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上次說到司馬元顯沒了真正可用之兵，哪還有什麼抵抗的意志，他聽說桓玄已經到了京城南面的新亭，就棄了戰船退回建康。桓玄的軍隊尾隨而至，在後面揮刀大喊：“放下武器！”司馬元顯的兵眾立即崩潰，司馬元顯逃回府中，身邊只剩下“狗頭軍師”張法順一人而已。見到老爹司馬道子，二人只能相對而泣，一籌莫展。這對有野心卻無能力的父子束手就擒，桓玄下令斬殺司馬元顯一黨，繼而又吩咐手下人把司馬道子秘密毒死在流放的路上。
桓玄初步掌控了建康的大局，緊接著就採取了三項措施鞏固其權力：
首先是任命劉牢之為會稽內史，這個職務表面看是一郡權力上的No。1，實際上卻剝奪了劉牢之對北府兵的控制權。劉牢之一介武夫出身，視兵權為命根子，心裡有意據江北對抗桓玄。他私底下找到劉裕，商量對策。劉裕何等聰明，當即指出桓玄“新得志，威震天下。
三軍人情，都已去矣”，現在要和他對著幹，怕是沒戲。他向劉牢之請求返回老家京口。將領何無忌向劉裕請教當前的局勢，劉裕答道：“我看劉牢之難逃一死，你不如和我一起回京口，以觀其變。桓玄若是甘為人臣，我們就老老實實地跟著他幹。如若不然，你我還可以起兵圖之。”
劉牢之召集手下開會，還想謀劃討伐桓玄。參軍劉襲氣呼呼地說：“天下最不該做的事就是反叛。將軍當年反叛王恭，最近反叛司馬元顯，現在又要反叛桓玄；一人三反，還憑什麼立足天下？！”說罷拂袖而去，其餘將領也紛紛離去。
劉牢之這才慌了神，讓兒子劉敬宣去京口迎接家眷，約定的時間沒見著人，以為事已敗露，帶著本部人馬倉促北逃，逃到新洲，走投無路，自縊而死。幾乎是北府兵代名詞的劉牢之就以這樣狼狽的方式結束了他的一生。
（從桓玄出兵這件事前後劉牢之和劉裕的不同表現，我們就可以看出二者的差距：劉牢之軍事方面很強，但在其他方面近乎白痴，尤其在利害關係的判斷上顯得相當幼稚，他又在政治立場上做“三姓家奴”，毫無信義可言，得不到大多數人的支援，這樣的人可以拿來做成大事的工具，而不可能自己成就大事；劉裕則不同，雖說王夫之等人在史評中指責他其實也是“一人三反”（先反劉牢之，再反桓玄，最後“反”晉稱帝），但他的所謂反並不是簡簡單單“牆頭草”式的反，而是頗有行事原則，他在每次做出決斷之前都充分分析了局勢，並對將來的行動做好了周密的計劃。
所以說，劉裕不僅打仗有自己的一套，而且審時度勢，該用強的時候用強，該示弱的時候示弱，玩弄權術的手段並不差過同時期那些門閥大族出身的政治人物，這樣的人只要再有一點運氣，獲得成功指日可期。）
桓玄輕而易舉地除掉了劉牢之，接下來他對北府兵舊將也毫不留情。吳興太守高素、將軍竺謙之、竺朗之、劉襲、劉季武等一大堆優秀將領被殺，以劉敬宣和宗室司馬休之為首的殘部想要造反，不是對手，只好逃往南燕和後秦這兩個北方鄰國。
下一項措施是改革內政，罷黜奸佞之臣，提拔有才之士，東晉各地在這一時期出現了不少出色的官員，他還下令限制佛教寺院無節制地發展僧尼。這些本來都是革除弊政、穩定時局的好事，可惜，桓玄的舉措不過是想借機提高威望、擴大影響，不久他便暴露了奢豪放縱的公子哥兒本性，朝上政令無常，朝下結黨營私，東晉的危機重現。當時投奔後秦的北府兵舊將袁虔之評價桓玄才略不如其父，所扮演的角色不過是“為它人驅除耳”；南燕的中書侍郎韓範也認為桓玄早晚被江東“豪傑誅滅”。
野心勃勃的桓玄，到頭來還是為他人做了嫁衣裳。
