清朝有一項政策貫穿了整個清朝時期，甚至在清朝稱作後金的時候就已經在流行了。歷朝歷代都不能缺少的一個大難題，那便是北方遊牧民族的南下侵略。清以前的明宋等朝代都不能徹底的解決北方的這一問題。
但是，到了清朝的時候，這個問題被解決了，或者是被擱置了。後金時候，努爾哈赤就娶了蒙古部落的女子，自此便開始長達兩百多年的滿蒙聯姻政策，雙方互為聘娶。最經典的便是科爾沁貝勒之女布木布泰下嫁努爾哈赤的兒子皇太極。
日後這位從蒙古科爾沁走出的女人成為清朝國母孝莊皇后，清朝皇室的公主們也大多嫁給蒙古各王公。聯姻政策不是清朝獨創，但是這樣大規模的和邊關遊牧民族互為聘娶恐怕沒有一個朝代能出其右。
歷朝歷代對於蒙古各部都是忍、或者是給財物求得一時的安寧。清朝對於蒙古的另一項政策便是對於蒙地實行“滿蒙聯合自治”，漢人是不允許進入內外蒙古，而內外蒙古的人也是不讓輕易出來並且不準內外蒙古的人們學習漢語文，對於上層的蒙古王公貴族清朝政府給予他們很大的自治權，以此管轄當地。
當時在內外蒙古沒有其他省份似的省縣制度，而是盟旗制度，以上這些硬性的舉措都促使內外蒙古達到一個高度的自治，而這種自治是封閉式的不來訪的不與外人接觸的自治，反言之只是清朝利用的一個手段。
清朝如何管轄呢，便是派出軍隊，駐紮當地。在今呼和浩特便有當時所謂的綏遠將軍留下來的府邸，綏遠將軍便是負責蒙地的軍事以及其他任何事物，是一個決斷性很高的封疆大吏。
在後金政權的前夕，努爾哈赤所率領的女真諸部與蒙古諸部發生過多次大大小小的戰爭，著名的有蒙古九部聯軍伐滿洲，最後以努爾哈赤勝出。正是這些勝利，為日後這項既定國策打下了夯實的基礎。
但是，也正是這項既定國策導致晚清與蒙古矛盾加深，從而慢慢導致外蒙古獨立，內蒙古起義不斷。由於清王朝簽訂了辛丑條約所帶來的巨大賠款，使清王朝不得不重新規劃對蒙古的管理方式以此籌得賠款。
第一便是放懇蒙地，以此換的大量租銀。清政府歷代對於蒙地的政策是蒙人自治，別人不得開墾。對於放懇蒙地帶來的起義，清政府果斷鎮壓。一些王公貴族與當地人民與清政府矛盾異常激烈，加之俄國與日本的不斷間諜，使得外蒙古最終獨立。
第二，清政府要將盟旗制度變為省縣制度，對於蒙地實行高強度直接統治，不過由於辛亥革命爆發，清王朝沒來得及實行便滅亡了。
縱觀整個清朝對於蒙古的態度，由於幾百年來一向是親密無間，清末一下子急轉直下，過於草率。一方面又怕蒙古反戈急於控制，但是內外交困下也無力迴天，最終失去控制。
