河洛遺囑
據說司馬遷家世代相傳都是的歷史家和天文家。他的父親司馬談擔任了漢武帝的太史令，所以說司馬遷成為一代文學、史學大家不是偶然。司馬談早就有個願望，就是寫一本規模空前，貫穿華夏文明史的千年通史，但他感覺自己年事已高，力不從心，故而被兒子司馬遷繼承下來。為了兒子能順利承擔起寫下這本傳世鉅作的任務，司馬遷20歲時，被父親安排了一次為期兩年多的全國漫遊。身臨實地，研判歷史，收集了第一手資料。這次遊歷為司馬遷撰寫史記打下了堅實基礎，是非常典型的讀萬卷書，行萬里路。
公元110年，司馬談隨漢武帝巡行封禪時，病倒在洛陽，司馬遷趕往洛陽父子會面。在為《史記》寫的“自序”裡，司馬遷詳細記錄了司馬談在“河、洛之間”對他說的那番語重心長的遺囑。
李陵事件
公元前99年，武帝派李廣利領兵討伐匈奴，另派李廣的孫子李陵隨從李廣利押運輜重。李陵帶步卒五千人深入浚稽山，遭遇了單于的部隊。在八萬匈奴騎兵圍困下，李陵奮戰八個晝夜，斬殺匈奴一萬多人，但最終寡不敵眾，不幸被俘。漢武帝本希望他能戰死，後來聽說他投降了，十分憤怒。但滿朝文武趨炎附勢，紛紛指責李陵的罪過。
漢武帝詢問太史令司馬遷時，司馬遷卻明確立場，盡力為李陵辯護。他說，“李陵只有五千步兵，可孤軍奮戰，走投無路之時，仍奮勇殺敵。雖然戰敗被俘，但投降絕對是為以後回漢朝做打算……”大家都知道司馬遷和李陵兩家關係甚好，而漢武帝的風格是無法接受漢軍投降的。這番言論讓漢武帝認為司馬遷不但袒護降將李陵，還諷刺自己寵妃的哥哥李廣利救援不力。於是，倒黴的司馬遷被打入大牢。
忍辱負重
司馬遷被關入大牢後，遇到了酷吏杜周，這個杜周是臭名昭著之人，什麼手段都用得出來。但司馬遷無論被如何折磨，都拒不認罪。一時間弄得皇帝殺也不是，放也不是。正在這時，從匈奴那邊傳來李陵為匈奴訓練軍隊的傳聞（當然，後來被證實不是李陵，而是李緒），於是漢武帝大怒，誅殺李陵全家，同時判了司馬遷死罪。據漢朝的刑法，死刑有兩種減免辦法：一是拿五十萬錢贖罪，二是受“腐刑”。司馬遷官職不高，沒有足夠錢財贖罪。但士族大夫們是寧死不接受採用閹割手段的腐刑，不接受這種肉體和精神摧殘。
