南京，而新皇帝朱高熾一直就在南京的生活，也不適應北方生活，遷都南方的想法逐漸確定，然而就在君臣都在為遷都做準備的時候，剛繼位不久的朱高熾就一命嗚呼，撒手而去。他在彌留之際，留下遺詔要求新君與大臣要共同努力遷都南京，以緩解遷都帶來的各種困境。
新帝朱瞻基當太子在南京建國時，南京地震十分頻繁，給他留下了極大的心理陰影，因此他內心是不願回南京的，而且頻繁的地震讓百姓漸漸接受北京作為都城。但是由於仁宗留下遺詔，朱瞻基不敢逾越，於是他以南京多地震為理由，常年留在北京辦公。隨著時間的推移，朱瞻基在定都北京問題上的態度日益堅定，而且此時遷都，又要耗費大量人力物力，還有可能被北方少數民族再次入侵。直到朱瞻基駕崩一直都沒有回南京。
宣德十年（公元1435年），英宗朱祁鎮年幼繼位，由楊榮、楊浦、楊士奇輔政，三人都比較保守，竭力維持政權穩定，懼怕宣佈遷都回引起眾怒。而皇帝還小並沒有主見。正統六年（公元1441年），朱祁鎮正式下詔確保北京首都帝位。至此，牽涉4代皇帝、歷時74年，明代首都問題由明成祖時期開始到明英宗時完美的劃上句號。雖然遷都時確實造成明朝前期的困難局面，但是從長遠來看，不失為明智之舉。
文獻出處：《明史》
